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2010 年度 実績報告書

マウス細胞内に普遍的に存在する50ー100ヌクレオチド低分子RNAの多角的解析

研究課題

研究課題/領域番号 21200039
研究機関大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター、DBCLS)

研究代表者

清澤 秀孔  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター、DBCLS), 新領域融合研究センター, 融合プロジェクト特任研究員 (30295422)

研究分担者 河合 剛太  千葉工業大学, 工学部, 教授 (70211860)
牛田 千里  弘前大学, 農業生命科学部, 准教授 (50250593)
キーワードアンチセンスRNA / 低分子RNA / non-coding RNA / NMR / 立体構造 / SAT(センス-アンチセンス転写産物)
研究概要

同一のマウスSAT遺伝子座に由来し、互いにセンス鎖およびアンチセンス鎖にコードされているS3 RNAとAS2 RNAについて、脳、胸腺、心臓、肺、肝臓、腎臓、脾臓、胃、腸、精巣における発現をノザンハイブリダイゼーションにより調べた。この結果、AS2 RNAはこれらすべての器官で発現しているのに対し、S3は検出されなかった。S3はNIH3T3細胞株での発現が確認されていることから、in vivoでは少なくとも線維芽細胞で発現していることが期待される。
内在性のアンチセンスRNAの存在を考慮したカスタムのマイクロアレイを作製し、100nt程度までの低分子RNAをターゲットとしてマイクロアレイ解析を行った。発現の高かった低分子RNA候補48種類について各臓器・器官での発現を解析した。その結果、7種類のRNAが上記すべての器官で発現していることが判明した。このうち3種類はその大きさと配列からendo-siRNAであることが、また、残り5種類はこれまでに報告されていない新規RNAであることが予想された。
また、新規サイズ低分子RNAの機能性を追求する一つの方法として、in vitroで発生・分化させた細胞からのRNAサンプルにおいて、発生・分化特異的に動的に発現が変化する低分子RNAの同定を試みた。次世代シーケンサーによって直接解析された配列データについて、二次構造予測を行い、得られた二次構造に基づいてクラスタリングを行うことを試みている。これによって、新しい構造モチーフをもつ低分子RNAが発見できると期待している。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Highly parallel SNP genotyping reveals high-resolution landscape of mono-allelic Ube3a expression associated with locus-wide antisense transcription.2011

    • 著者名/発表者名
      Numata K, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 39 ページ: 2649-2657

    • 査読あり
  • [学会発表] NMR試料管内転写によるRNAのNMRスペクトルの測定2010

    • 著者名/発表者名
      斉藤裕之, その他
    • 学会等名
      日本核磁気共鳴学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-11-17
  • [備考]

    • URL

      http://www.le.it-chiba.ac.jp/kawai/mouserna/index.html

URL: 

公開日: 2012-07-19  

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