マウス細胞内に普遍的に存在する50-100ヌクレオチド低分子RNAの多角的解析

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21200039
• 研究種目: 新学術領域研究(研究課題提案型)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 分子生物学; ゲノム情報科学
• 研究機関: 筑波大学 (2011); 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター、DBCLS) (2010); 独立行政法人理化学研究所 (2009)
• 研究代表者: 清澤 秀孔 筑波大学, 体育系, 研究員 (30295422)
• 研究分担者: 河合 剛太 千葉工業大学, 工学部, 教授 (70211860) ; 牛田 千里 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50250593)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• キーワード: RNA

研究概要

当初アンチセンスRNAの発現が見られる遺伝子座で発現が確認されていた新規サイズ(50-100nt)の低分子RNAの網羅的解析を試み、カスタムのマイクロアレイを開発、発現のスクリーニングを行い、ノーザン解析により発現の検証を行った。低分子RNAの構造解析の為、試験管内転写法による構造スクリーニングの方法を開発した。次世代シーケンサーによる発現解析も試み、RNA配列データの構造的クラスタリングを行った。

研究成果

• [雑誌論文] An ES cell-differentiation system recapitulates a developmentally regulated neuron-specific parent-of-origin expressivity (2012)
  • 著者名/発表者名: Kohama C, Kato H, Numata K, Hirose M,Og ura A, and Kiyosawa H
  • 雑誌名: Hum. Mol. Genet. 巻: 21 ページ: 1391-1401
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive expressional analyses of antisense transcripts in colon cancer tissues using artificial antisense probes (2011)
  • 著者名/発表者名: Saito R, Kohno K, Okada Y, Osada Y, Numata K, Kohama C, Watanabe K, Nakaoka H, Yamamoto N, Kanai A, Yasue H, Murata S, Abe K, Tomita M, Ohkohchi N, and Kiyosawa H
  • 雑誌名: BMC Medical Genomics 巻: 4 ページ: 42
  • 査読あり
• [雑誌論文] A small nucleolar RNA functions in rRNA processing in C. elegans (2010)
  • 著者名/発表者名: Hokii Y, Sasano Y, Sato M, Sakamoto H, Sakata K, Shingai R, Taneda A, Oka S, Himeno H, Muto A, Fujiwara T, and Ushida C
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 38 ページ: 5909-5918
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new entropy model for RNA : part V, Incorporating the Flory-Huggins model in structure prediction and folding
  • 著者名/発表者名: Dawson W and Kawai G
  • 雑誌名: J. Nucleic Acids Invest. 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] new entropy model for RNA : part IV, The minimum free energy and the thermodynamically most-probable folding pathway
  • 著者名/発表者名: Dawson W and Kawai G
  • 雑誌名: J. Nucleic Acids Invest. 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new entropy model for RNA : part III, Is the folding free energy landscape of RNA funnel shaped?
  • 著者名/発表者名: Dawson W, Takai T, Ito I, Shimizu K, and Kawai G
  • 雑誌名: J. Nucleic Acids Invest. 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new entropy model for RNA : part II, persistence-related entropic contributions to RNA secondary structure free energy calculation
  • 著者名/発表者名: Dawson W, Yamamot K, Shimizu K, and Kawai G
  • 雑誌名: J. Nucleic Acids Invest. 巻: (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A new Entropy model for RNA : part I, a critique of the standard Jacobson-Stockmayer model applied to multiple cross links
  • 著者名/発表者名: Dawson W,Yamamoto k,and Kawai G
  • 雑誌名: J.Nucleic Acids Invest. 巻: (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] マウスSAT領域から発現する50-100残基RNAのクラスタリングと構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 河合剛太、牛田千里、清澤秀孔
  • 学会等名: 第84回日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都府)
  • 年月日: 2011-09-24
• [学会発表] Analysis of Small RNAs, with 50-100 nt Length, from the Loci of the Sense-Antisense Transcription in Mouse Genome (2011)
  • 著者名/発表者名: Kawai G, Ushida C, and Kiyosawa H
  • 学会等名: The 16th Annual Meeting of The RNA Society
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center (Kyoto)
  • 年月日: 2011-06-15
• [学会発表] Expression of small RNAs from mouse SAT loci (2011)
  • 著者名/発表者名: Ushida C, Ono T, Saito R, Osada Y, Shindo Y, Kaneko N, Kawai G, and Kiyosawa H
  • 学会等名: The 16th Annual Meeting of The RNA Society
  • 発表場所: Kyoto International Conference Center (Kyoto)
  • 年月日: 2011-06-15
• [学会発表] NMR試験管内転写によるRNAのNMRスペクトルの測定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 斎藤裕之、伊谷野悠里、牛田千里、清澤秀孔、河合剛太
  • 学会等名: 第49回NMR討論会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京都)
  • 年月日: 2010-11-15
• [図書] Genome-wide analysis of sense-antisense transcripts, in "Non-coding RNAs and Epigenetic Regulation of Gene Expression : Drivers of Natural Selection," Morris KV (ed.), (2012)
  • 著者名/発表者名: Kohama C and Kiyosawa H
  • 総ページ数: 3-29
  • 出版者: Caister Academic Press
• [図書] 機能性RNAの分子生物学 (2010)
  • 著者名/発表者名: 河合剛太、清澤秀孔編
  • 総ページ数: 287
  • 出版者: クバプロ
• [図書] 機能性RNAの分子生物学」、第I章 (2010)
  • 著者名/発表者名: 牛田千里、他
  • 総ページ数: 23-24
  • 出版者: クバプロ
• [図書] 「機能性RNAの分子生物学」、第III章 (2010)
  • 著者名/発表者名: 牛田千里、他
  • 総ページ数: 79-109
  • 出版者: クバプロ
• [図書] 「機能性RNAの分子生物学」、第IV章 (2010)
  • 著者名/発表者名: 牛田千里、他
  • 総ページ数: 111-150
  • 出版者: クバプロ
• [図書] Isolation and characterization of small RNAs in Caenorhabditis elegans. In "Regulation of Gene Expression by Small RNAs," Rossi J and Gaur RK (ed.) (2009)
  • 著者名/発表者名: Ushida C and Hokii Y
  • 総ページ数: 101-121
  • 出版者: CRC press
• [備考]
  • URL: http://www.le.it-chiba.ac.jp/kawai/mouserna/index.html
• [産業財産権] 低分子RNAの分析方法 (2010)
  • 発明者名: 牛田千里
  • 権利者名: 青森県弘前市文京町１番地国立大学法人弘前大学
  • 産業財産権番号: 特許第4599555号
  • 取得年月日: 2010-10-08