• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2009 年度 実績報告書

絶対独立栄養性・好熱性水素細菌のゲノム情報を基盤とした生理生化学的研究

研究課題

研究課題/領域番号 21248010
研究機関東京大学

研究代表者

石井 正治  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (30193262)

研究分担者 新井 博之  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教 (70291052)
キーワード水素細菌 / 独立栄養 / Hydrogenobacter / マイクロアレイ
研究概要

(1)ゲノム情報を基盤としたTK-6株の進化系統的位置づけの明確化
○TK-6株のゲノムを中心にAquificales間、さらに他の細菌菌株も含めた詳細なゲノム解析を行った。
○アノテーションされた遺伝子の内、炭素代謝や窒素代謝など中心的代謝に関わるものを選択し、他の細菌菌株も含め、個々に系統樹を作成した。さらに、作成した系統樹内のTK-6株のトポロジーを統合的に解析し、各種のパターンに分類した。
(2)絶対独立栄養性の分子基盤
○マイクロアレイシステムを立ち上げた。
○ミニジャーファーメンターを用い、二酸化炭素ガス濃度を種々変化させてTK-6株を培養した。経時的にサンプルを調製し、マイクロアレイ解析を行った。。
(3)新規窒素代謝経路の分子基盤
TK-6株のゲノム中にはニトロゲナーゼ遺伝子群が検出されている。果たして、TK-6株で窒素固定系が機能しているのか否かを知るために、転写解析実験を行った。
(4)呼吸代謝能多様性の分子基盤
TK-6株の培養には通常水素ガスをエネルギー源として用いている。また、TK-6株のゲノム中にはヒドロゲナーゼ遺伝子が複数見出されている。そこで、本菌のヒドロゲナーゼついて、その発現性を詳細に知るために、水素ガス濃度を変化させて培養を行い、かつ経時的にサンプルを調製すた。得られたサンプルに対し、ヒドロゲナーゼの転写解析を行い、時期特異的に発現している分子種あるいは水素ガス濃度依存的に発現している分子種を特定しつつある。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Carboxylation reaction catalyzed by 2-oxoglutarate : ferredoxin oxidoreductases from Hydrogenobacter thermophilus2010

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Yamamoto, Takeshi Ikeda, Hiroyuki Arai, Masaharu Ishii, Yasuo Igarashi
    • 雑誌名

      Extremophiles 14

      ページ: 79-85

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Enzymatic and electron paramagnetic resonance studies of anabolic pyruvate synthesis by pyruvate : ferredoxin oxidoreductase from Hydrogenobacter thermophilus2010

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ikeda, Masahiro Yamamoto, Hiroyuki Arai, Daijiro Ohmori, Masaharu Ishii, Yasuo Igarashi
    • 雑誌名

      FEBS J. 277

      ページ: 501-510

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification of three aminotransferases from Hydrogenobacter thermophilus TK-6-novel types of alanine or glycine aminot ransferase Enzym es and catalysis2010

    • 著者名/発表者名
      Masafumi Kameya, Hiroyuki Arai, Masaharu Ishii, Yasuo Igarashi
    • 雑誌名

      FEBS J (In press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ferredoxin-NADP reductase from the thermophilic hydrogen-oxidizing bacterium, Hydrogenobacter thermophilus TK-62009

    • 著者名/発表者名
      Ikeda T, Nakamura M, Arai H, Ishii M, Igarashi Y.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett. 297

      ページ: 124-130

    • 査読あり
  • [学会発表] 好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilus TK-6株の酸素耐性について2010

    • 著者名/発表者名
      佐藤由也、神邊悠奈、亀谷将史、新井博之、石井正治、五十嵐泰夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス
    • 年月日
      2010-03-29
  • [学会発表] 好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilus TK-6異化型・同化型硝酸還元酵素2010

    • 著者名/発表者名
      亀谷将史、神邉悠奈、新井博之、石井正治、五十嵐泰夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス
    • 年月日
      2010-03-29
  • [学会発表] 好熱性水素細菌Hydrogenobacter thermophilus TK-6における脱窒関連遺伝子の発現制御2010

    • 著者名/発表者名
      神邉悠奈、亀谷将史、新井博之、石井正治、五十嵐泰夫
    • 学会等名
      日本農芸化学会大会
    • 発表場所
      東京大学駒場キャンパス
    • 年月日
      2010-03-29
  • [学会発表] ゲノム解析から見えてきた好熱性絶対独立栄養性水素細菌Hydrogeno bacter thermophilusの特徴2009

    • 著者名/発表者名
      新井博之, 石井正治, 五十嵐泰夫
    • 学会等名
      日本生物工学会大会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス
    • 年月日
      2009-08-29

URL: 

公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi