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2012 年度 実績報告書

脂質二分子膜でのドラッグの分配と会合のMDとNMRによる研究

研究課題

研究課題/領域番号 21300111
研究機関京都大学

研究代表者

松林 伸幸  京都大学, 化学研究所, 准教授 (20281107)

研究期間 (年度) 2009-04-01 – 2013-03-31
キーワード脂質二重膜 / ペプチド / 自由エネルギー / NMR / 溶液理論 / バイセル / 分子動力学シミュレーション / 曲率
研究概要

タンパク質のフリップ-フロップ運動に関連した膜内配置をいくつか用意し、全原子型のシミュレーションを行って、それぞれの配置における自由エネルギーを計算した。フリップ-フロップ運動に関して、2つの経路を考えた。一つは膜内にタンパク質全体が埋まる経路であり、もう一つはタンパク質がいったん膜外に出る経路である。1次元配列がTLIIFGVMAGVIGTILLIである膜貫通ペプチドのDMPC膜への結合自由エネルギーを計算対象とした。自由エネルギー計算は、全原子分子動力学シミュレーションとエネルギー表示法によって遂行した。その結果、膜内経路の方が自由エネルギー障壁の低いことが明らかになった。自由エネルギーをDMPCからの寄与と水からの寄与に分割し、水の役割について論じた.次いで、添加物の無い二種の脂質混合系について、ディスク状バイセルやひも状ミセルが形成する領域を、NMRを用いて探索した。混合比(=[長鎖脂質]/[短鎖脂質]) が2程度の 系では、広い温度範囲にわたって、また、混合比3程度の系では室温で、球状の混合ミセルや等方的回転を行う小バイセルの形成を示した。1Hおよび31Pシグナルがシャープであり、NOE交差緩和速度定数が、直径約30~50 nmの球状LUVと同程度の大きさであることによる。混合比が3程度で温度を上げると、1Hスペクトルは非常にブロードになり、31Pシグナルが2本にスプリットした。磁場配向性の大バイセルの形成を示す。さらに数十度C以上では、1Hおよび31Pシグナルがシャープになり、NOE交差緩和速度定数から、集合体の曲率がLUVよりも高いことが観測された。混合脂質の集合体の曲率がLUVよりも高いことを示す。ひも状ミセルの形成を支持する結果である。球状ベシクル系の曲率依存性の知見を元に、研究例の少ない脂質混合系の形状についての基礎的な知見が得られた。

現在までの達成度 (区分)
理由

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (24件)

すべて 2013 2012

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 17件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Effect of heavy hydrogen isotopes on the vibrational line shape for supercritical water through rotational couplings2013

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
    • 雑誌名

      J.Chem. Phys.

      巻: 138 ページ: 134508(12)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4798933

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F_1-ATPase before and after 16° Rotation of the γ Subunit2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matubayasi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 117 ページ: 3298-3307

    • DOI

      DOI:10.1021/jp312499u

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solvent Effect on Pathways and Mechanisms for D-Fructose Conversion to 5-Hydroxymethyl-2-furaldehyde: In Situ 13C NMR Study2013

    • 著者名/発表者名
      H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. A

      巻: 117 ページ: 2102-2113

    • DOI

      DOI:10.1021/jp312002h

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interaction-component analysis of the urea effect on amino acid analogs2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Karino and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys

      巻: 15 ページ: 4377-4391

    • DOI

      DOI:10.1039/c3cp43346c

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method2013

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, R. R. Burri, Y. O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, and K. Kuwata
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 15 ページ: 3646-3654

    • DOI

      DOI:10.1039/c3cp42761g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-Energy X-ray Diffraction Study on the Intramolecular Structure of 2-Aminoethanol in the Liquid State2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Kameda, H. Deguchi, Y. Kubota, H. Furukawa, Y. Yagi, Y. Imai, M. Tatsumi, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, N. Matubayasi
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Japan

      巻: 86 ページ: 99-103

    • DOI

      DOI:10.1246/bcsj.20120222

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-energy analysis of lysozyme–triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation2013

    • 著者名/発表者名
      K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, and A. Kitao
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett

      巻: 559 ページ: 94-98

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.12.063

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation2012

    • 著者名/発表者名
      T. Kawakami, I. Shigemoto, and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys

      巻: 137 ページ: 234903(9)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4770334

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular dynamics study of fast dielectric relaxation of water around a molecular-sized ion2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Kubota, A. Yoshimori, N. Matubayasi, M. Suzuki, and R. Akiyama
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 137 ページ: 224502(4)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4769972

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation2012

    • 著者名/発表者名
      K. Takemura, H. Guo, S. Sakuraba, N. Matubayasi, and A. Kitao
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 137 ページ: 215105(10)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4768901

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Density effect on infrared spectrum for supercritical water in the low- and medium-density region studied by molecular dynamics simulation2012

    • 著者名/発表者名
      K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys

      巻: 137 ページ: 194506(10)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4767352

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nuclear magnetic resonance study on rotational dynamics of water and benzene in a series of ionic liquids: Anion and cation effects2012

    • 著者名/発表者名
      H. Kimura, Y. Yasaka, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys

      巻: 137 ページ: 194503(10)

    • DOI

      DOI:10.1063/1.4766258

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Interaction of naphthalene derivatives with lipid in membrane studied by 1H-nuclear Overhauser effect and molecular dynamics simulation2012

    • 著者名/発表者名
      M. Shintani, Y. Matsuo, S. Sakuraba, and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      巻: 14 ページ: 14049-14060

    • DOI

      DOI:10.1039/c2cp41984j

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A possible molecular mechanism for the pressure reversal of general anaesthetics: aggregation of halothane in POPC bilayers at high pressure2012

    • 著者名/発表者名
      K. M. Tu, N. Matubayasi, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. L. Chan, and P.-L. Chau
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Lett.

      巻: 543 ページ: 148-154

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2012.06.044

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-Energy and Structural Analysis of Ion Solvation and Contact Ion-Pair Formation of Li+ with BF4- and PF6- in Water and Carbonate Solvents2012

    • 著者名/発表者名
      M. Takeuchi, N. Matubayasi, Y. Kameda, B. Minofar, S. Ishiguro, and Y. Umebayashi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 116 ページ: 6476-6487

    • DOI

      10.1021/jp3011487

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural characteristics of yeast F1-ATPase before and after 16-degree rotation of the gamma subunit: Theoretical analysis focused on the water-entropy effect2012

    • 著者名/発表者名
      T. Yoshidome, Y. Ito, N. Matubayasi, M. Ikeguchi, and M. Kinoshita
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys.

      巻: 137 ページ: 035102-1-8

    • DOI

      10.1063/1.4734298

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Noncatalytic Hydrothermal Elimination of the Terminal D-Glucose Unit from Malto- and Cello-Oligosaccharides through Transformation to D-Fructose2012

    • 著者名/発表者名
      H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. A

      巻: 116 ページ: 10039-10049

    • DOI

      10.1021/jp3034165

    • 査読あり
  • [学会発表] Interaction-component analysis of hydration and cosolvent effects on protein structure2013

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Matubayasi
    • 学会等名
      International Mini-Workshop on the Coupled Effects of Water, ATP, and Osmolyte on Bio-Related Systems
    • 発表場所
      仙台市青葉区 ホテルモントレー
    • 年月日
      20130306-20130306
    • 招待講演
  • [学会発表] Free-energy analysis of water and cosolvent effects on functional molecules in solution2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Matubayasi
    • 学会等名
      RCAS Thursday Seminar
    • 発表場所
      台北、台湾
    • 年月日
      20121213-20121213
    • 招待講演
  • [学会発表] Free-energy analysis of water and cosolvent effects on biomolecules in the energetic perspective2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Matubayasi
    • 学会等名
      Mini-Symposium on Modeling, Simulation and Function of Biomolecular Assemblies
    • 発表場所
      東京大学 伊藤国際学術研究センター
    • 年月日
      20121109-20121109
    • 招待講演
  • [学会発表] 拡張型の溶媒和概念に基づくソフト分子集団の自由エネルギー解析2012

    • 著者名/発表者名
      松林 伸幸
    • 学会等名
      第2回CSJ化学フェスタ2012
    • 発表場所
      東京工業大学 大岡山キャンパス
    • 年月日
      20121015-20121015
    • 招待講演
  • [学会発表] Effects of water and cosolvents on functional molecules in solution2012

    • 著者名/発表者名
      N. Matubayasi
    • 学会等名
      EMLG/JMLG Annual Meeting 2012 "Molecular association in fluid phases and at fluid interfaces"
    • 発表場所
      Eger, Hungary
    • 年月日
      20120905-09
  • [学会発表] 拡張型の溶媒和概念に基づく均一・不均一溶液系の自由エネルギー解析2012

    • 著者名/発表者名
      松林 伸幸
    • 学会等名
      第72回分析化学討論会
    • 発表場所
      鹿児島大学工学部 郡元キャンパス
    • 年月日
      20120519-20120520
    • 招待講演
  • [学会発表] Extended Concept of Solvation toward Unified Understandings of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems2012

    • 著者名/発表者名
      Nobuyuki Matubayasi
    • 学会等名
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
    • 発表場所
      名古屋大学 東山キャンパス ESホール
    • 年月日
      20120510-20120512
    • 招待講演

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公開日: 2014-07-24  

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