個別化医療を目指したゲノムコホートにおける統合HLAタイピング情報の有益性の検討

2021 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 20K21705
• 研究機関: 金沢大学
• 研究代表者: 細道 一善 金沢大学, 医学系, 准教授 (50420948)
• 研究期間 (年度): 2020-07-30 – 2022-03-31
• キーワード: コホート / HLA遺伝子 / 個別化医療

研究実績の概要

ヒトの主要組織適合遺伝子複合体(HLA)領域はヒトゲノムの中で最も多型性に富み、多くの疾患や形質と関連するゲノム領域である。HLA領域は3.8Mbほどと小さい領域であるが、241もの遺伝子が含まれる遺伝子密度が高い領域であり、これまでゲノムワイド関連解析(GWAS)により、HLA領域には522の疾患や形質について 3,043もの関連一塩基多型(SNP)が951の論文として報告されている。これら関連SNPで遺伝子情報と結び付けられたもののうちの半数が機能的なHLA遺伝子との関連として報告されている。ところが、これらの結果についてHLA領域で拡大すると、SNPが設定されていないゲノムの空白領域が多く認められ、より詳細に解析するにはHLA領域に特化したアプローチが必要とされている。本研究ではヒトの疾患や形質において重要な遺伝要因であるHLA領域について、コホート研究をモデルとし、疾患発症予測など個別化医療における高精度HLAタイピングの有益性を検証することを目的とした。本研究を達成するための研究方法は、NGSよる高解像度HLAタイピングを実施し、質的および量的な3種類のHLAタイピング結果を含む統合HLAタイピング情報を取得すること、ならびにこの統合HLAタイピング情報157項 目の形質情報によるフェノムワイド関連解析である。HLA遺伝子について、統合したスコアによる解析という、より機能的な特徴に基づく関連解析を本研究では 実施する。この解析手法の有効性が示されれば、個別化医療の実現に有効なアプローチとなる。

研究成果

• [雑誌論文] Decoding the diversity of killer immunoglobulin-like receptors by deep sequencing and a high-resolution imputation method (2022)
  • 著者名/発表者名: Sakaue S, Hosomichi K, Hirata J, Nakaoka H, Yamazaki K, Yawata M, Yawata N, Naito T, Umeno J, Kawaguchi T, Matsui T, Motoya S, Suzuki Y, Inoko H, Tajima A, Morisaki T, Matsuda K, Kamatani Y, Yamamoto K, Inoue I, Okada Y
  • 雑誌名: Cell Genomics 巻: 2 ページ: 100101～100101
  • DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100101
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Familial idiopathic basal ganglia calcification with a heterozygous missense variant (c.902C>T/p.P307L) in SLC20A2 showing widespread cerebrovascular lesions. (2022)
  • 著者名/発表者名: Sakai Kenji、Ishida Chiho、Hayashi Koji、Tsuji Naotaka、Kannon Takayuki、Hosomichi Kazuyoshi、Takei Nobuyuki、Kakita Akiyoshi、Tajima Atsushi、Yamada Masahito
  • 雑誌名: Neuropathology 巻: 42 ページ: 126～133
  • DOI: 10.1111/neup.12781
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Allelic and haplotypic HLA diversity in indigenous Malaysian populations explored using Next Generation Sequencing (2022)
  • 著者名/発表者名: Jinam Timothy A.、Hosomichi Kazuyoshi、Nakaoka Hirofumi、Phipps Maude E.、Saitou Naruya、Inoue Ituro
  • 雑誌名: Human Immunology 巻: 83 ページ: 17～26
  • DOI: 10.1016/j.humimm.2021.09.005
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Predictors associated with a better response to the Japanese aluminum-free hepatitis A vaccine, Aimmugen, for people living with HIV. (2021)
  • 著者名/発表者名: Koga Michiko、Senkoji Tomoe、Kubota Megumi、Ishizaka Aya、Mizutani Taketoshi、Sedohara Ayako、Ikeuchi Kazuhiko、Kikuchi Tadashi、Adachi Eisuke、Saito Makoto、Koibuchi Tomohiko、Hosomichi Kazuyoshi、Ohashi Jun、Kawana‐Tachikawa Ai、Matano Tetsuro、Tsutsumi Takeya、Yotsuyanagi Hiroshi
  • 雑誌名: Hepatology Research 巻: 52 ページ: 227～234
  • DOI: 10.1111/hepr.13736
  • 査読あり
• [雑誌論文] Whole-Genome Sequencing of a 900-Year-Old Human Skeleton Supports Two Past Migration Events from the Russian Far East to Northern Japan (2021)
  • 著者名/発表者名: Sato Takehiro、Adachi Noboru、Kimura Ryosuke、Hosomichi Kazuyoshi、Yoneda Minoru、Oota Hiroki、Tajima Atsushi、Toyoda Atsushi、Kanzawa-Kiriyama Hideaki、Matsumae Hiromi、Koganebuchi Kae、Shimizu Kentaro K、Shinoda Ken-ichi、Hanihara Tsunehiko、Weber Andrzej、Kato Hirofumi、Ishida Hajime
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: 13 ページ: evab192
  • DOI: 10.1093/gbe/evab192
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] HLA class I allele?lacking leukocytes predict rare clonal evolution to MDS/AML in patients with acquired aplastic anemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Hosokawa K, Mizumaki H, Yoroidaka T, Maruyama H, Imi T, Tsuji N, Urushihara R, Tanabe M, Zaimoku Y, Nguyen MAT, Tran DC, Ishiyama K, Yamazaki H, Katagiri T, Takamatsu H, Hosomichi K, Tajima A, Azuma F, Ogawa S, Nakao S.
  • 雑誌名: Blood 巻: 137 ページ: 3576～3580
  • DOI: 10.1182/blood.2020010586
  • 査読あり
• [雑誌論文] Polygenic risk scores for low-density lipoprotein cholesterol and familial hypercholesterolemia (2021)
  • 著者名/発表者名: Nomura Akihiro、Sato Takehiro、Tada Hayato、Kannon Takayuki、Hosomichi Kazuyoshi、Tsujiguchi Hiromasa、Nakamura Hiroyuki、Takamura Masayuki、Tajima Atsushi、Kawashiri Masa-aki
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 巻: 66 ページ: 1079～1087
  • DOI: 10.1038/s10038-021-00929-7
  • 査読あり
• [学会発表] アマゾン先住民ワオラニ族のHLA遺伝子の多様性 (2021)
  • 著者名/発表者名: 細道 一善、岩内 陽子、田嶋 敦、 Vanessa Romero
  • 学会等名: 第29回 日本組織適合性学会大会
• [学会発表] Genomic Medicine in Japan (2021)
  • 著者名/発表者名: Kazuyoshi Hosomichi
  • 学会等名: The 8th Prince of Songkla University - Kanazawa University Joint Workshop on “ Precision Medicine and Translational Medical Research ”
  • 国際学会 / 招待講演
• [図書] ヒトゲノム事典 (2021)
  • 著者名/発表者名: 井ノ上 逸朗, 今西 規, 河村 正二, 斎藤 成也, 颯田 葉子, 田嶋 敦
  • 総ページ数: 448
  • 出版者: 一色出版
  • ISBN: 4910389121