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2009 年度 実績報告書

藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤構築

研究課題

研究課題/領域番号 21247010
研究機関筑波大学

研究代表者

井上 勲  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (70168433)

研究分担者 橋本 哲男  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 教授 (50208451)
石田 健一郎  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (30282198)
稲垣 祐司  筑波大学, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (50387958)
菊池 淳  独立行政法人理化学研究所, 植物科学研究センター, 研究ユニットリーダー (00321753)
守屋 繁春  独立行政法人理化学研究所, 植物科学研究センター, 研究ユニットリーダー (00321828)
キーワード環境 / 進化 / 分類学 / 生態学 / 原生生物
研究概要

真核生物の大部分は、藻類とプロティストが占め、自然環境中で微生物食物連鎖網を介して緊密に相互作用し、地球生態系の重要な要素として機能している。しかし、これらのいわゆる真核微生物は、現在でも多くが未知の生物であり、分類、多様性、系統など基礎的な情報が極端に不足している。そこで、本研究では異なる知識と技術をもつ研究者が同一のサンプルを用いて、様々なアプローチ方法によって、そこに生育する真核微生物の存在を把握し、藻類・プロティスト複合系の多様性研究の基盤を構築とすることを目的としている。平成21年度は、藻類、プロティスト多様性を把握するための研究手法・技術開発とパイロット研究を中心に研究を実施した。
1)フィールド選定
サンプリングサイトの選定のために、東京湾(沿岸3ヵ所)、印旛沼、手賀沼、パラオ、西表などで採水を行い、光学顕微鏡と走査型電子顕微鏡等を用いた形態観察によりその藻類・プロティスト相の概要を把握し、本研究の目的に合致するサイトであるか検討を行った。
2)分子情報基盤の整備
環境DNAの抽出条件、配列取得のための増幅プライマー、および分子情報の解析方法検討などを行った。
3)オミックス解析
マルチオミックス解析の手法を確立する目的で、実験室内のマイクロコズムを用いた測定手法の検討を行った。変性剤濃度勾配電気泳動法(DGGE)によるコミュニトーム解析と1HNMRによるメタボローム解析の結果、コミュニトーム・メタボロームそれぞれの解析においては、培養期間内における変化傾向の検出が可能となったが、両解析の相関に関しては擬陽性と思われるシグナルが検出されているため、引き続き条件検討を進めている。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (21件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Evaluation and characterization of bacterial metabolic dynamics by a novel profiling technique, real-time metabolotyping2009

    • 著者名/発表者名
      Fukuda, S., Nakanishi, Y., Chikayama, E., Ohno, H., Hino, T., Kikuchi, J
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4

      ページ: e4893

    • 査読あり
  • [雑誌論文] メタボロミクスとメタボノミクス2009

    • 著者名/発表者名
      吉田欣史、久原とみ子、菊地淳
    • 雑誌名

      ぶんせき 7

      ページ: 371-378

    • 査読あり
  • [学会発表] 水圏エコミクス研究の始動:微細藻類のエコシステムの包括的理解を目指して.2009

    • 著者名/発表者名
      C.Everroad, S.Yoshida, Y.Tsuboi, J.Kikuchi, S.Moriya
    • 学会等名
      Poster given at the 4th Metabolome Symposium
    • 発表場所
      横浜・横浜サイエンスハイスクール
    • 年月日
      2009-11-19
  • [学会発表] 新規エクスカバータ鞭毛虫Tsukubamonas globosa gen.et sp.nov.の分類学的・系統学的研究2009

    • 著者名/発表者名
      矢吹彬憲、中山剛、雪吹直史、橋本哲男、稲垣祐司、石田健一郎
    • 学会等名
      第42回日本原生動物学会
    • 発表場所
      宮城県・石巻・石巻専修大学
    • 年月日
      2009-10-30
  • [学会発表] エピテミア科珪藻類共生体spheroid bodyの進化2009

    • 著者名/発表者名
      池上裕子、中山卓郎、中山剛、井上勲、稲垣祐司
    • 学会等名
      第42回日本原生動物学会
    • 発表場所
      宮城県・石巻・石巻専修大学
    • 年月日
      2009-10-30
  • [学会発表] マラリア原虫アピコプラストゲノムの比較解析2009

    • 著者名/発表者名
      橋本哲男、有末伸子、三井英也、Nirianne M.Q.Palacpac、青枝大貴、長谷川政美、堀井俊宏、田邉和裄
    • 学会等名
      第8回 分子寄生虫・マラリア研究フォーラム
    • 発表場所
      大阪・千里ライフサイエンスセンター
    • 年月日
      2009-10-09
  • [学会発表] Searching for the origin of green-colored plastids in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.2009

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto T, 他6名, Inagaki Y
    • 学会等名
      LEOPOLDINA-SYMPOSILTM "Molecular Genetics of Chloroplasts and Mitochondria"
    • 発表場所
      ドイツ・ベルリン・ベルリン自由大学
    • 年月日
      2009-09-20
  • [学会発表] Evolution of the mitochondrial genomes from two closely related raphidophytes Chattonella marina and Heterosigma akashiwo.2009

    • 著者名/発表者名
      Kamikawa R, Masuda I, Ueda M, Kenichi O, Yoshimatsu S, Inagaki Y, Sako Y
    • 学会等名
      LEOPOLDINA-SYMPOSIUM "Molecular Genetics of Chloroplasts and Mitochondria"
    • 発表場所
      ドイツ・ベルリン・ベルリン自由大学
    • 年月日
      2009-09-20
  • [学会発表] Origin of nitrogen-fixing cyanobacterial symbionts in epithemiacean diatoms.2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami Y, Nakayama T, Nakayama T, Inouye I, Inagaki Y
    • 学会等名
      LEOPOLDINA-SYMPOSIUM "Molecular Genetics of Chloroplasts and Mitochondria"
    • 発表場所
      ドイツ・ベルリン・ベルリン自由大学
    • 年月日
      2009-09-20
  • [学会発表] 202万樹形に対する網羅的探索結果に基づく発見的樹形探索法の効率評価2009

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司、辻美和子、Choy L、佐藤三久、橋本哲男
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] ラフィド藻類ミトコンドリアゲノムの進化2009

    • 著者名/発表者名
      神川龍馬、増田功、上田学、大山憲一、吉松定昭、稲垣祐司、左子芳彦
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] エピテミア科珪藻類共生体spheroid bodyの進化2009

    • 著者名/発表者名
      池上裕子、中山卓郎、中山剛、井上勲、稲垣祐司
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] クロロフィルa,bを持つ緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophorumの葉緑体起源2009

    • 著者名/発表者名
      松本拓也, 他9名, 稲垣祐司
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] 複数遺伝子解析によるFornicata生物群の系統進化の解明2009

    • 著者名/発表者名
      小松崎洋志、稲垣祐司, 他10名
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] Apicoplast由来配列を含む色素体rpo分子系統樹におけるアーティファクトの検出2009

    • 著者名/発表者名
      石川奏太、稲垣祐司、田辺晶史、神川龍馬、橋本哲男
    • 学会等名
      第11回日本進化学会
    • 発表場所
      北海道・札幌・北海道大
    • 年月日
      2009-09-02
  • [学会発表] A novel, free-living parabasalid from Pacific mangrove sediments groups strongly with parasitic trichomonads as inferred from ultrastructural and molecular phylogenetic data.2009

    • 著者名/発表者名
      Yubuki N, Yabuki A, Inagaki Y, Nakayama T, Inouye I, Leander BS
    • 学会等名
      ICOPXIII
    • 発表場所
      ブラジル・リオデジャネイロ
    • 年月日
      2009-08-23
  • [学会発表] New isolates of Carpediemonas-like orgaisms and phylogeny of Excavata.2009

    • 著者名/発表者名
      Kolisko M, 他4名, Inagaki Y, Roger AJ, Simpson AGB
    • 学会等名
      ICOPXIII
    • 発表場所
      ブラジル・リオデジャネイロ
    • 年月日
      2009-08-23
  • [学会発表] 127遺伝子データ解析によるテロネマ類と有中心粒太陽虫の系統的位置2009

    • 著者名/発表者名
      稲垣祐司, 他12名
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [学会発表] クロロフィルa,bを持つ緑色渦鞭毛藻類Lepidodinium chlorophorumの葉緑体起源探索:11葉緑体遺伝子配列データに基づく解析2009

    • 著者名/発表者名
      松本拓也, 他9名, 稲垣祐司
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [学会発表] ラフィド藻類2種のミトコンドリアゲノムとその進化2009

    • 著者名/発表者名
      神川龍馬、増田功、上田学、稲垣祐司、左子芳彦
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [学会発表] 複数遺伝子解析によるFornicata生物群の系統進化の解明2009

    • 著者名/発表者名
      小松崎洋志、稲垣祐司, 他10名
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [学会発表] エピテミア科珪藻共生体spheroid bodyの進化2009

    • 著者名/発表者名
      池上裕子、中山卓郎、中山剛、井上勲、稲垣祐司
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [学会発表] Apicoplast由来配列を含む色素体rpo分子系統樹におけるアーティファクトの検出2009

    • 著者名/発表者名
      石川奏太、稲垣祐司、田辺晶史、神川龍馬、橋本哲男
    • 学会等名
      第4回日本進化原生生物研究会
    • 発表場所
      宮城・仙台・宮城教育大
    • 年月日
      2009-07-04
  • [図書] 難培養微生物研究の最新技術II2010

    • 著者名/発表者名
      菊地淳、守屋繁春、福田真嗣、大野博司
    • 総ページ数
      287
    • 出版者
      CMC出版

URL: 

公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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