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2010 年度 実績報告書

HIV薬剤耐性検査のためのパイロジェノタイピング手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 21360408
研究機関早稲田大学

研究代表者

竹山 春子  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (60262234)

研究分担者 杉浦 亙  独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), 感染免疫研究部, 部長 (70300936)
岡村 好子  早稲田大学, 理工学術院, 准教授 (80405513)
キーワードパイロシークエンス / HIV / quasispecies / 同時並列個別増幅 / 一分子計測
研究概要

HIV急性感染期には(1)APOBEC3G,A3G(自然免疫)、(2)Envに対する中和抗体(液性免疫)、そして(3)細胞傷害性T細胞,CTL(細胞性免疫)の宿主免疫が複合的に働くにも関わらず、HIVの慢性持続感染は成立する。これは、HIVが感染成立後に多様なウイルス準種(quasispecies)を生み出して免疫機構から逃避するためである。急性感染期におけるウイルスの状態が、その後の病態進行・予後に影響することは明らかであるが、この時期におけるHIVの動向を網羅的に解析した研究は行われていない。そこで本研究では、急性感染期において各免疫応答の標的となるウイルス分子の配列変化を解析することで、対応する宿主応答について理解する。
本年度は、パイロシークエンスが可能な小型測定装置(本研究にて購入)にてパイロシークエンスの正確性の評価を行った。パイロプライマーの設計は、塩基置換等をデザインすることで、ターゲットの増幅効率の上昇、シークエンスのための前処理、シークエンスの状況検討を行った。模擬サンプルとして、ヒトDNAを用いて様々な遺伝子配列決定が正確に出来るかどうかの確認実験を行い、プロトコルの確定を行った。一方、実際のHIVサンプルでは、2症例についての血漿中のHIVのEnv領域遺伝子の増幅条件について検討を行った。Gp120全長の増幅をできるプライマーの設定を行い、pyrosequencing解析に持ち込むのに十分な量の産物を得ることができた。quasispeciesの出現頻度検討をパイロシークエンスにより行い、エスケープ変異種の同定、遺伝的多様性の比較、コレセプター指向性の同定を行う予定である。また、envと同様に宿主免疫の標的となるGagについても今後解析を行うことを予定している。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Within-host co-evolution of Gag P453L and protease D30N/N88D demonstrates virological advantage in a highly protease inhibitor-exposed HIV12011

    • 著者名/発表者名
      Shibata J, Sugiura W, Ode H, Iwatani Y, Sato H, Tsang H, Matsuda M, Hasegawa N, Ren F, Tanaka H
    • 雑誌名

      Antiviral Res

      巻: 90 ページ: 33-41

    • 査読あり
  • [学会発表] Development of Single Template PCR Technology with Capillary Plate toward single-cell analysis2010

    • 著者名/発表者名
      Okamura Y, Kambara H, Matsunaga T, Takeyama H.
    • 学会等名
      PACIFICHEM 2010
    • 発表場所
      アメリカ、ハワイ
    • 年月日
      2010-12-18
  • [学会発表] 単一細胞内遺伝子発現デジタル解析に向けた1分子cDNAの検出2010

    • 著者名/発表者名
      岡村好子、神原秀紀、松永是、竹山春子
    • 学会等名
      第50回化学センサ研究発表会
    • 発表場所
      神奈川工科大学
    • 年月日
      2010-09-02
  • [図書] 一細胞からのmRNAをデジタル計測するための要素技術開発:「シングルセル解析の最前線」)(松永是・神原秀記・植田充美監修)2010

    • 著者名/発表者名
      竹山春子, 岡村好子, 吉野知子, 神原秀記
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      シーエムシー出版

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公開日: 2012-07-19  

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