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2020 年度 実施状況報告書

細胞内結晶化による標的タンパク質融合結晶の迅速構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 20K21244
研究機関東京工業大学

研究代表者

上野 隆史  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2022-03-31
キーワードタンパク質結晶構造解析 / 細胞内タンパク質結晶 / 多孔性材料
研究実績の概要

タンパク質の高分解能構造の決定は、生命現象の理解から医薬応用まで様々な分野で渇望されており、従来主流となっていたX線結晶構造解析に加え、Cryo-TEMやX線自由電子レーザー、in cell NMR等の構造解析手法が開発されてきた。しかしながら、共通する大きな課題としてタンパク質の単離・精製が依然として解決されていない。本研究では、直径数nmの細孔を内部に有するタンパク質結晶(多孔性タンパク質結晶)に着目し、標的タンパク質を融合した標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶を細胞内で合成する。将来的には、大型放射施設の微結晶ビームラインによる自動結晶構造解析につなげる。本研究では単独では構造決定が困難な標的タンパク質を遺伝子的に融合した多孔性タンパク質複合結晶を細胞内結晶化により合成し、標的タンパク質の高分解能構造決定の実現に挑む。現在 (1) 多孔性タンパク質結晶の細胞内結晶化と最適化、(2) 迅速構造解析に向けた大腸菌を用いる標的タンパク質融合多孔性タンパク質結晶合成手法を確立している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

多孔性タンパク質結晶の細胞内結晶化と最適化を達成できた。具体的には、鋳型となるタンパク質結晶の選定が重要な鍵を握る。そこで、クライトキシン(Cry)結晶に着目した。Cry結晶は、殺虫タンパク質前駆体として細胞内で形成される。様々な種類のCry結晶は形状の異なる5nmほどの細孔空間を有することが知られており、それらのエンジニアリングを達成したため。

今後の研究の推進方策

標的タンパク質を融合した多孔性タンパク質複合結晶の細胞内合成と構造解析
構造既知のタンパク質の融合により本手法の妥当性を評価するために、医薬ターゲットとして重要な数十残基からなるペプチドを標的とし、これまで困難とされている単量体やオリゴマー構造を結晶内に形成する。タンパク質ータンパク質相互作用の例として既知の複合体の細胞内結晶化もすすめる。

次年度使用額が生じた理由

理由)zoomによる学会への参加やセミナー開催により、旅費、謝金などを節約できたため。
使用計画)結晶化調製の物品費として使用する。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (19件) (うち招待講演 2件) 備考 (1件) 産業財産権 (2件) (うち外国 2件)

  • [雑誌論文] Design of in‐cell protein crystal for environmentally responsive construction of a supramolecular filament2021

    • 著者名/発表者名
      Abe Satoshi、Pham Thuc Toan、Negishi Hashiru、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: - ページ: -

    • DOI

      10.1002/anie.202102039

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Versatile Manipulations of Self-Assembled Proteins in Vaccine Design2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Que Dan、Kikuchi Kosuke、Maity Basudev、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 22 ページ: 1934~1934

    • DOI

      10.3390/ijms22041934

    • 査読あり
  • [雑誌論文] In-Cell Engineering of Protein Crystals with Nanoporous Structures for Promoting Cascade Reactions2021

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Tien K.、Abe Satoshi、Kasamatsu Makoto、Maity Basudev、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Kojima Mariko、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      ACS Applied Nano Materials

      巻: 4 ページ: 1672~1681

    • DOI

      10.1021/acsanm.0c03129

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • 著者名/発表者名
      Maity Basudev、Li Zhipeng、Niwase Kento、Ganser Christian、Furuta Tadaomi、Uchihashi Takayuki、Lu Diannan、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 22 ページ: 18562~18572

    • DOI

      10.1039/D0CP02069A

    • 査読あり
  • [学会発表] β-ヘリックス人工分子針の動的集合設計2021

    • 著者名/発表者名
      菊池幸祐, 福山達也, Maity Basudev, 古田忠臣, 前多裕介, 内橋貴之, 上野隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] タンパク質ケージ内における芳香族分子集積と反応制御2021

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101回春季年会
  • [学会発表] Energy Analysis of Miniprotein by in Vivo Protein Crystallization2021

    • 著者名/発表者名
      小島 摩利子, 菱川 湧輝, 安部 聡, 古田 忠臣, Tran Phuoc Duy, 北尾 彰朗, 上野 隆史
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会
  • [学会発表] Design of the two-dimensional protein assembly patterns by β-helical protein needle2020

    • 著者名/発表者名
      菊池 幸祐, 上野 隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
  • [学会発表] 無細胞タンパク質合成による微小結晶構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      小島摩利子, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム2020
  • [学会発表] タンパク質ケージを利用した芳香族クラスターの構築と外来分子内包2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      発動分子科学第5回領域会議
  • [学会発表] Construction of Fibril Protein Assemblies From Engineered Protein Crystals2020

    • 著者名/発表者名
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • 学会等名
      69th Symposium on Macromolecules
  • [学会発表] Construction of Filament Protein Assembly From Autonomous Cross-Linked Crystals2020

    • 著者名/発表者名
      PHAM Toan Thuc, 安部 聡, 根岸 走, 上野 隆史
    • 学会等名
      14th Bio-related Chemistry Symposium
  • [学会発表] タンパク質結晶工学による新機能材料2020

    • 著者名/発表者名
      上野隆史
    • 学会等名
      第28回ポリマー材料フォーラム
    • 招待講演
  • [学会発表] GPCR 内包を目指したタンパク質ハイブリッド結晶の構築2020

    • 著者名/発表者名
      田中潤子, 安部聡, 長田俊哉, 上野隆史
    • 学会等名
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [学会発表] Molecular design of protein needle for norovirus vaccine2020

    • 著者名/発表者名
      Nguyen Dan Que, 上野 隆史
    • 学会等名
      第 10 回 CSJ 化学フェスタ
  • [学会発表] Protein Crystals for Designing Multiple Nanofunctions2020

    • 著者名/発表者名
      上野 隆史
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内タンパク質結晶化の最適化と迅速構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連シンポジウム
  • [学会発表] フェリチンケージのサブユニット界面を利用した多核金結合サイトの構築2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • 学会等名
      第70回錯体化学会討論会
  • [学会発表] タンパク質ケージの内部空間設計による芳香族クラスターの構築2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, 野谷大樹, Basudev Maity, 安部聡, 上野隆史
    • 学会等名
      第14回バイオ関連化学シンポジウム
  • [学会発表] In vivo Protein Crystal Engineering for Structure Analysis of Meta-stable State Mini-protein2020

    • 著者名/発表者名
      小島 摩利子, 安部 聡, 上野 隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
  • [学会発表] タンパク質の迅速結晶化とサブミクロン結晶の構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子討論会
  • [学会発表] かご状タンパク質フェリチンのサブユニット界面における金集積機構の解明2020

    • 著者名/発表者名
      菱川湧輝, Basudev Maity, 安部聡, Diannan Lu, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子学会年次大会
  • [学会発表] タンパク質の細胞内迅速・微量結晶化と構造解析2020

    • 著者名/発表者名
      安部 聡, 小島摩利子, 小暮遼河, 上野隆史
    • 学会等名
      第69回高分子学会年次大会
  • [備考] Ueno Lab

    • URL

      http://www.ueno.bio.titech.ac.jp/index.html

  • [産業財産権] タンパク質結晶の製造方法及び結晶構造解析方法2021

    • 発明者名
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • 権利者名
      上野 隆史/安部 聡/小島
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      PCT/JP2021/006607
    • 外国
  • [産業財産権] タンパク質固体材料の製造2020

    • 発明者名
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • 権利者名
      上野 隆史/安部 聡/小島 摩利子
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      PCT/JP2020/030226
    • 外国

URL: 

公開日: 2022-12-28  

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