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2010 年度 実績報告書

相互作用情報と構造情報を統合した分子ネットワークの構築

研究課題

研究課題/領域番号 21310131
研究機関九州工業大学

研究代表者

皿井 明倫  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (20221286)

研究分担者 藤井 聡  九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 助教 (40452825)
キーワード分子ネットワーク / 相互作用 / 構造
研究概要

本研究では、生体分子の構造空間(ストラクチュローム)の全体像を俯瞰するために、Protein Data Bank (PDB)に含まれている構造単位としてのchainをクラスター化しそれらの相互作用からネットワークとして体系化したツール、PDBnet、の開発をすすめ、データの更新やインターフェイスの機能強化を行ってきた。本年度は、構造データに増大に伴うデータの更新と、それに基づく相互作用とネットワークの作成と、PDBnetのインターフェイスの改良を行った。一方、これまでの相互作用ネットワークはchainを単位として行ってきたが、蛋白質の場合にはより小さな構造と機能の単位であるドメインに基づく相互作用ネットワークを構築することも重要である。そこで、まずドメインの情報を他のデータベースなどから収集し、chainに含まれるドメインの解析を行った。そして、ドメイン配列をアラインメントすることによりクラスター化し、ドメイン間の相互作用を解析することによりネットワーク構築のための準備を行った。さらに、包括的な相互作用ネットワークを構築する目的で、生化学実験などで同定された蛋白質・蛋白質相互作用の情報の収集を続け、さまざまな生化学実験からの相互作用データを統合した。この統合化にあたっては、実験による精度の違いなどを考慮するため、これらの実験データの信頼性の情報を付加した。これらの一部のデータについては、PDBnetに統合した。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2010 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] CCR XP : Exploring clusters of conserved residues in protein structures2010

    • 著者名/発表者名
      S.Ahmad, O.Keskin, K.Mizuguchi, A.Sarai, R.Nussinov
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 38 ページ: W398-401

    • 査読あり
  • [学会発表] Construction and Analysis of Biomolecular Network based on Domain Structures2010

    • 著者名/発表者名
      Yukari Hayashi, Satoshi Fujii, Akinori Sarai
    • 学会等名
      2010年日本バイオインフォマティクス学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      20101213-20101215
  • [学会発表] Construction and Analysis of Biomolecular Network in Structurome2010

    • 著者名/発表者名
      Yukari Hayashi, Satoshi Fujii, Akinori Sarai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      20100920-20100922
  • [備考]

    • URL

      http://gibk26.bio.kyutech.ac.jp/jouhou/website/index.htm

URL: 

公開日: 2012-07-19  

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