| 研究課題/領域番号 |
20K21384
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
藤木 克則 東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (10646730)
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| 研究期間 (年度) |
2020-07-30 – 2022-03-31
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| キーワード | ゲノム / クロマチン高次構造 / 次世代シーケンサー / ロングリードシーケンサー / Hi-C / Pore-C / 多点間相互作用 |
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| 研究成果の概要 |
多領域間クロマチン相互作用を1分子の解像度で網羅的に解析できる新たな手法、標的型(targeted)Pore-C法の開発をおこなった。従来型Pore-Cは２点間クロマチン相互作用検出法Hi-C法の改良版で、ライブラリを断片化することなくロングリードシーケンサーを用いて解読することで、多点間の相互作用を簡単に検出することができる。このPore-Cを改良し、特定の標的分子の周辺ゲノムに化学修飾を付加し濃縮することで、標的が介在する相互作用に絞った解析を可能にした。手法の開発には一定の成功を収めたが、修飾効率の向上が必要であるなど実用化への課題も残されている。
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| 自由記述の分野 |
ゲノム生物学
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
クロマチン領域の相互の物理的位置関係はゲノム情報の発現に非常に重要な役割を果たしている。これらを解析する手法として現在はHi-CやHiChIPなどの方法が用いられてきたが、これら既存法は原理的にクロマチン高次構造を２領域間の点と点の相互作用の積算としてしか検出できない。今回Pore-C法をもとに開発したtargeted Pore-Cは、標的分子周辺に形成された多点間の相互作用を１分子の解像度で検出することを可能にし、近接領域を点と点ではなく塊で捉え、また細胞間のバリエーションを損なうことなく、既存技術では観察し得なかった核内のクロマチン高次構造を記述できる。
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