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2011 年度 研究成果報告書

細胞内分子環境で機能する新規核酸マテリアル創製

研究課題

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研究課題/領域番号 21245040
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体関連化学
研究機関甲南大学

研究代表者

杉本 直己  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 教授 (60206430)

研究分担者 川上 純司  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 教授 (40289012)
中野 修一  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (70340908)
三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (50388758)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
キーワード核酸 / 四重鎖構造 / 相互作用エネルギー / リボザイム / 分子クラウディング / ポリエチレングリコール
研究概要

分子クラウディングのモデル実験系を構築することで、細胞で行われる相互作用や化学反応の橋渡しとなる定量データを取得し、核酸の構造と機能に対する分子環境効果を化学的に解明する試みを行った。こうして得られたデータに基づいて、分子環境効果を利用した機能性核酸の開発とその機能解析を行い、細胞反応を理解するための新規実験系や、細胞内部のような特殊環境で機能する種々の核酸マテリアルを開発することに成功した。

  • 研究成果

    (33件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (21件) (うち査読あり 21件) 学会発表 (8件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Detection of a prognostic indicator in early-stage cancer using functionalized graphene-based peptide sensors.2012

    • 著者名/発表者名
      L. Feng, L. Wu, J. Wang, J. Ren, D. Miyoshi, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Adv. Mater.

      巻: 24 ページ: 125-131

    • DOI

      DOI:10.1002/adma.201103205

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Label-free colorimetric and quantitative detection of cancer marker protein using noncrosslinking aggregation of Au/Ag nanoparticles induced by target-specific peptide probe2011

    • 著者名/発表者名
      X. Wang, L. Wu, J. Ren, D. Miyoshi, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Biosensors and Bioelectronics

      巻: 26 ページ: 4804-4809

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bios.2011.06.012

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Measurements of the binding of a large protein using a substrate density-controlled DNA chip.2011

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, T. Kanzaki, M. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Anal. Chem.

      巻: 83 ページ: 6368-6372

    • DOI

      DOI:10.1021/bi200477g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of locked nucleic acid modification on thermal stability of non-canonical DNA structure2011

    • 著者名/発表者名
      J. Bhattacharyya, S. Maiti, S. Muhuri, S. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 50 ページ: 7414-7425

    • DOI

      DOI:10.1021/bi200477g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rational design of a new IMP aptamer based on a TPP riboswitch and a hypoxanthine aptamer2011

    • 著者名/発表者名
      M. Tokui, T. Yamauchi, D. Miyoshi, H. Kamiya, A. Nishimura, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Lett.

      巻: 40 ページ: 1313-1314

    • DOI

      DOI:10.1246/cl.2011.1313

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of protein binding on DNA G-quadruplex structures2011

    • 著者名/発表者名
      S. Nagatoishi, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Int. Rev. Biophys. Chem.

      巻: 2 ページ: 129-134

    • URL

      http://www.praiseworthyprize.com/IREBIC-latest/IREBIC_vol_2_n_4.html#Effects_of_protein_binding_on_DNA_Gquadruplex_structures

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene regulation system with an artificial RNA switch operating in human cell2011

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem Bio Chem

      巻: 12 ページ: 1174-1178

    • DOI

      DOI:10.1002/cbic.201100093

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thermodynamic stability of Hoogsteen and Watson-Crick base pairs in the presence of histone H3-mimicking peptide2011

    • 著者名/発表者名
      S. Pramanik, K. Nakamura, K. Usui, S. Nakano, S. Saxena, J. Matsui, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 47 ページ: 2790-2792

    • DOI

      DOI:10.1039/C0CC05776B

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sole and stable RNA duplexes of G-rich sequences located in the 5'-untranslated region of protooncogenes.2010

    • 著者名/発表者名
      S. Saxena, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 49 ページ: 7190-7201

    • DOI

      DOI:10.1021/bi101093a

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monomorphic RNA G-quadruplex and polymorphic DNA G-quadruplex structures responding to cellular environmental factors2010

    • 著者名/発表者名
      D. Zhang, T. Fujimoto, S. Saxena, H. Yu, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 49 ページ: 4554-4563

    • DOI

      DOI:10.1021/bi1002822

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of new functional nanostructures consisting of both DNA duplex and quadruplex.2010

    • 著者名/発表者名
      K. Dutta, T. Fujimoto, M. Inoue, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 46 ページ: 7772-7774

    • DOI

      DOI:10.1039/C0CC00710B

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Anionic phthalocyanines targeting G-quadruplexes and inhibiting telomerase activity in the presence of excessive DNA duplexes2010

    • 著者名/発表者名
      H. Yaku, T. Murashima, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 46 ページ: 5740-5742

    • DOI

      DOI:10.1039/C0CC00956C

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A rapid and sensitive "add-mix-measure" assay for multiple proteinases based on one goldnanoparticle-peptide-fluorophor e conjugate.2010

    • 著者名/発表者名
      X. Wang, J. Geng, D. Miyoshi, J. Ren, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Biosensors and Bioelectronics

      巻: 49 ページ: 743-747

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bios.2010.06.046

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ultrasensitive and selective detection of a prognostic indicator in early-stage cancer using graphene oxide and carbon nanotubes2010

    • 著者名/発表者名
      X. Wang, C. Wang, K. Qu, Y. Song, J. Ren, D. Miyoshi, N. Sugimoto, and X. Qu
    • 雑誌名

      Adv. Funct. Mat.

      巻: 20 ページ: 3967-3971

    • DOI

      DOI:10.1002/adfm.201001118

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Utilization of salmon milt DNA against UV damage2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Sasaki, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Applied Biochem. Biotech.

      巻: 160 ページ: 4554-4563

    • DOI

      DOI:10.1007/s12010-009-8697-6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stacking interaction in the middle and at the end of a DNA helix studied with non-natural nucleotides2010

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, H. Oka, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Mol. BioSyst.

      巻: 6 ページ: 2023-2029

    • DOI

      DOI:10.1039/C0MB00002G

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular crowding of the cosolutes induces an intramolecular i-motif structure of triplet repeat DNA oligomers at neutral pH2010

    • 著者名/発表者名
      A. Rajendran, S. Nakano, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Chem. Commun.

      巻: 46 ページ: 1299-1301

    • DOI

      DOI:10.1039/B922050J

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Facilitation of RNA enzyme activity in the molecular crowding media of cosolutes2009

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano, H. T. Karimata, Y. Kitagawa, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 131 ページ: 16881-16888

    • DOI

      DOI:10.1021/ja9066628

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An approach to peptide-based ATP receptors by a combination of random selection, rational design, and molecular imprinting2009

    • 著者名/発表者名
      J. Matsui, J. Nagano, D. Miyoshi, K. Tamaki, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      Biosensors and Bioelectronics

      巻: 25 ページ: 563-567

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bios.2009.01.031

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stabilization of three-way junctions of DNA under molecular crowding conditions2009

    • 著者名/発表者名
      S. Muhuri, K. Mimura, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 131 ページ: 9268-9280

    • DOI

      DOI:10.1021/ja900744e

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydration of Watson-Crick base pairs and dehydration of Hoogsteen base pairs inducing structural polymorphism under molecular crowding conditions2009

    • 著者名/発表者名
      D. Miyoshi, K. Nakamura, H. T. Karimata, T. Ohmichi, and N. Sugimoto
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 131 ページ: 3522-3531

    • DOI

      DOI:10.1021/ja805972a

    • 査読あり
  • [学会発表] Quantitative analysis of adsorption and desorption of DNA secondary structures on graphene oxide2011

    • 著者名/発表者名
      T. Fujimoto, S. Nakano, N. Sugimoto, and D. Miyoshi
    • 学会等名
      The 38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 発表場所
      北海道大学(北海道)
    • 年月日
      2011-11-10
  • [学会発表] Control of gene expression through an allosteric interaction of transactivator protein and its target RNA2010

    • 著者名/発表者名
      T. Endoh, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 37th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      はまぎんホール・ヴィアマーレ(横浜)
    • 年月日
      2010-11-11
  • [学会発表] Evaluation of the cation binding for the RNA dimerization under molecular crowding condition2010

    • 著者名/発表者名
      H. Hirayama, S. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 37th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 発表場所
      はまぎんホール・ヴィアマーレ(横浜)
    • 年月日
      2010-11-11
  • [学会発表] Molecular crowding effect on functional nucleic acids2010

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      The 1st Asian Chemical Biology Conference(ACBC2010)
    • 発表場所
      ソウル大学(韓国)
    • 年月日
      2010-06-26
  • [学会発表] Stabilization and function of nucleic acids under molecular crowding conditions2010

    • 著者名/発表者名
      N. Sugimoto
    • 学会等名
      Symposium on Nucleic Acid Chemistry(Structure and Interactions)
    • 発表場所
      Gorica(スロベニア)
    • 年月日
      2010-05-30
  • [学会発表] Thermodynamic parameters for reliable prediction of RNA structures2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Tanaka, K. Kishimoto, N. Sugimoto, and J. Kawakami
    • 学会等名
      Joint Symposium of the 5th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society and the 19th Antisense Symposium
    • 発表場所
      九州大学(福岡)
    • 年月日
      2009-11-05
  • [学会発表] Formation of three-way junctions of DNA under molecular crowding conditions2009

    • 著者名/発表者名
      S. Muhuri, D. Miyoshi, and N. Sugimoto
    • 学会等名
      Gordon Research Conference(Nucleosides, Nucleotides & Oligonucleoties)
    • 発表場所
      Newport(アメリカ)
    • 年月日
      2009-07-07
  • [学会発表] 共存溶質によるテロメラーゼ活性の制御2009

    • 著者名/発表者名
      三好大輔, Hai-Quing Yu, 杉本直己
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会第4回年会
    • 発表場所
      神戸市産業振興センター(神戸)
    • 年月日
      2009-05-18
  • [図書] G-quartet, G-quadruplex, and G-wire regulated by chemical stimuli DNA2011

    • 著者名/発表者名
      D. Miyoshi and N. Sugimoto
    • 総ページ数
      93-104
  • [図書] 機能性核酸のテーラーメード設計超分子サイエンス & テクノロジー2009

    • 著者名/発表者名
      杉本直己, 三好大輔
    • 総ページ数
      921-929
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
  • [図書] Chapter 8.Energy of Nucleic Acid Self-Assemblies : From Sequence to Function through Structure. Bottom-up Nanofabrication : Supramolecules, Self-Assemblies, and Organized Films2009

    • 著者名/発表者名
      S. Nakano and N. Sugimoto
    • 総ページ数
      191-215
    • 出版者
      American Scientific Publishers
  • [備考]

    • URL

      http://www.konan-fiber.jp/

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公開日: 2013-07-31  

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