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2009 年度 実績報告書

呼吸酵素における、酸素還元と一酸化窒素還元の機能変換と分子進化

研究課題

研究課題/領域番号 21245041
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

キーワード一酸化窒素還元酵素 / 亜酸化窒素 / 脱窒 / 呼吸酵素 / チトクロム酸化酵素 / X線結晶構造解析 / 温室効果ガス
研究概要

一酸化窒素還元酵素は、微生物の嫌気呼吸のキー酵素であり、一酸化窒素NOを還元して亜酸化窒素N_2Oに変換する(2NO+2H^++2e^-→N_2O+H_2O)。反応物NOが大気汚染気体NOxの一種であり非常に細胞毒性が強いこと、生成物N_2Oが二酸化炭素CO_2の約310倍の温室効果があり、なおかつオゾン層を破壊する気体であることから、環境科学の側面からも注目されている酵素である。さらに、cNORは好気呼吸の鍵酵素であるチトクロム酸化酵素と、共通の祖先を有していると考えられており、呼吸酵素の分子進化を考える上でも重要な酵素である。Pseudomonas aeruginosaのcNORとGeobacillus stearothermophilusのqNORの分子構造の決定、ならびにこれらの構造を基盤にして、呼吸酵素の機能変換をめざしている。cNORはNorBとNorCの2つのサブユニットからなるヘテロ二量体であり、アズリン(銅タンパク質)を電子供与体とする。qNORは一つのポリペプチドからなり、メナキノールを電子供与体とする。cNORとqNOR共に、結晶化に成功し、約2.4A分解能のX線回折像が得られたので、構造解析を進めた。一方、部位特異的な変異導入による機能変換に必要な、cNORの大腸菌における発現系の構築も開始した。酵素は発現し、その可視光吸収スペクトルはnative酵素と類似であったが、一酸化窒素還元活性を確認できなかった。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2009

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (7件)

  • [雑誌論文] Structure of PAS-linked Histidine Kinase and the Response Regulator Complex2009

    • 著者名/発表者名
      S. Yamada, H. Sugimoto, M. Kobayashi, A. Ohno, H. Nakamura, Y. Shiro
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 17 ページ: 1333-1344

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cooperative Binding of L-Trp to Human Tryptophan 2,3-Dioxygenase : Resonance Raman Spectroscopic Analysis2009

    • 著者名/発表者名
      E.Fukumura, H.Sugimoto, Y.Misumi, T.Ogura, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Biochem.

      巻: 145 ページ: 505-515

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ligand Energy Controls the Heme-Fe Valence in Aqueous Myoglobins2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Harada, M.Taguchi, Y.Miyajima, T.Tokushima, Y.Horikawa, A.Chainani, Y.Shiro, Y.Senba, H.Ohashi, H.Fukuyama, S.Shin
    • 雑誌名

      J.Phys.Soc.Jpn.

      巻: 78 ページ: 044802-1-5

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of a New Cyan Fluorescent Protein and Its Hue-shifted Variants2009

    • 著者名/発表者名
      A.Kikuchi, E.Fukumura, S.Karasawa, Y.Shiro, A.Miyawaki
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 48 ページ: 5276-5283

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical and Experimental Studies of the Conversion of Chromopyrrolic Acid to an Antitumor Derivative by Cytochrome P450 StaP : The Biological Role of Water Molecules2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Wang, H.Chen, M.Makino, Y.Shiro, S.Nagano, S.Asamizu, H.Onaka, S.Sason
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 131 ページ: 6748-6762

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Heme-dependent Autophosphorylation of a Heme Sensor Kinase, ChrS from Corynebacterium diphtheriae Reconstituted in Proteoliposomes2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ito, S.Nakagawa, A.Komagata, M.Ikeda-Saito, Y.Shiro, H.Nakamura
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 583 ページ: 2244-2248

    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray Crystal Structure of the Michaelis Complex of Aldoxime Dehydratase2009

    • 著者名/発表者名
      H.Sawai, H.Sugimoto, Y.Kato, Y.Asano, Y.Shiro, S.Aono
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 284 ページ: 32089-32096

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mg^<2+> Dependence of 70S Ribosomal Protein Flexibility Revealed by Hydrogen/Deuterium Exchange and Mass Spectrometry2009

    • 著者名/発表者名
      T.Yamamoto, Y.Shimizu, T.Ueda, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 285 ページ: 5646-5652

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excited States of Fluorescent Proteins, mKO and DsRed : Chromophore-protein Electrostatic Interaction Behind the Color Variations2009

    • 著者名/発表者名
      J.Hasegawa, Y.Ise, K.Fujimoto, A.Kikuchi, E.Fukumura, A.Miyawaki, Y.Shiro
    • 雑誌名

      J.Phys.Chem.B

      巻: 114 ページ: 2971-2979

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Identification of the Fe-O2 and the Fe=O Heme Species for Indoleamine 2,3-Dioxygenase during Catalytic Turnover2009

    • 著者名/発表者名
      S.Yanagisawa, K.Yotsuya, Y.Hashiwaki, M.Horitani, H.Sugimoto, Y.Shiro, E.H.Appelman, T.Ogura
    • 雑誌名

      Chem.Lett.

      巻: 39 ページ: 36-37

    • 査読あり
  • [学会発表] 電子供与体キノールから一酸化窒素還元酵素への電子伝達2009

    • 著者名/発表者名
      當舎武彦、松本悠史、永野真吾、城宜嗣
    • 学会等名
      第82回日本生化学大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2009-10-24
  • [学会発表] μSR法による鉄ポルフィリンの微視的観測-μSR法によるヘムタンパク質の解明を目指して2009

    • 著者名/発表者名
      菊地晶裕、渡邊功雄、城宜嗣
    • 学会等名
      第59回錯体化学討論会
    • 発表場所
      長崎
    • 年月日
      2009-09-26
  • [学会発表] Structure and function of nitric oxide reductases ; chemistry of NO reduction and N_2O formation2009

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro
    • 学会等名
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC 14)
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-27
  • [学会発表] Cooperative L-Trp binding to human tryptophan 2,3-dioxgenase revealed by Resonance Raman Spectroscopy2009

    • 著者名/発表者名
      Fukumura E., Sugimoto H., Misumi Y., Ogura T., Shiro Y.
    • 学会等名
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC 14)
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] Role of the amino acid residues in the active site of human indoleamine 2,3-dioxygenase2009

    • 著者名/発表者名
      Horitani M., Kometani E., Sugimoto H., Shiro Y.
    • 学会等名
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC 14)
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] Structure and mechanism of enzymes involved in indolocarbazole biosynthesis2009

    • 著者名/発表者名
      Nagano S., Onaka H., Shaik S., Shiro Y.
    • 学会等名
      14th International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC 14)
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-07-26
  • [学会発表] 抗生物質ビオラセインの骨格を構築する鍵酵素VioEの構造とメカニズム2009

    • 著者名/発表者名
      永野真吾、平野聡、尾仲宏康、浅水俊平、城宜嗣
    • 学会等名
      第36回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2009-06-19

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公開日: 2012-07-19  

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