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2013 年度 研究成果報告書

性差のエピゲノム解析

研究課題

  • PDF
研究課題/領域番号 21221008
研究種目

基盤研究(S)

配分区分補助金
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関東京大学

研究代表者

塩田 邦郎  東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (80196352)

研究分担者 八木 慎太郎  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任教授 (10420225)
大鐘 潤  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教 (50313078)
中山 裕之  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 教授 (40155891)
種村 健太郎  東北大学, 農学研究科, 准教授 (20332322)
山内 啓太郎  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授 (70272440)
連携研究者 田中 智  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授 (90242164)
菊水 健史  麻布大学, 獣医学部, 教授 (90302596)
山内 啓太郎  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授 (70272440)
八木 慎太郎  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任教授 (10420225)
種村 健太郎  東北大学, 農学研究科, 准教授 (20332322)
廣澤 瑞子  東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教
研究期間 (年度) 2009-05-11 – 2014-03-31
キーワードゲノム / エピゲノム / ゲノムネットワーク / T-DMR / 性差 / DNAメチル化 / ヒストン修飾
研究概要

哺乳類の雌雄の違いは性染色体(X、Y)によると考えられてきたが、発達や様々な病気を雌雄の違いで考えると性染色体のみでは説明が困難である。雌雄で同じ常染色体でもゲノムDNAの利用法に違いはないだろうか?本研究では、DNAメチル化解析やヒストン修飾解析を行い、常染色体のゲノムの長期利用に性差を示す領域が存在することを明らかにした。雌雄はゲノム配列が同じ常染色体であっても、性依存性にゲノムの利用を変えている。

  • 研究成果

    (49件)

すべて 2014 2013 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 16件) 学会発表 (32件) (うち招待講演 15件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Secreted protein acidic and rich in cysteine internalization and its age-related alterations in skeletal muscle progenitor cells2014

    • 著者名/発表者名
      Nakamura K, Yamanouchi K, Nishihara M
    • 雑誌名

      Aging Cell

      巻: 13(1) ページ: 175-84

    • DOI

      10.1111/acel.12168.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Age- and sex-dependent DNA hypomethylation controlled by growth hormone in mouse liver2013

    • 著者名/発表者名
      Takasugi M, Hayakawa K, Arai D, Shiota K
    • 雑誌名

      Mech Ageing Dev

      巻: 134(7-8) ページ: 331-7

    • DOI

      10.1016/j.mad.2013.05.003.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation profile dynamics of tissue-dependent and differentially methylated regions during mouse brain development2013

    • 著者名/発表者名
      Hirabayashi K, Shiota K, Yagi S
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 6;14 ページ: 82

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-82.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation profile of Aire-deficient mouse medullary thymic epithelial cells2012

    • 著者名/発表者名
      Wu G, Hirabayashi K, Sato S, Akiyama N, Akiyama T, Shiota K, Yagi S
    • 雑誌名

      BMC Immunol

      巻: 2;13 ページ: 58

    • DOI

      10.1186/1471-2172-13-58.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oocyte-specific linker histone H1foo is an epigenomic modulator that decondenses chromatin and impairs pluripotency2012

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa K, Ohgane J, Tanaka S, Yagi S, Shiota K
    • 雑誌名

      Epigenetics

      巻: 7(9) ページ: 1029-36

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation profile : a composer-, conductor-, and player-orchestrated Mammalian genome consisting of genes and transposable genetic elements2012

    • 著者名/発表者名
      Yagi S, Hirosawa M, Shiota K
    • 雑誌名

      J Reprod Dev

      巻: 58(3) ページ: 265-73

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bridging sequence diversity and tissue-specific expression by DNA methylation in genes of the mouse prolactin superfamily2012

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa K, Nakanishi MO, Ohgane J, Tanaka S, Hirosawa M, Soares MJ, Yagi S, Shiota K
    • 雑誌名

      Mamm Genome

      巻: 23(5-6) ページ: 336-45

    • DOI

      10.1007/s00335-011-9383-x.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Non-CpG methylation occurs in the regulatory region of the Sry gene2011

    • 著者名/発表者名
      Nishino K, Hattori N, Sato S, Arai Y, Tanaka S, Nagy A, Shiota K
    • 雑誌名

      J Reprod Dev

      巻: 57(5) ページ: 586-93

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation-dependent modulator of Gsg2/Haspin gene expression2011

    • 著者名/発表者名
      Sato S, Maeda C, Hattori N, Yagi S, Tanaka S, Shiota K
    • 雑誌名

      J Reprod Dev

      巻: 57(4) ページ: 526-33

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Epigenetic assessment of environmental chemicals detected in maternal peripheral and cord blood samples2011

    • 著者名/発表者名
      Arai Y, Ohgane J, Yagi S, Ito R, Iwasaki Y, Saito K, Akutsu K, Takatori S, Ishii R, Hayashi R, Izumi S, Sugino N, Kondo F, Horie M, Nakazawa H, Makino T, Shiota K
    • 雑誌名

      J Reprod Dev

      巻: 57(4) ページ: 507-17

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA methylation status of nuclear-encoded mitochondrial genes underlies the tissue-dependent mitochondrial functions2010

    • 著者名/発表者名
      Takasugi M, Yagi S, Hirabayashi K, Shiota K
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 19 ページ: 11:481

    • DOI

      10.1186/1471-2164-11-481.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enrichment of short interspersed transposable elements to embryonic stem cell-specific hypomethylated gene regions2010

    • 著者名/発表者名
      Muramoto H, Yagi S, Hirabayashi K, Sato S, Ohgane J, Tanaka S, Shiota K
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 15(8) ページ: 855-65

    • DOI

      10.1111/j.1365-2443.2010.01423.x.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide analysis of epigenetic signatures for kidney-specific transporters2010

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi R, Yagi S, Kusuhara H, Imai S, Sugiyama Y, Shiota K
    • 雑誌名

      Kidney Int

      巻: 78(6) ページ: 569-77

    • DOI

      10.1038/ki.2010.176.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genome-wide DNA methylation profile of tissue-dependent and differentially methylated regions (T-DMRs) residing in mouse pluripotent stem cells2010

    • 著者名/発表者名
      Sato S, Yagi S, Arai Y, Hirabayashi K, Hattori N, Iwatani M, Okita K, Ohgane J, Tanaka S, Wakayama T, Yamanaka S, Shiota K
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 15(6) ページ: 607-18

    • DOI

      10.1111/j.1365-2443.2010.01404.x.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Trophoblast cell lineage in cloned mouse embryos2010

    • 著者名/発表者名
      Oda M, Shiota K, Tanaka S
    • 雑誌名

      Dev Growth Differ

      巻: 52(3) ページ: 285-91

    • DOI

      10.1111/j.1440-169X.2010.01173.x.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interplay between DNA methylation, histone modification and chromatin remodeling in stem cells and during development2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami K, Ohgane J, Tanaka S, Yagi S, Shiota K
    • 雑誌名

      Int J Dev Biol

      巻: 53(2-3) ページ: 203-14

    • DOI

      10.1387/ijdb.082741ki.

    • 査読あり
  • [学会発表] 卵子特異的リンカーヒストンH1fooのゲノム標的領域およびその特徴2013

    • 著者名/発表者名
      早川晃司, 他
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド、兵庫
    • 年月日
      20131203-06
  • [学会発表] ポスト・エピジェネティクス時代のエピジェネティクス2013

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      奈良県新公会堂、奈良
    • 年月日
      20130530-31
    • 招待講演
  • [学会発表] Histone H1foo, an oocyte-specific linker histone member, decondenses chromatin at unique target loci in mouse genome2013

    • 著者名/発表者名
      Koji Hayakawa, et al
    • 学会等名
      EMBO Conference Series, Chromatin and Epigenetics
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 年月日
      20130508-12
  • [学会発表] マウス肝臓における週齢依存的DNA メチル化変化のメカニズム及びその性依存的遺伝子発現制御への関与2012

    • 著者名/発表者名
      高杉征樹, 他
    • 学会等名
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      学術総合センター、東京
    • 年月日
      20120514-15
  • [学会発表] 卵子特異的リンカーヒストンH1fooはクロマチンの弛緩状態を維持することで細胞分化を妨げる2012

    • 著者名/発表者名
      早川晃司, 他
    • 学会等名
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      学術総合センター、東京
    • 年月日
      20120514-15
  • [学会発表] 卵特異的リンカーヒストンH1fooはクロマチン脱凝縮を促すエピジェネティクス因子である2012

    • 著者名/発表者名
      早川晃司, 他.
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会
    • 発表場所
      マリンメッセ福岡、福岡
    • 年月日
      2012-12-11
  • [学会発表] 生命医科学におけるエピジェネティクスとエピゲノム2012

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第53回歯科基礎医学サテライトシンポジウム
    • 発表場所
      奥羽大学、福島
    • 年月日
      2012-09-14
    • 招待講演
  • [学会発表] Epigenetics of Molecular Diversity and Placenta Function2012

    • 著者名/発表者名
      Kunio Shiota
    • 学会等名
      Symposium on Epigenetic Regulation of Fetal and Placental Development
    • 発表場所
      Kingston, Canada
    • 年月日
      2012-07-14
    • 招待講演
  • [学会発表] 鳶が鷹を生む?エピジェネティクスによるDNA の紬2012

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第42回東京大学農学部公開セミナー
    • 発表場所
      東京大学弥生講堂、東京
    • 年月日
      2012-06-16
    • 招待講演
  • [学会発表] エピジェネティクスの守備範囲2012

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      エピジェネティクス療法研究会
    • 発表場所
      青山ダイヤモンドホール、東京
    • 年月日
      2012-06-15
    • 招待講演
  • [学会発表] エピジェネティクスによる遺伝子ファミリーの進化2012

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      鶴見大学歯学部セミナー
    • 発表場所
      鶴見大学、横浜
    • 年月日
      2012-05-11
    • 招待講演
  • [学会発表] H1foo plays a role of controlling of oocyte-specific genes through epigenetic systems2012

    • 著者名/発表者名
      Koji Hayakawa, et al
    • 学会等名
      40th KEYSTONE SYMPOSIA The Life of a Stem Cell : From Birth to Death
    • 発表場所
      Olympic Valley, U.S.A
    • 年月日
      2012-03-15
  • [学会発表] DNA methylation profiling by tissue-dependent and differentially methylated regions (T-DMRs) in pluripotent stem cells : insights into genome organization2011

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Yagi, et al
    • 学会等名
      International Meeting for Evolution of Reproductive Biology and Task of Frontiers
    • 発表場所
      いわて県民情報交流センター・アイーナ、盛岡
    • 年月日
      2011-09-15
    • 招待講演
  • [学会発表] 卵特異的ヒストンH1fooはDNA メチル化プロフィール形成に関与する2011

    • 著者名/発表者名
      早川晃司, 他
    • 学会等名
      第104回日本繁殖生物学会
    • 発表場所
      いわて県民情報交流センター・アイーナ、盛岡
    • 年月日
      2011-09-15
  • [学会発表] Genome-wide DNA methylation profiles provide Glimpses of behind-the-scenes Genome2011

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Yag,i et al
    • 学会等名
      International Symposium Sex-differences in Epigenetics and Epigenomics
    • 発表場所
      東京大学中島ホール、東京
    • 年月日
      2011-09-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Female-specific histone H1foo has an effect on epigenome2011

    • 著者名/発表者名
      Koji Hayakawa, et al
    • 学会等名
      International Symposium Sex-differences in Epigenetics and Epigenomics
    • 発表場所
      東京大学中島ホール、東京
    • 年月日
      2011-09-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Nonsimultaneous and progressive sexual divergence in DNA methylation driven by growth hormone and testosterone in the adult mouse liver2011

    • 著者名/発表者名
      Masaki Takasugi, et al
    • 学会等名
      International Symposium Sex-differences in Epigenetics and Epigenomics
    • 発表場所
      東京大学中島ホール、東京
    • 年月日
      2011-09-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Establishment of DNA methylation profile specific to trophoblast cell lineage follows the first morphological specification2011

    • 著者名/発表者名
      Momo Nakanishi, et al
    • 学会等名
      International Symposium Sex-differences in Epigenetics and Epigenomics
    • 発表場所
      東京大学中島ホール、東京
    • 年月日
      2011-09-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Common genomic features between human and mouse illustrated by tissue dependent and differentially methylated regions (T-DMRs) in pluripotent cells2011

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Yagi, et al
    • 学会等名
      Epigenetic World Congres
    • 発表場所
      Boston, U.S.A.
    • 年月日
      2011-04-26
  • [学会発表] 細胞・組織特異転写因子ネットワークのエピジェネティクス2010

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第51回日本組織細胞化学会総会
    • 発表場所
      秋葉原コンベンションホール東京
    • 年月日
      20100904-05
    • 招待講演
  • [学会発表] Transposable elements are genomic landmarks for DNA hypomethylation specific to embryonic stem cells2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Muramoto, et al
    • 学会等名
      75th Cold Spring Harbor Symposium : Nuclear Organization & Function
    • 発表場所
      Cold Spring Harbor, U.S.A
    • 年月日
      20100602-07
  • [学会発表] ES細胞特異的低メチル化遺伝子領域は特徴的な反復配列分布を示す2010

    • 著者名/発表者名
      村本玄紀, 他
    • 学会等名
      第4回日本エピジェネティクス研究会年会
    • 発表場所
      米子市文化ホール、鳥取
    • 年月日
      20100528-29
  • [学会発表] Genome-wide DNA methylation profile of pluripotent stem cells2010

    • 著者名/発表者名
      Shinya Sato, et al
    • 学会等名
      Experimental Biology 2010
    • 発表場所
      Anaheim, U.S.A
    • 年月日
      20100424-28
  • [学会発表] Epigenetic marks of nuclear-encoded mitochondrial genes by DNA methylation2010

    • 著者名/発表者名
      Masaki Takasugi, et al
    • 学会等名
      Experimental Biology 2010
    • 発表場所
      Anaheim, U.S.A
    • 年月日
      20100424-28
  • [学会発表] Gene- orientationdependent DNA methylation patterns in the mouse prolactin (Prl) family gene cluster locus2010

    • 著者名/発表者名
      Koji Hayakawa, et al
    • 学会等名
      Experimental Biology 2010
    • 発表場所
      Anaheim, U.S.A
    • 年月日
      20100424-28
  • [学会発表] Enrichment of short interspersed transposable elements (SINEs) in hypomethylated genic regions in embryonic stem cells2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Muramoto, et al
    • 学会等名
      Experimental Biology 2010
    • 発表場所
      Anaheim, U.S.A
    • 年月日
      20100424-28
  • [学会発表] Epigenetic marks of nuclear-encoded mitochondoria genes by DNA2010

    • 著者名/発表者名
      Masaki Takasugi, et al
    • 学会等名
      Experimental Biology 2010
    • 発表場所
      Anaheim, U.S.A
    • 年月日
      20100424-28
  • [学会発表] 環境リスクのエピジェネティクスとエピゲノム研究2010

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      日本薬学会環境衛生部会主催フォーラム2010 : 衛生薬学・環境トキシコロジーにおけるフォーラム
    • 発表場所
      星薬科大学、東京
    • 年月日
      2010-09-09
    • 招待講演
  • [学会発表] 哺乳類細胞・組織のゲノムワイドDNA メチル化プロファイル2010

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      医用細胞資源センター セミナー
    • 発表場所
      東北大学加齢医学研究所、仙台
    • 年月日
      2010-03-08
    • 招待講演
  • [学会発表] エピジェネティクス-健康と病気の新たなパラダイム2010

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      学術フロンティア事業シンポジウム
    • 発表場所
      日本大学 動物医科学研究センター
    • 年月日
      2010-02-09
    • 招待講演
  • [学会発表] タマゴとニワトリ、どちらが先か?エピジェネティクスからの回答2009

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第56回日本実験動物学会総会
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所、大阪
    • 年月日
      20090514-16
  • [学会発表] 胎児・胎盤評価系としてのエピジェネティクスとエピジェノム2009

    • 著者名/発表者名
      塩田邦郎
    • 学会等名
      第36回日本トキシコロジー学会シンポジウム
    • 発表場所
      盛岡市民文化ホール、盛岡
    • 年月日
      2009-07-08
  • [備考] 国際シンポジウムの主催 性差のエピジェネティクスの基礎から応用の情報交換と社会への発信を目指して、国際シンポジウム"Sex-Differences in Epigenetics and Epigenomics"を開催し、(中島ホール、東京大学フードサイエンス棟 2012年9月12日)、学生、大学院生、一般の研究者を対象に、性差に関するエピジェネティクスの重要性をアピールした。本研究プロジェクトメンバー(4名:八木、早川、中西、高杉)により成果の一部を発表した (学会発表15-18)。また、海外からDr. Scott Coonrod (Cornel Univ.), Dr. Masako Suzuki (Albert Einstein College of Medicine)、国内から服部奈緒子博士(国立がんセンター)、秦健一郎博士(国立成育医療センター)を演者に招き、総合討論を行った。

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公開日: 2015-06-25  

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