マイクロRNAの発現・成熟に関わる分子の網羅的探索とその機能解析

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21310123
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 程 久美子 東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (50213327)
• 連携研究者: 西 賢二 東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教 (50466801) ; 内藤 雄樹 ライフサイエンスデータベース統合センター, 特任助教 (60451829)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2012
• キーワード: ゲノム調節 / microRNA

研究概要

本研究では、まず、プロセシング過程が抑制されているマイクロRNA(miRNA)をハイスループットに同定する方法を開発し、いくつかの候補miRNAを特定した。さらに、RNAエディティングに関わる酵素であるAdenosinedeaminaseactingonRNA(ADAR)について、miRNAの成熟過程における機能の解析を行い、24のmiRNA前駆体において48カ所の新規エディティング部位を見出した。また、ADARアイソフォームごとに、miRNAのプロセシングは異なる制御を受けている考えられる結果が得られた。

研究成果

• [雑誌論文] Human TNRC6A is an Argonaute-navigator protein for microRNA-mediated gene silencing in the nucleus. (2013)
  • 著者名/発表者名: Nishi K, Nishi A, Nagasawa T, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: RNA 巻: vol.19 ページ: 17-35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Designing functional siRNA with reduced off-target effects."siRNA Design" (2013)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Methods Mol. Biol. 巻: vol.942 ページ: 57-68
  • 査読あり
• [雑誌論文] IFPA meeting 2012 workshop report I: Comparative placentation and animal models, advanced techniques in placental histopathology, human pluripotent stem cells as a model for trophoblast differentiation (2013)
  • 著者名/発表者名: Ackerman WE 4th, Carter AM, De Mestre AM, Golos TG, Jeschke U, Kusakabe K, Laurent LC, Parast MM, Roberts RM, Robinson JM, Rutherford J, Soma H, Takizawa T, Ui-Tei K, Las GE.
  • 雑誌名: Placenta 巻: vol.34 ページ: S3-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stability of miRNA 5' terminal and seed regions is correlated with experimentally observed miRNA-mediated silencing efficacy. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hibio N, Hino K, Shimizu E, Nagata Y, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: vol.2 ページ: 996
  • 査読あり
• [雑誌論文] sdRNA: siRNA with a DNA seed for an efficient and target-gene specific RNA interference. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Gene Technology 巻: vol.1 ページ: 102
  • 査読あり
• [雑誌論文] siRNA design software for a target gene-specific RNA interference. (2012)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Ui-Tei K
  • 雑誌名: Front. Genet. 巻: vol.3 ページ: 102
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermodynamic control of small RNA-mediated gene silencing. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Nishi K, Takahashi T, Nagasawa T.
  • 雑誌名: Front. Genet 巻: vol.3 ページ: 101
  • 査読あり
• [雑誌論文] E-cadherin is transcriptionally activated via suppression of ZEB1 transcriptional repressor by small RNA-mediated gene silencing. (2011)
  • 著者名/発表者名: Mazda M, Nishi K, Naito Y, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: PLoSONE 巻: vol.6 ページ: e28688
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced specificity of HPV16E6E7 siRNA by RNA-DNA chimera modification. (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamato K, Egawa K, Endo S, Ui-Tei K, Yamada T, Saigo K, Hyodo I, Kiyano T, Nakagawa I.
  • 雑誌名: Cancer Gene Ther. 巻: vol.18 ページ: 587-597
  • 査読あり
• [雑誌論文] Lacdinac (Galnacss1-4glcnac) Contributes to Self-Renewal of Mouse Embryonic Stem Cells by Regulating LIF/STAT3Signaling. (2011)
  • 著者名/発表者名: Sasaki N, Shinomi M, Hirano K, Ui-Tei K, Nishihara S.
  • 雑誌名: Stem Cells 巻: vol.29 ページ: 641-650
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust andPhotocontrollable DNA Capsules Using Azobenzenes. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanaka F, Mochizuki T, Liang X, Asanuma H, Tanaka S, Suzuki K, Kitamura SI, Nishikawa A, Ui-Tei K, Hagiya M.
  • 雑誌名: Nano Lett. 巻: vol.10 ページ: 3560-3565
  • 査読あり
• [雑誌論文] Basic and clinical studies on functional RNA molecules for advanced medical technologies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takizawa T, Gemma A, Ui-Tei K, Aizawa Y, Sadovsky Y, Robinson JM, Seike M, Miyake K.
  • 雑誌名: J. Nippon Med. Sch. 巻: vol. 77 ページ: 71-79
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sunspot,a link between Wingless signaling and endoreplication in Drosophila. (2010)
  • 著者名/発表者名: Taniue K, Nishida A, Hamada F, Sugie A, Oda T, Ui-Tei K, Tabata T, Akiyama T.
  • 雑誌名: Development 巻: vol.137 ページ: 1755-1764
• [雑誌論文] Gene expression of Spag6 in chick central nervous system. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hamada T, Teraoka M, Imaki J, Ui-Tei K, Ladherc R.K, Asahara T
  • 雑誌名: Anat. Histol. Embryol. 巻: vol.39 ページ: 227-32
  • 査読あり
• [雑誌論文] siDirect 2.0: updated software for designing functional siRNA with reduced seed-dependent off-target effect. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Yoshimura J, Morishita S, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: vol.10 ページ: 392
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reduced base-base interactions between the DNA seed and RNA target are themajor determinants of a significant reduction in the off-target effect due to DNA-seed-containing siRNA. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Nishi K, Naito Y, Zenno S, Juni A, Saigo K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2009 Micro-NanoMechatronics and Human Science(MHS2009) ページ: 298-304
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional shRNA expression system with reduced off-target effects. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Nishi K, Juni A, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Proceedings of the2009 Micro-NanoMechatronics and Human Science (MHS2009) ページ: 291-297
  • 査読あり
• [雑誌論文] Experimental validation of published siRNA design algorithms. (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K.
  • 雑誌名: Small Interfering RNA: New Research ページ: 185-194
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bipartite roles of the central region of the siRNA guide strand in RNA interference due to modified siRNA with a DNA seed arm. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Naito Y, Zenno S, Nishi K, Juni A, Tanaka A, Saigo K.
  • 雑誌名: Research Advances in Nucleic Acids Research 巻: vol. 3 ページ: 1-17
  • 査読あり
• [学会発表] Target gene-specific RNAi for placental research. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: International Federation of Placental Associations (IFPA) 2012 Hiroshima Meeting
  • 発表場所: International Conference Center Hiroshima
  • 年月日: 20120918-19
• [学会発表] Distinguishable In Vitro Binding Mode of TRBP and PACT with siRNA (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Takahashi, Kenji Nishi, Shuhei Zenno ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: RNA Sciences in Cell and Developmental Biology II
  • 発表場所: RIKEN CDB
  • 年月日: 20120611-12
• [学会発表] Human TNRC6A recruits Argonaute associated small RNA into the nucleus to lead RNA silencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Kenji Nishi, Ai Nishi, Tatsuya Nagasawa, Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] Next generation sequencing analysis of miRNA editing by adenosine deaminase acting on RNA (2012)
  • 著者名/発表者名: Rintaro Ishii, Yutaka Suzuki, Shinji Kondo, Mariko Okada, Kenji Nishi ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回 日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-14
• [学会発表] Thermodynamic stability in base-pairingregulates the efficiency of small RNA-mediated gene silencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Naoki Hibio, Kimihiro Hino, Eigo Shimizu, Yoshiro Nagata ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] Disco-interacting protein 2 (DIP2) regulates guidance of sister axons in the Drosophila mushroom body (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuhei Nitta, Kazumichi Shimizu, Maki Otsubo, Kenji Nishi, Kumiko Ui-Tei, Tetsuya Tabata
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福 岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-12
• [学会発表] Distinguishable In Vitro siRNA-Binding Mechanisms of TRBPand PACT (2012)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Takahashi, Kenji Nishi, Shuhei Zenno ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリン メッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] Microarray analysis of non-negligible effect ofendogenous miRNAs on exogenous miRNA-mediated silencing activity (2012)
  • 著者名/発表者名: Eigo Shimizu, Naoki Hibio, Yoshiro Nagata ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回日 本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] Development of high-throughput screening method to identify microRNA which maturation is inhibited at the processing steps (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimihiro Hino, Eigo Shimizu, Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  • 年月日: 2012-12-11
• [学会発表] 核内RNAサイレンシングはヒトTNRC6A/GW182によるArgonauteの核内移行により引き起こされる (2011)
  • 著者名/発表者名: 西賢二、西愛、程久美子
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] Comparative analysis of siRNA binding patterns of dsRNA bindingproteins, TRBP and PACT (2011)
  • 著者名/発表者名: Tomoko Takahashi, Kenji Nishi, Shuhei Zenno ,Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横 浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] miRNAによるサイレンシング効率を決定する要因の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 日比生直樹、長田喜郎、西賢二、程久美子
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] 2本鎖RNA特異的アデノシンデアミネースと相互作用するmiRNAの同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石井倫太郎、西賢二、程久美子
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] RNAサイレンシング関連分子のヒトshRNAライブラリを用いたスクリーニング (2011)
  • 著者名/発表者名: 長沢達矢、程久美子
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] 外来性miRNAのトランスフェクションによる内在性miRNAサイレンシング効果抑制のマイクロアレイ解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 清水英悟、日比生直樹、長田喜郎、程久美子
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-16
• [学会発表] 高感度アレイを利用した小分子RNAの作用機序の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 程久美子
  • 学会等名: 2011アジレントゲノミクスフォーラム
  • 発表場所: KFCビル(東京)
  • 年月日: 2011-06-14
• [学会発表] Identification of Nuclear Export Signal and Nuclear Localization Signal inHuman GW182 Family Proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Kenji Nishi , Ai Tanaka, Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: The 19th CDB Meeting "RNA Sciences in Cell and Developmental Biology
  • 発表場所: RIKEN CDB
  • 年月日: 20100510-12
• [学会発表] siDirect 2.0: an Updated Website to Select Functional,Target-specific siRNA with Reduced Seed-dependent Off-target Effect for Mammalian Functional Genomics (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuki Naito , Jun Yoshimura, Shinichi Morishita, Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: The 19th CDB Meeting "RNA Sciences in Cell and Developmental Biology
  • 発表場所: RIKEN CDB
  • 年月日: 20100510-12
• [学会発表] ヒトGW182タンパク質の核-細胞質間輸送機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西賢二、田中愛、程久美子
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] miRNAサイレンシング活性を決める要因の検討 (2010)
  • 著者名/発表者名: 高橋朋子、西賢二、善野修平、程久美子
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] siRNA非シード部位と二本鎖RNA結合タンパク質TRBPの相互作用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 日比生直樹、長田喜郎、内藤雄樹、西賢二、程久美子
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] 高いゲノム多様性をもつHIV-1を標的とする至適siRNAの設計 (2010)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹、程久美子
  • 学会等名: 第20回日本数理生物学会年会
  • 発表場所: 北海道大学学術交流会館
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] Modified siRNA is a powerful tool for mammalian gene silencing with significantly reduced off-target effect (2010)
  • 著者名/発表者名: Kumiko Ui-Tei
  • 学会等名: The 3rd Pan Pacific Symposium on Stem Cells Research 2010 (PPSSC 2010)
  • 発表場所: Taichung(Taiwan)
  • 年月日: 2010-04-17
• [学会発表] RNAサイレンシング活性を制御する小分子RNAの塩基配列 (2009)
  • 著者名/発表者名: 程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] siDrect2.0:a website updated to select functional siRNA with reduced off-target effect for functional genomics (2009)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹 、吉村淳、森下真一、 程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] Motif analyses of subcellular location of human GW182 family proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: 西賢二 、田中愛、程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 転写因子ZEB1の制御を介したE-カドヘリンの発現誘導に関わる小分子RNA (2009)
  • 著者名/発表者名: 松田みなみ、西賢二、程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] siRNA非シード部位とRNA結合タンパク質の相互作用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 高橋朋子、西賢二、善野修平、程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] Functional shRNA expression system with reduced off-target effects (2009)
  • 著者名/発表者名: Naito Y , Nishi K, Juni A, Ui-Tei K
  • 学会等名: 2009 InternationalSymposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science(MHS2009)
  • 発表場所: Toyoda Auditorium, Nagoya University.
  • 年月日: 2009-11-10
• [学会発表] Reduced base-base interactions between the DNA seed and RNAtarget are the major determinants of a significant reduction in the off-target effect due to DNA-seed-containing siRNA (2009)
  • 著者名/発表者名: Ui-Tei K, Nishi K, Naito Y, Zenno S, Juni A, Saigo, K
  • 学会等名: 2009 International Symposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science(MHS2009)
  • 発表場所: Toyoda Auditorium, Nagoya University.
  • 年月日: 2009-11-09
• [学会発表] Small RNAシード領域の熱力学的安定性に依存したサイレンシング効果 (2009)
  • 著者名/発表者名: 長田喜郎、西賢二、内藤雄樹、程久美子
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-01-29
• [図書] BIOINDUSTRY核酸医薬の開発動向 (2012)
  • 著者名/発表者名: 程久美子
  • 総ページ数: 30-34
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] 実験医学別冊目的別で選べる遺伝子導入プロトコール (2012)
  • 著者名/発表者名: 程久美子、北條浩彦,他
  • 総ページ数: 40-43
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 実験医学別冊目的別で選べる遺伝子導入プロトコール (2012)
  • 著者名/発表者名: 程久美子
  • 総ページ数: 44-49
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 実験医学別冊目的別で選べる遺伝子導入プロトコール (2012)
  • 著者名/発表者名: 西賢二、高橋朋子、長沢達矢、程久美子
  • 総ページ数: 50-54
  • 出版者: 羊土社
• [図書] Gene Silencing: Theory Techniques and Applications (2010)
  • 著者名/発表者名: Narikawa K , Nishi K, Naito Y, Mazda M, Ui-Tei K
  • 総ページ数: 287-319
  • 出版者: Nova Science Publishers
• [図書] RNA工学の基礎と応用(普及版) (2010)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹、山田智之、程久美子、森下真一、西郷薫
  • 総ページ数: 104-113
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] 改訂第5版新遺伝子工学ハンドブック (2010)
  • 著者名/発表者名: 内藤雄樹、程久美子
  • 総ページ数: 209-214
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 改訂第5版新遺伝子工学ハンドブック (2010)
  • 著者名/発表者名: 西賢二、程久美子
  • 総ページ数: 215-220
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 東大式 現代用語ナビ (2009)
  • 著者名/発表者名: 程 久美子
  • 総ページ数: 94-95
  • 出版者: 化学同人
• [備考]
  • URL: http://ui-tei.rnai.jp/