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2009 年度 実績報告書

第一原理反応動力学の多角的展開と汎用プログラムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 21350002
研究機関北海道大学

研究代表者

武次 徹也  北海道大学, 大学院・理学研究院, 教授 (90280932)

研究分担者 野呂 武司  北海道大学, 大学院・理学研究院, 准教授 (50125340)
中山 哲  北海道大学, 大学院・理学研究院, 助教 (10422007)
キーワードAIMD法 / シトシン / 非断熱遷移 / DNA塩基の光安定性 / 光異性化 / 励起寿命 / 円錐交差 / 状態平均MCSCF法
研究概要

本課題では、これまで主としてモデルポテンシャルに基づき進展を遂げてきた動力学の手法に、state-of-the-artの域に達している電子状態計算手法を融合させ、モデル系ではなく実在系の反応ダイナミクスをシミュレートする「第一原理反応動力学法」を確立することを目的として研究を進めている。本年度は、非断熱遷移を実装したコードをDNA塩基の光安定性の問題に適用し、そのメカニズムを明らかにした。近年の実験技術の向上により、単分子DNA/RNA塩基は紫外領域に吸収帯を持ち励起寿命が1ps程度と非常に短く、光吸収後の超高速減衰過程がDNA/RNAの紫外線損傷に対する防御機能に深く関わっていることがわかってきた。DNA塩基の中で最も単純な構造を持つシトシンは、励起寿命が約720fsであることが実験的に報告されており、理論計算により、ππ^*-nπ^*間、nπ^*-基底状態間にいくつかの円錐交差(CI)が存在し、これらを経由した無輻射失活が起こることが指摘されている。本研究では、シトシンの光励起ダイナミクスの詳細を明らかにすることを目的としてCI探索ならびにCASSCFレベルでのAIMDシミュレーションを行った。その結果、n_Oπ^*-ππ^*状態間とn_Oπ^*・n_Nπ^*・ππ^*-基底状態間にそれぞれCIが見つかり、基底状態からππ^*状態に光励起された後、CIを通じて基底状態に遷移するいくつかの経路が存在することが確認された。さらにAIMD計算により、基底状態からππ^*状態に光励起した後nπ^*状態に乗り移り、S_1の最安定構造付近に到達した後、n_Oπ^*/基底状態、n_Nπ^*/基底状態の円錐交差を通じて基底状態に遷移する様子が確認された。ππ^*状態からの経路は、障壁が高いため通りにくいと予想される。

  • 研究成果

    (29件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (25件)

  • [雑誌論文] Efficient sampling for ab initio Monte Carlo simulation of molecular clusters using an interpolated potential energy surface2009

    • 著者名/発表者名
      Akira Nakayama
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 130

      ページ: 024107

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab initio QM/MM excited-state molecular dynamics study of coumarin 151 in water solution2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kina
    • 雑誌名

      International J.Quantum Chem. 109

      ページ: 2308-2318

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab initio molecular dynamics simulation with internal constraint on photoisomerization of azobenzene in n-pi^* state2009

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Ootani
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys. 131

      ページ: 194306

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Speed-up of ab initio hybrid Monte Carlo and ab initio path integral hybrid Monte Carlo simulations using an auxiliary potential energy surface2009

    • 著者名/発表者名
      Akira Nakayama
    • 雑誌名

      Chem.Lett. 38

      ページ: 976-977

    • 査読あり
  • [学会発表] 量子化学計算が明かす核酸塩基の光物理2010

    • 著者名/発表者名
      山崎祥平
    • 学会等名
      第8回HSSワークショップ
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-03-11
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics approach to excited-state reactions2010

    • 著者名/発表者名
      T.Taketsugu
    • 学会等名
      岡崎コンファレンス"New Frontier in Quantum Chemical Dynamics"
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2010-02-21
  • [学会発表] Ab initio計算に基づく振動分光学と反応ダイナミクス2010

    • 著者名/発表者名
      武次徹也
    • 学会等名
      近畿化学協会コンピュータ化学部会公開セミナー第77回例会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-01-20
  • [学会発表] Ab initio excited-state dynamics study2010

    • 著者名/発表者名
      T.Taketsugu
    • 学会等名
      International Symposium on "Molecular Theory for Real Systems"
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-01-07
  • [学会発表] Theoretical Study for the H2 Storage in the POSS Compounds2010

    • 著者名/発表者名
      T.Kudo
    • 学会等名
      International Symposium on "Molecular Theory for Real Systems"
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-01-07
  • [学会発表] Multi-state CASPT2 study of the deactivation mechanisms of uracil and 5-fluorouracil2010

    • 著者名/発表者名
      S.Yamazaki
    • 学会等名
      International Symposium on "Molecular Theory for Real Systems"
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2010-01-07
  • [学会発表] Ab initio Molecular Dynamics Simulations of Dissociative Recombination Reactions2009

    • 著者名/発表者名
      T. Taketsugu
    • 学会等名
      The fourth Asian Pacific Conference of Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      Port Dickson, Malaysia
    • 年月日
      20091221-23
  • [学会発表] Theoretical Study on Catalytic Acitivity of Gold Clusters2009

    • 著者名/発表者名
      T.Taketsugu
    • 学会等名
      The 5th Nanjing University-Hokkaido University Joint Symposium
    • 発表場所
      南京,中国
    • 年月日
      2009-11-08
  • [学会発表] Ab Initio Molecular Dynamics Study of Ultrafast Decay Mechanism of Cytosine2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Harabushi
    • 学会等名
      The 5th Nanjing University-Hokkaido University Joint Symposium
    • 発表場所
      南京,中国
    • 年月日
      2009-11-08
  • [学会発表] Ab initio分子動力学法とポテンシャル曲面生成2009

    • 著者名/発表者名
      武次徹也
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア
    • 発表場所
      豊田
    • 年月日
      2009-09-25
  • [学会発表] かご状シロキサンの分子内水素分子生成反応に関するAIMD計算による研究2009

    • 著者名/発表者名
      工藤貴子
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-21
  • [学会発表] ab initio分子動力学法を用いたcytosineの光励起ダイナミクス2009

    • 著者名/発表者名
      原渕祐
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-21
  • [学会発表] Ab initio拘束分子動力学法によるアゾベンゼンの光異性化機構の解明2:S2(ππ^*)状態2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤公則
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-21
  • [学会発表] Ab initio拘束分子動力学法によるアゾベンゼンの光異性化機構の解明1:S1(nπ^*)状態2009

    • 著者名/発表者名
      大谷優介
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-21
  • [学会発表] 解離性再結合反応H+(H2O)2+e-に関する理論的研究2009

    • 著者名/発表者名
      森井健人
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-21
  • [学会発表] Ab initio Molecular Dynamics Approach to Excited-State Reactions2009

    • 著者名/発表者名
      T.Taketsugu
    • 学会等名
      Long Island Univeristy Seminar 2009
    • 発表場所
      ニューヨーク,アメリカ
    • 年月日
      2009-09-15
  • [学会発表] 励起状態反応ダイナミクスへの理論的アプローチ2009

    • 著者名/発表者名
      武次徹也
    • 学会等名
      九州大学理学部化学教室平成21年度第1回談話会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-07-07
  • [学会発表] Ab initio QM/MM excited-state molecular dynamics study of coumarin 151 in water solution2009

    • 著者名/発表者名
      T.Taketsugu
    • 学会等名
      13th International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      ヘルシンキ,フィンランド
    • 年月日
      2009-06-22
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics simulation with internal constraint on photoisomerization of azobenzene in n・π^* state2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Ootani
    • 学会等名
      13th International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      ヘルシンキ,フィンランド
    • 年月日
      2009-06-22
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics study of H2 formation inside of Polyhedral Oligomeric Silsesquioxanes2009

    • 著者名/発表者名
      T.Kudo
    • 学会等名
      13th International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      ヘルシンキ,フィンランド
    • 年月日
      2009-06-22
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics study on the photodissociation of CH3I2009

    • 著者名/発表者名
      M.Kamiya
    • 学会等名
      13th International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      ヘルシンキ,フィンランド
    • 年月日
      2009-06-22
  • [学会発表] Efficient sampling for ab initio Monte Carlo simulation of molecular clusters using an interpolated potential energy surface2009

    • 著者名/発表者名
      A.Nakayama
    • 学会等名
      13th International Congress of Quantum Chemistry
    • 発表場所
      ヘルシンキ,フィンランド
    • 年月日
      2009-06-22
  • [学会発表] Ab initio molecular dynamics study of the H2 formation inside of POSS compounds2009

    • 著者名/発表者名
      工藤貴子
    • 学会等名
      特定領域研究実在系の分子理論公開シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-30
  • [学会発表] QM/MM-AIMD法によるクマリン151励起状態緩和過程の理論的研究2009

    • 著者名/発表者名
      武次徹也
    • 学会等名
      第12回理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-28
  • [学会発表] cytosineの光励起ダイナミクスに関する理論的研究2009

    • 著者名/発表者名
      原渕祐
    • 学会等名
      第12回理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-28

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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