研究課題
EGFR遺伝子変異をもつ肺癌は日本人を含む東洋人に多く集積しているため、我々は日本人肺癌患者を対象に、EGFR遺伝子変異を有する肺癌発癌関連遺伝子の同定を試みた。まず、EGFR遺伝子変をもつ肺癌患者の末梢血より有核細胞を分離し、ゲノムDNAを精製した。105例の患者ゲノムを、Affymetrix社Genome-Wide Human SNP Array 6.0を用いて、SNP解析を行った。この解析により既知の60万ヶ所のSNP情報を得た。しかしながらSNP解析により得られたこれらの情報は、直接の原因遺伝子同定には至らない可能性があるため、近年発達したエキソーム解析を用いて、さらに解析を行った。症例のなかに、家族性にEGFR遺伝子変異をもつ家系が2家系含まれていたため、この症例に着目し、エキソーム解析を行った。肺癌家系の2家系合計6人の患者を対象とし、Agilent社のSure Selectキットを用いて、ゲノムから全エクソンを濃縮した。次世代高速シークエンサーを用いて、全エクソンシークエンスを行った。その結果約6万の一塩基置換が検出されたため、そこから既知のゲノム変異データベースに存在する変異を除き、さらにタンパク質の機能に変化を与える可能性のある変異(アミノ酸置換、ナンセンス変異等)を抽出し、対照群として同時にエクソンシークエンスを行った健常人遺伝子と比較して、候補遺伝子を絞り込んだ。その結果、遺伝形式が優性遺伝で両家系に変異のある遺伝子は9個、劣性遺伝でホモの変異とすると80個、コンパンドヘテロとすると15個の候補遺伝子が同定された。これらの遺伝子がEGFR遺伝子変異をもつ肺癌の発癌関連遺伝子の候補であることが示唆された。
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