| 研究課題/領域番号 |
21310130
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| 研究機関 | 京都産業大学 |
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研究代表者 |
金子 貴一 京都産業大学, 総合生命科学部, 准教授 (80370922)
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| 研究分担者 |
佐藤 修正 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所, 植物ゲノム研究部, 室長 (70370921)
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| 研究期間 (年度) |
2009-04-01 – 2013-03-31
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| キーワード | ゲノム / 植物 / 微生物 / 窒素固定 / 共生 / ダイズ / ゲノムアイランド |
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| 研究概要 |
Bradyrhizobium japonicum USDA6株の15ゲノムアイランド上の遺伝子構成についてUSDA110株との比較検討を行なった。USDA6ゲノムアイランドには二成分制御系のセンサータンパク質が多くコードされており、より多様な環境への適応に関連した機能をもたらす可能性を示唆した。これらの検討成果はRhizoBaseのUSDA6ゲノムデータベースに反映させた。
NBRPからUSDA6ゲノムクローンライブラリの配布を開始した。
Bradyrhizobium elkanii USDA61株の全ゲノム解読を行った。USDA61ゲノムは、101809 bpのプラスミドと9548186 bpの染色体からなる。タンパク質遺伝子は9346予測された。共生窒素固定関連遺伝子は共生アイランド上に存在する。USDA61共生アイランドはB. japonicumのものと塩基配列一致度が低く、tRNA-Gln遺伝子に隣接していた。これはB.japonicumとB.elkaniiの共生アイランドが系統的に別グループに属することを示す。
B. japonicum USDA122株、T9株ドラフトゲノム構造の比較解析をおこなった。T9株ゲノムのサイズは9.5Mbであり、19のゲノムアイランドの挿入に加え、932 kbの共生アイランドがみつかった。ゲノムアイランドのうち7は新規タイプである。T9とUSDA6とのゲノム比較では、２株のゲノム基本骨格が似ていた。USDA122株は9.0Mbのドラフト配列が得られ、10ヶ所にゲノムアイランドと予想される特異領域がみつかった。USDA122とUSDA110のゲノム比較では全体領域で塩基配列レベルでの同一性が認められるものの、複数の特異領域の存在と大きな逆位が生じていることが示された。
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| 現在までの達成度 (区分) |
理由
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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