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2011 年度 実績報告書

ヘム蛋白質のアロステリック効果における情報伝達の構造化学

研究課題

研究課題/領域番号 21350098
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

北川 禎三  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40029955)

研究分担者 小倉 尚志  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (70183770)
キーワード生体分子化学 / 生物物理 / アロステリック効果 / 共鳴ラマン / ヘム蛋白質 / 紫外共鳴ラマン / 生体生命情報学 / 振動分光学
研究概要

蛋白質のアロステリック効果は、活性点以外の所に小分子が結合する事によって活性点の反応性を変える現象であるが、それを構造化学の言葉で記述する事が本研究の目的である。微小な構造変化でそれを実現している蛋白質の実態を解明する事は、蛋白質機能発現の理解に必須である。本研究では、基本分子としてヘモグロビン(Hb)、その応用材料としてガスセンサー蛋白と呼吸酵素を取り上げ、小分子としてはO_2、CO、NOに注目した。成果は以下の通りである。1)Hbのリガンド結合による四次構造の変化の定量化;Hbはアロステリック効果を示す典型的な分子である。これ迄にMWCモデルとKNFモデルが提案されているが、X線結晶解析ではいずれが正しいか決められない。両モデルの違いは2個リガンドの結合した中間状態ではっきり見えるはずである。正常なHbでは協同効果のためにその中間体を純粋に得られない。そこで本研究では、金属、原子価およびリガンドハイブリッドHbを用いて、2個リガンドの結合した安定状態を調製し、その紫外共鳴ラマンスペクトルを測定して、TrpとTyr残基のサブユニット間相互作用の様子を、各残基毎に決め、相互作用があるものとないもののスペクトル強度の比から、四次構造を定量的に評価する方法を見つけ、それをJ.Am.Chem.Soc.に発表した。2)O_2センサー蛋白,DOS-Ec,の構造ダイナミクス;大腸菌のDOS蛋白質の時間分解紫外共鳴ラマン散乱を測定し、部位特異的アミノ酸置換体を用いて元のアミノ酸残基のスペクトルを抽出した。O_2,CO,NOを結合させた時の変化より、シグナル伝達の経路を決めるとともに、そのダイナミクスを明らかにした。3)呼吸酵素の構造ダイナミクス;一酸化炭素(CO)結合型酵素のCO光解離後の蛋白質構造ダイナミクスを時間分解可視共鳴ラマン分光法により調べた。2つのヘムの協同的動きと酸素還元部位の中間的コンフォメーションの存在を明らかにした。

  • 研究成果

    (40件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 15件) 学会発表 (23件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Effects of the bHLH domain on axial coordination of heme ia the PASA domain of neuronal PAS domain protein 2 (NPAS2) : Conversion from His119/Cys170 to His119/His1712012

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Uchida, et al.
    • 雑誌名

      Journal of Inorganic Biochemistry

      巻: 108 ページ: 188-195

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An intermediate conformational state during ligand binding to cytochrome c oxidase detected by time-resolved resonance Raman analyses of heme peripheral group2012

    • 著者名/発表者名
      Izumi Ishigami, et al.
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 2 ページ: 178-180

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new way for understanding quaternary structure change of hemoglobin upon ligand binding on the basis of UV-resonance Raman evaluation of inter-subunit interactions2011

    • 著者名/発表者名
      Shigenori Nagatomo, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 10101-10110

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Differences between two active forms of Co-bound soluble guanylate cyclase in the presence of activators and substrate and their populations revealed by resonance Raman spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Biswajit Pal, Teizo Eatagaawa
    • 雑誌名

      Indian Journal of Chemistry

      巻: 50A ページ: 395-400

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural dynamics of Ec-DOS heme domain revealed by time-resolved ultraviolet resonance Raman spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Samir F. El-Mashtoly, et al.
    • 雑誌名

      Journal Physical Chemistry Letters

      巻: 2 ページ: 2212-2217

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Applications of vibrational spectroscopy in the study of flavin-based photoactive proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Jiang Li, Teizo Kitagawa
    • 雑誌名

      Spectroscopy ; Biomedical Applications

      巻: 25 ページ: 261-269

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photochemical Activation of Rutlienium(II)-Pyridylamine Complexes Having a Pyridine-N-Oxide Pendant toward Oxygenation of Organic Substrates2011

    • 著者名/発表者名
      Takahiko Kojima, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 17901-17911

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chromium(V)-oxo and chromium(III)-superoxo complexes bearing a macrocyclic TMC ligand in hydrogen atom abstraction reactions2011

    • 著者名/発表者名
      Jaeheung Cho, et al.
    • 雑誌名

      Chem.Sci.

      巻: 2 ページ: 2057-2062

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Catalytic Mechanism of Water Oxidation with Single-Site Ruthenium-Heteropolytungstate Complexes2011

    • 著者名/発表者名
      M.Murakami, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 11605-11613

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of a Ruthemuin(IV)-Oxo Complex by Electron-Transfer Oxidation of a Coordinatively Saturated Ruthenium(II) Complex and Detection of Oxygren-Rebound Intermediates in C-H Bond Oxygenation2011

    • 著者名/発表者名
      T.Kojima, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 11692-11700

    • 査読あり
  • [雑誌論文] T-quaternary structure of oxy human adult hemoglobin in the presence of two allosteric effectors, L35 and IHP2011

    • 著者名/発表者名
      K.Kanaori, et al.
    • 雑誌名

      Biochim.Biophys.Acta-Bioenergetics

      巻: 1807 ページ: 1253-1261

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reactivity of Copper(II)-Alkylperoxo Complexes2011

    • 著者名/発表者名
      T.Tano, et al.
    • 雑誌名

      Dalton Trans.

      巻: 40 ページ: 10326-10336

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spectroscopic and computational characterization of Cu^<II>-OOR (R=H or cumyl) complexes bearing a Me_6-tren ligand2011

    • 著者名/発表者名
      Y.J.Choi, et al.
    • 雑誌名

      Dalton Trans.

      巻: 40 ページ: 2234-2241

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Post-translational His-Cys Cross Linkgae Formation in Tyrosinase Induced by Copper(II)-Peroxo Species2011

    • 著者名/発表者名
      N.Fujieda, et al.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 133 ページ: 1180-1183

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Resonance Raman study on the oxygenated and the ferryl-oxo species of indoleamine 2,3-dioxygenase during catalytic turnover2011

    • 著者名/発表者名
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • 雑誌名

      Faraday Disc.

      巻: 148 ページ: 239-247

    • 査読あり
  • [学会発表] チトクロムc酸化酵素におけるヘムa側鎖ヒドロキシファルネシルエチル基の共鳴ラマン線の帰属2012

    • 著者名/発表者名
      坂口美幸, 他
    • 学会等名
      日本化学会第92春季年会
    • 発表場所
      慶応大学、神奈川県
    • 年月日
      2012-03-27
  • [学会発表] Picobiological features in functions of heme proteina revealed by resonance Raman apectroscopy2012

    • 著者名/発表者名
      Teizo Kitagawa, et al.
    • 学会等名
      14^<th> National Symposium in Chemistry
    • 発表場所
      National Institute for Interdisciplinary Science and Technology, Thiruvananthapuram, India(招待講演)
    • 年月日
      2012-02-05
  • [学会発表] Protein Dynamics and Reaction Mechanism of Cytochrome c Oxidase as Studied by Resonance Raman Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Izumi Ishigami, et al.
    • 学会等名
      The 3rd Asian Spectroscopy Conference
    • 発表場所
      Xiamen University, China
    • 年月日
      2011-12-30
  • [学会発表] フェムト秒レーザーを用いた高感度時間分解赤外分光装置の開発と蛋白質水溶液への応用2011

    • 著者名/発表者名
      久保稔, 他
    • 学会等名
      日本分光学会年次講演会
    • 発表場所
      理化学研究所、神奈川県
    • 年月日
      2011-12-02
  • [学会発表] Microsecond Protein Dynamics of Cytochrome c Oxidase as Studied with Resonance Raman Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Ogura, et al.
    • 学会等名
      The 3rd Asian Spectroscopy Conference
    • 発表場所
      Xiamen University, China(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-29
  • [学会発表] ルテニウム-ピリジルアミン錯体を用いた水を酸素源とする炭化水素酸化反応2011

    • 著者名/発表者名
      大図慎吾, 他
    • 学会等名
      第44回酸化反応討論会
    • 発表場所
      大阪大学、大阪府
    • 年月日
      2011-11-04
  • [学会発表] 水溶液中のタンパク質の高感度時間分解赤外分光測定2011

    • 著者名/発表者名
      久保稔, 他
    • 学会等名
      第5回分子科学討論会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター、北海道
    • 年月日
      2011-09-20
  • [学会発表] Structural analysis of FMN and iron-sulfur clusters of bovine heart NADH-ubiquinone oxidoreductase by resonance Raman spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Masahide Hikita, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] ヘム鉄の電子密度がミオグロビンの自動酸化反応に与える影響の解明2011

    • 著者名/発表者名
      西村龍, 他
    • 学会等名
      錯体化学会第61回討論会
    • 発表場所
      岡山理科大学、岡山県
    • 年月日
      2011-09-18
  • [学会発表] Resonance Raman Study on Cytochrome c Oxidase Reconstituted in Phospholipid Vesicles2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nomura, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] Protein Dynamics and Reaction Mechanism of Cytochrome c Oxidase : Resonance Raman Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Izumi Ishigami, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] The chemical nature of the ligand at the oxygen reduction site of the resting Ooxidized cytochrome c oxidase2011

    • 著者名/発表者名
      Miyuki Sakaguchi, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] Protein Dynamics of Cytochrome c Oxidawith se upon CN-Photolysis as studied with Resonance Raman Spectroscopy2011

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Nishigaki, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] Resonance Raman study on the ferryl oxo hemes with imidazole as axilal ligand having a bulky substituent2011

    • 著者名/発表者名
      Hirohito Ishimaru, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-17
  • [学会発表] Resonance Raman Study on Ligand-Bound Forms of Indoleamine 2,3-Dioxygenase2011

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Hara, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-16
  • [学会発表] Resonance Raman Study on CO-bound Indoleamine 2,3-Dioxygenase with Tryptophan2011

    • 著者名/発表者名
      Sachiko Yanagisawa, et al.
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大学、兵庫県
    • 年月日
      2011-09-16
  • [学会発表] Ultraviolet time-resolved resonance Raman investigation of structural dy namics of Hem-AT-Bs following CO photodissociation2011

    • 著者名/発表者名
      Teizo Kitagawa, et al.
    • 学会等名
      15^<th> International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • 発表場所
      University of British Columbia, Vancouver, Canada(招待講演)
    • 年月日
      2011-08-11
  • [学会発表] 共鳴ラマン分光法によるウシ心筋NADH-ユビキノン酸化還元酵素のFMNとFe-Sクラスターの構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      引田理英, 他
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学、茨城県
    • 年月日
      2011-06-24
  • [学会発表] 共鳴ラマン分光法によるインドールアミン2,3ジオキシゲナーゼの光学異性依存的基質相互作用の検出2011

    • 著者名/発表者名
      柳澤幸子, 他
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学、茨城県
    • 年月日
      2011-06-24
  • [学会発表] チトクロム酸化酵素のリガンド解離構造ダイナミクス:新規高精度時間分解赤外分光装置を用いた追跡2011

    • 著者名/発表者名
      中島聡, 他
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学、茨城県
    • 年月日
      2011-06-24
  • [学会発表] CO光解離をトリガーとしたチトクロムc酸化酵素の構造ダイナミクスの追跡2011

    • 著者名/発表者名
      石上泉, 他
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学、茨城県
    • 年月日
      2011-06-24
  • [学会発表] ミオグロビンの機能調節機構の解明2011

    • 著者名/発表者名
      西村龍, 他
    • 学会等名
      第38回生体分子科学討論会
    • 発表場所
      筑波大学、茨城県
    • 年月日
      2011-06-23
  • [学会発表] Resonance Raman study on CO-bound indoleamine 2,3-dioxygenase2011

    • 著者名/発表者名
      Takashi Ogura
    • 学会等名
      The 3rd Greorgian Bay International Conference on Bioinorganic Chemistry
    • 発表場所
      Stockey Centre, Parry Sound, Ontario, Canada(招待講演)
    • 年月日
      2011-06-01
  • [図書] Hemoglobin ; Recent Development and Topics2011

    • 著者名/発表者名
      Shigenori Nagatomo, et al
    • 総ページ数
      37-61
    • 出版者
      Research Signpost, Kerala, India
  • [備考]

    • URL

      http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/

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公開日: 2013-06-26  

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