相互作用情報と構造情報を統合した分子ネットワークの構築

2012 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21310131
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 九州工業大学
• 研究代表者: 皿井 明倫 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 教授 (20221286)
• 研究分担者: 藤井 聡 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 助教 (40452825)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2012
• キーワード: 分子ネットワーク / 相互作用 / 分子構造 / データベース

研究概要

本研究では、生体分子の構造、相互作用、ネットワークの情報を統合し、分子レベルからネットワークレベルまでをシームレスに結びつけるプラットフォーム、PDBnet、を開発した。また、これらの情報の関係を視覚的に理解できるように、検索や可視化インターフェイスを作成し、インターネットに公開した。さらに、 PDBnetのデータを用いて、構造、相互作用、ネットワークと機能の関係について系統的な解析を行うことにより、PDBnetの有効性を示すことができた。

研究成果

• [雑誌論文] A New Method for Evaluating the Specificity of Indirect Readout in Protein-DNA Recognition (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Yamasaki, T. Terada, H. Kono, K. Shimizu and A. Sarai
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 40 ページ: e129
  • DOI: DOI:10.1093/nar/gks462
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of dinucleotide-specific RNA-binding Sites in Proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Fernandez, Y. Kumagai, D. Standley, K. Mizuguchi, A. Sarai and S. Ahmad
  • 雑誌名: BMC Bioiformatics 12(Suppl 13) 巻: S5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of electric moments of RNA-binding proteins: implications for mechanism and prediction (2011)
  • 著者名/発表者名: H. Okayama, T. Kohno, Y. Ishii, Y. Shimada,S. Ahmad and A. Sarai
  • 雑誌名: BMC Struct. Biol 巻: 11 ページ: 8
  • 査読あり
• [雑誌論文] CCR XP: Exploring clusters of conserved residues in protein structures (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Ahmad, O. Keskin, K. Mizuguchi, A. Sarai and R. Nussinov
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 38
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of DNA intramolecular interactions for nucleosome positioning in yeast (2009)
  • 著者名/発表者名: M. Fernandez, S. Fujii, H. Kono and A. Sarai
  • 雑誌名: Genome Inform. 巻: 23 ページ: 13-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of mono- and dinucleotide-specific DNA- binding sites in proteins using neural networks (2009)
  • 著者名/発表者名: M. Andrabi, K. Mizuguchi, A. Sarai and S. Ahmad
  • 雑誌名: BMC Struct. Biol 巻: 9 ページ: 30
  • 査読あり
• [学会発表] Integration of Structural and Biochemical Information into Protein Interaction Network (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuji Kawakami, Satoshi Fujii and Akinori Sarai
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121014-17
• [学会発表] Analysis of Domain and Non-Domain Interactions in Protein-Protein Interaction Network (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Komori, Satoshi Fujii and Akinori Sarai
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20121014-17
• [備考]
  • URL: http://www.abren.net/pdbnet/