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本年度は、直腸温プローブを用いた腸管マイクロバイオーム解析について、ロングリードシークエンサーを用いた細菌16S rRNA遺伝子の全長解析の応用を行った。この解析手法では細菌の識別に用いる16S rRNA遺伝子の可変領域（V1-V9領域）の塩基配列が全て解読されるため、遺伝子の相同性の高い細菌についても高解像度に識別することが可能となる。そのため、腸管で検出された細菌が口腔細菌かどうかをより高精度に検証できる。この手法を用いて、昨年度に採取された検体の解析を行った。昨年度に各サンプルから抽出したDNAを用いて、PCR法にて16S rRNA遺伝子の全長を増幅した。プライマーにはサンプル識別用の8塩基のタグ配列を付与した8Fと1492Rを使用した。その後、ロングリードシークエンサーのPacBio SequelⅡを用いて増幅断片の塩基配列を詳細に解読し、各検体に含まれる細菌構成を明らかにした。その結果、各検体においてFaecalibacteriumやBacteroidesが高い比率を占めており、全体像をみると腸管マイクロバイオームの特徴を示していた。一方で、Human Oral Microbiome Database (HOMD) を用いて腸管マイクロバイオーム中の口腔細菌を調べたところ、Streptococcus salivariusやVeillonella atypicaなどの口腔細菌が一部の検体から検出され、高い比率を占めていた。また、これらの口腔細菌の合計比率が一部の腸内細菌の構成比率と有意に逆相関していた。このことから、16S rRNA遺伝子の全長解析においても、腸管に到達する口腔細菌と腸管マイクロバイオームとの間に関連がある可能性が示唆された。
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