| 研究課題/領域番号 |
20K23021
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| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
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研究代表者 |
加地 博一 東京医科歯科大学, 東京医科歯科大学病院, 特任助教 (50881588)
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| 研究期間 (年度) |
2020-09-11 – 2023-03-31
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| キーワード | 複合感染症 / 顎骨骨髄炎 / メタ16S解析 / 共起ネットワーク |
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| 研究実績の概要 |
メタ16S解析を行うことで、顎骨骨髄炎の病変に存在する細菌群を同定した。この細菌群の同定は、GreenGenesおよびHOMDのデータベースを用いて種レベルまでの解析を行った。さらには16S rDNAと16S rRNAの比から各細菌の活動性を評価することで、いままでcore microbiomeと考えられていた細菌種のすべてが慢性化した顎骨骨髄炎の病変で高い活性度を有しているわけではないことを明らかにした。さらに、SPARCCを用いて、共起ネットワーク解析を行った。ネットワークではハブとなる細菌種を見つけることができなかったものの、強い共起関係を保有する細菌種同士の繋がりを明らかにすることができた。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
16Sメタ解析までは終了できたものの、メタトランスクリプトーム解析はまだ終了できていない。また、破砕機を新たに購入する予定であったが、メーカーでの欠品もあり遅れが生じた。
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| 今後の研究の推進方策 |
破砕機を入手次第、現在保存状態にあるサンプルからのRNAの抽出を再開する。また、サンプル数が当初の目的の数に達していないため、引き続きサンプル採取を継続する。RNA抽出次第、先行研究、同研究室で行った歯周病サンプルでの解析パイプラインに則って、解析を進める予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
メーカーでの購入品の欠品などで購入に遅れが生じたこと、論文投稿に遅れが生じたために次年度使用額が生じている。現在作成している論文の投稿に伴う費用、更には現在保管されているサンプルのための試薬を購入するために使用する予定である。
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