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2010 年度 実績報告書

呼吸酵素における、酸素還元と一酸化窒素還元の機能変換と分子進化

研究課題

研究課題/領域番号 21245041
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

キーワード一酸化窒素還元酵素 / 亜酸化窒素 / 脱窒 / 呼吸酵素 / チトクロム酸化酵素 / X線結晶構造解析 / 温室効果ガス
研究概要

緑膿菌Pseudomonas aeruginosaの一酸化窒素還元酵素cNORの結晶構造解析に成功した。cNORは、微生物の嫌気呼吸のキー酵素であり、一酸化窒素NOを還元して亜酸化窒素N_2Oに変換する(2NO+2H^++2e-→N_2O+H_2O)。反応物NOが大気汚染気体NO_xの一種であり非常に細胞毒性が強いこと、生成物N_2Oが二酸化炭素CO_2の約310倍の温室効果があり、なおかつオゾン層を破壊する気体であることから、環境科学の側面からも注目されている酵素である。さらに、cNORは好気呼吸の鍵酵素であるチトクロム酸化酵素と、共通の祖先を有していると考えられており、呼吸酵素の分子進化を考える上でも重要な酵素である。本酵素は、膜結合性酵素であり、結晶化を開始してから7年後の成果である。全体構造は、12本の膜貫通αヘリックスからなるNorBサブユニットと、親水性のチトクロムcフォール度と1本の膜貫通αヘリックスからなるNorCサブユニットで構成されていた。触媒反応中心は、ヘムbと非ヘム鉄の2つと鉄からなる複核中心であり、非ヘム鉄には、3つのHisイミダゾールと1つのGluカルボン酸が配位子として配位していた。また、酵素反応に使われるプロトンおよび電子の輸送経路に関して議論した。以上の分子構造の情報が得られたことにより、酵素反応機構の議論を開始することができた。チトクロム酸化酵素と構造を比較することにより、「呼吸酵素が進化の過程においていかにプロトンポンプ機能を獲得したか」に関しても議論を開始する事ができるようになった。

  • 研究成果

    (21件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (10件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] A Specific Interaction of L-Tryptophan with CO of CO-Bound Indoleamine 2,3-Dioxygenase Identified by Resonance Raman Spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      S. Yanagisawa, H. Sugimoto, Y. Shiro, T. Ogura
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 49 ページ: 10081-10088

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unique Properties and reactivity of High-Valent Manganese-Oxo versus Manganese-Hydroxo in the Salen Platform2010

    • 著者名/発表者名
      T.Kurahashi, A.Kikuchi, Y.Shiro, M.Hada, H.Fujii
    • 雑誌名

      Inorg.Chem.

      巻: 49 ページ: 6664-6672

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-step Hydroxylations of Vitamin D_3 by a Genetically Engineered CYP105A12010

    • 著者名/発表者名
      K.Hayashi, K.Yasuda, H.Sugimoto, S.Ikushiro, M.Kamakura, A.Kittaka, R.Horst, T.Chen, M.Ohta, Y.Shiro, T.Sakaki
    • 雑誌名

      FEBS Lett.

      巻: 277 ページ: 3999-4009

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of Novel Hypoxia-targeting IDO Hybrid Inhibitors Conjugated with an Unsubstituted L-TRP as an IDO Affinity Moiety2010

    • 著者名/発表者名
      H.Nakashima, K.Ikkyu, K.Nakashima, K.Sano, Y.Uto, E.Nakata, H.Nagasawa, H.Sugimoto, Y.Shiro, Y.Nakagawa, H.Hori
    • 雑誌名

      Adv.Exp.Med.Biol.

      巻: 662

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bioconversion of Vitamin D to Its Active Form by Bacterial or Mammalian Cytochromes P4502010

    • 著者名/発表者名
      T.Sakaki, H.Sugimoto, K.Hayashi, K.Yasuda, E.Munetsna, M.Kamakura, S.Ikushiro, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta

      巻: 1814 ページ: 249-256

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel Glycerophosphodiester Phosphodiesterase GDE5 Controls Skeletal Muscle Development via a Non-enzymatic Mechanism2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Okazaki, N.Ohshima, I.Yoshizawa, Y.Kamei, S.Mariggio, K.Okamoto, M.Maeda, Y.Nogusa, Y.Fujioka, T.Izumi, Y.Ogawa, Y.Shiro, M.Wada, N.Kato, D.Corda, N.Yanaka
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem.

      巻: 285 ページ: 27652-27663

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ONIOM Study on a Missing Piece in Our Understanding of Heme Chemistry : Bacterial Tryptophan 2,3-Dioxygenase with Dual Oxidants2010

    • 著者名/発表者名
      L.W.Chung, X.Li, H.Sugimoto, Y.Shiro, K.Morokuma
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc.

      巻: 132 ページ: 11993-12005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Understanding Substrate Misrecognition of Hydrogen Peroxide-Dependent Cytochrome P450 from Bacillus subtilis2010

    • 著者名/発表者名
      O.Shoji, T.Fujishiro, S.Nagano, S.Tanaka, T.Hirose, Y.Shiro, Y.Watanabe
    • 雑誌名

      J.Bio.Inorg.Chem.

      巻: 15 ページ: 1331-1339

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis of Biological N_2O Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductase2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hino, Y.Matsumoto, S.Nagano, H.Sugimoto, Y.Fukumori, T.Murata, S.Iwata, Y.Shiro
    • 雑誌名

      Science

      巻: 330 ページ: 1666-1670

    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hino, Y.Matsumoto, Andrei Pisliakov, S.Nagano, H.Sugimoto, Yuji Sugita, Y.Shiro
    • 学会等名
      Third Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences : -Exneriments and Simulations
    • 発表場所
      Jeju, Korea
    • 年月日
      2011-02-28
  • [学会発表] Two-component regulatory System : Cellular signal transduction systemssensing exogenous stimuli2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro, Hiro Nakamura, Yoko Ito, Hiroshi Sugimoto
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      Waikiki, Hawaii, USA
    • 年月日
      2010-12-16
  • [学会発表] Cooperative L-Trp binding to human tryptophan 2,3-dioxygenase revealed by resonance Raman spectroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      福村栄維子、杉本宏、三角祐子、小倉尚志、城宜嗣
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2020)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
  • [学会発表] ナノデスクを用いた病原菌の生体鉄感知システムの解析2010

    • 著者名/発表者名
      伊藤陽子、當舎武彦、中村寛夫、城宜嗣
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2020)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2010-12-09
  • [学会発表] 二成分情報伝達系複合体構造からわかる環境変化感知からリン酸化への生体シグナル変換機構2010

    • 著者名/発表者名
      杉本宏、山田斉爾、中村寛夫、城宜嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会2010年度年会
    • 発表場所
      吹田
    • 年月日
      2010-12-05
  • [学会発表] Nitric Oxide Reductase ; Chemistry of N-O Bond Cleavage and N-N Bond Formation2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro, Tomoya Hino, Yushi Matsumoto, Shingo Nagano, Hiroshi Sugimoto, Takehiko Tosha
    • 学会等名
      Sixth International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines (ICPP-6)
    • 発表場所
      Albuquerque, Mew Mexico, USA
    • 年月日
      2010-07-06
  • [学会発表] 立体構造と理論計算に基づく蛍光タンパク質の設計2010

    • 著者名/発表者名
      菊地晶裕、長谷川淳也、唐澤智司、城宜嗣
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質化学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-18
  • [学会発表] シトクロムP450(CYP105A1)の立体構造に基づくビタミンD水酸化反応のデザインと応用2010

    • 著者名/発表者名
      杉本宏、林恵子、安田佳織、池田進之介、新京楽、鎌倉昌樹、生城真一、城宜嗣、榊利之
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質化学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-17
  • [学会発表] ヘム輸送タンパク質の構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      直江洋一、杉本宏、城宜嗣
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質化学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-17
  • [学会発表] 嫌気呼吸系の一酸化窒素還元酵素の構造と分子進化2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾、松本悠史、當舎武彦、日野智也、杉本宏、城宜嗣
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質化学会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-17
  • [図書] Handbook of Porphyrin Science (K.M.Kadish, K.M.Smith, R.Guilard, Eds.) Vol.5, Chapter 242010

    • 著者名/発表者名
      H.Sugimoto, O.Takikawa, Y.Shiro
    • 総ページ数
      71-122
    • 出版者
      World Scientific
  • [図書] Handbook of Porphyrin Science (K.M.Kadish, K.M.Smith, R.Guilard, Eds.) Vol.5, Chapter 252010

    • 著者名/発表者名
      Y.Shiro, S.Nagano
    • 総ページ数
      123-163
    • 出版者
      World Scientific

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公開日: 2012-07-19  

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