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生体分子の構造空間(ストラクチュローム)の全体像を俯瞰するために、Protein Data Bank (PDB)に含まれている構造単位としてのchainをクラスター化しそれらの相互作用からネットワークとして体系化したツール、PDBnet、の開発をすすめ、データの更新やインターフェイスの機能強化を行った。蛋白質の配列、機能などの情報などを追加するとともに、分子ネットワーク、分子の構造、相互作用する領域、相互作用に関わるアミノ酸がマップされた配列を表示し、配列、構造、相互作用とネットワークの関係が視覚的に理解できるようなインターフェイスを作成した。一方、利用者のデータ解析や他のデータベースとのデータ交換を容易にするため、データのXMLフォーマット化を試験的に行った。さらに、生化学実験などで同定された蛋白質・蛋白質相互作用のデータベースから公開されているデータを取得し、我々のデータベースと統合した。これにより、より包括的な相互作用ネットワークを構築することができた。この統合されたデータベースの情報を用いて、分子の相互作用領域での構造的、物理化学的特性(相互作用領域の大きさ、形、物性、アミノ酸の分布の特性など)、分子ネットワークの特徴(相互作用の数、種類、トポロジーなど)、分子の機能、進化的特性(アミノ酸保存度や進化速度など)の間の関係を解析し、これらの関係についていくつかの知見を得ることができた。
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