ハプト・クリプト藻類を含む新奇巨大生物群の提唱とクロムアルベオラ-タ仮説の検証

2010 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 21370031
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 稲垣 祐司 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
• 研究分担者: 石田 健一郎 筑波大学, 生命環境科系, 教授 (30282198)
• キーワード: 真核生物系統 / 葉緑体 / クロムアルベオラータ仮説 / 遺伝子水平転移 / 2次共生

研究概要

本研究の目的は、ハプト+クリプト生物群に含まれる可能性のある捕食性メンバーを大規模発現遺伝子(EST)解析に供し、その配列情報解析に基づき、(A)ハプト+クリプト生物群の多様性とメンバー間の系統関係、(B)ハプト+クリプト生物群における光合成能力の進化、(C)ハプト+クリプト生物群の系統学的位置を確定することを目的としている。平成22年度には以下の作業を行った。
1.ハプト+クリプト生物群捕食性メンバー、新奇捕食性鞭毛虫Palpitomonas bilix(YPF602株)、ゴニオモナス類Goniomona sp.のRNAサンプルをもとに作成したcDNAライブラリーを、パイロシークエンシングすることにより、網羅的発言遺伝子(Expressed sequence tag)解析を行った。P.bilixは104,136リード(8586コンティグ)、Goniomona sp.は132,161リード・8394コンティグをそれぞれ得ることができた。
2.EST解析から得たコンティグの配列相同性解析を行い、分子系統解析に用いることのできる遺伝子を探索した。その結果、161遺伝子配列から構成される"Phylogenomic"解析用データを用意することができた。現在までに行った161遺伝子、あるいはそのサブセットのデータ解析により、P.bilixはクリプト藻類に極めて近縁であることが判明した。
3.P.bilixとGoniomona sp.のESTデータ中に葉緑体関連遺伝子を探索した。残念ながらP.bilixデータには葉緑体関連遺伝子の有望な候補は見つからなかった。しかし、Goniomona ESTデータには、6つの葉緑体関連遺伝子候補が見つかった。これらの遺伝子転写産物の全長配列を決定するための解析を現在行っている。

研究成果

• [雑誌論文] Spheroid bodies in rhopalodiacean diatoms were derived from a single endosymbiotic cyanobacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakayama T, Ikegami Y, Nakayama T, Ishida K, Inagaki Y, Inouye I
  • 雑誌名: Journal of Plant Research 巻: 124 ページ: 93-97
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial genomes from two red-tide forming raphidophycean algae, Heterosigma akashiwo and Chattonella var.marina (2011)
  • 著者名/発表者名: Masuda I, Kamikawa R, Ueda M, Oyama K, Yoshimatsu S, Inagaki Y, Sako Y
  • 雑誌名: Harmful Algae 巻: 10 ページ: 130-137
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cercozoa comprises both EF-1α-containing and EFL-containing members (2011)
  • 著者名/発表者名: Kamikawa R, Yabuki A, Nakayama T, Ishida K, Hashimoto T, Inagaki Y
  • 雑誌名: European Journal of Protistology 巻: 47 ページ: 24-28
  • 査読あり
• [雑誌論文] Split introns in the genome of Giarida intestinalis are excised by spliceosome-mediated trans-splicing (2011)
  • 著者名/発表者名: Kamikawa R, Inagaki Y, Tokoro M, Roger AJ, Hashimoto T
  • 雑誌名: Current Biology 巻: 21 ページ: 311-315
  • 査読あり
• [雑誌論文] Palpitomonas bilix gen.et sp.nov. : A novel deep-branching heterotroph possibly related to Archaeplastida or Hacrobia (2010)
  • 著者名/発表者名: Yabuki A, Inagaki Y, Ishida K
  • 雑誌名: Protist 巻: 210 ページ: 523-538
  • 査読あり
• [雑誌論文] A wide diversity of previously undetected relatives of diplomonads isolated from marine/saline habitats (2010)
  • 著者名/発表者名: Kolisko M, Silberman JD, Cepicka I, Yubuki N, Takishita K, Yabuki A, Leander BS, Inouye I, Inagaki Y, Roger AJ, Simpson AGB
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 巻: 12 ページ: 2700-2710
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rooting for the root of elongation factor-like protein phylogeny (2010)
  • 著者名/発表者名: Kamikawa R, Sakaguchi M, Matsumoto T, Hashimoto T, Inagaki Y
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: 56 ページ: 1082-1088
  • 査読あり
• [雑誌論文] A phylogenetic mosaic plastid proteome and unusual platid-targeting signals in the green-colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: Minge MA, Shalchian-Tabrizi K, Torresen OK, Takishita K, Probert I, Inagaki Y, Klaveness D, Jakobsen KS
  • 雑誌名: BMC Evolutionary Biology 巻: 10 ページ: 191
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cryptic diversity of free-living parabasalids, Paeudotrichomonas keilini and Lacusteria cypriaca n.gen.et sp., as inferred from SSU rDNA sequences (2010)
  • 著者名/発表者名: Yubuki N, Ceza V, Cepicka I, Yabuki A, Inagaki Y, Nakayama T, Inouye I, Leander BS
  • 雑誌名: Journal of Eukaryotic Microbiology 巻: 57 ページ: 554-561
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive SSU rRNA phylogeny of Eukaryota (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishida K, Inagaki Y, Sakaguchi M, Oiwa A, Kai A, Suzuki M, Nakayama T, Chikuni T, Yabuki A, Yamaguchi H, Yubuki N, Yoshida M, Nakayama T, Inouye I, Hashimoto T
  • 雑誌名: Journal of Endocytobiosis and Cell Research 巻: 20 ページ: 81-88
  • 査読あり
• [学会発表] オミクス情報に基づく藻類・プロティスト複合系の多様性解明へのアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 横山亜紀子、守屋繁春、菊池淳、兪一〓、Craig Evarroad、Diogo Ogawa、皿井千裕、稲垣祐司、中山剛、石田健一郎、橋本哲男、渡辺信、井上勲
  • 学会等名: 第35回日本藻類学会
  • 発表場所: 富山県・富山・富山大
  • 年月日: 2011-03-27
• [学会発表] 所属不明の原生生物Palpitomonas bilixの系統的位置の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 矢吹彬憲、神川龍馬、Martin Kolisko、田辺晶史、Roger AJ、橋本哲男、石田健一郎、稲垣祐司
  • 学会等名: 第35回日本藻類学会
  • 発表場所: 富山県・富山・富山大
  • 年月日: 2011-03-27
• [学会発表] 無色系統群の研究から炙り出される真核藻類の進化-ゲノミクスの視点を含めて (2011)
  • 著者名/発表者名: 稲垣祐司、矢吹彬憲、神川龍馬、西村祐貴、石田健一郎、橋本哲男
  • 学会等名: NBRP「藻類」シンポジウム『未来を支える藻類,その多様性-ゲノミクス・ポストゲノミクスの視点から』
  • 発表場所: 東京都・新宿・住友ビル47階スカイルーム(招待講演)
  • 年月日: 2011-01-29
• [学会発表] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto T, Kamikawa R, Hashimoto T, Inagaki Y
  • 学会等名: 第26回国際生物学賞記念シンポジウム
  • 発表場所: 茨城県・つくば・つくば国際会議場
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: 稲垣祐司
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会年会合同大会)
  • 発表場所: 兵庫県・神戸・神戸ポートアイランド(招待講演)
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Giardia intestinalisゲノム中の「分割」イントロン群 (2010)
  • 著者名/発表者名: 神川龍馬、稲垣祐司、所正治、Roger AJ、橋本哲男
  • 学会等名: 第9回分子寄生虫・マラリア研究フォーラム
  • 発表場所: 長崎県・長崎・長崎大
  • 年月日: 2010-10-07
• [学会発表] Molecular evidence for the residual nuclear genome of the green algal endosymbiont in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto T, Kamikawa R, Inagaki Y
  • 学会等名: ISE 2010 (XI^<th> International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis)
  • 発表場所: ノルウェー・トロムソ・トロムソ大学
  • 年月日: 2010-08-29
• [学会発表] Evolutionary characteristics of the green-colored plastid in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: Inagaki Y、Matsumoto T, Kawchi M, Hashimoto T
  • 学会等名: ISE 2010 (XI^<th> International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis)
  • 発表場所: ノルウェー・トロムソ・トロームソ大学
  • 年月日: 2010-08-29
• [学会発表] Multigene phylogenies of diverse Carpediemonas-like organisms identify the closest relatives of 'amitochondriate' diplomonads and retortamonads (2010)
  • 著者名/発表者名: Takishita K, Kolisko M, Komatsuzaki H, Yabuki A, Cepicka I, Smejkalova P, Silberman JD, Inagaki Y, Hashimoto T, Roger AJ, Simpson AGB
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] Tsukubamonas globosa gen.et sp.nov. ; a novel excavate flagellate possibly hold a key for the early evolution in "Discoba" (2010)
  • 著者名/発表者名: Yabuki A, Nakayama T, Yubuki N, Hashimoto T, Ishida K, Inagaki Y
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] Green-colored plastids in the dinoflagellate genus Lepidodinium are of core chlorophyte origin (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto T, Shinozaki F, Chikuni T, Yabuki A, Takishita K, Kawachi M, Nakayama T, Inouye I, Hashimoto T, Inagaki Y
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] A simulation study for assessing phylogenetic inference attracted by inclusion of sequences with compositional bias and extraordinary substitution rate (2010)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa S, Inagaki Y, Tanabe AS, Kamikawa R, Hashimoto T
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] Transcriptional difference between two nucleus-encoded plastid-targeted GAPDH genes in the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum (2010)
  • 著者名/発表者名: Yazaki Y, Kamikawa R, Matsumoto T, Inagaki Y, Hashimoto T
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] Mitochondrial genome of the katablepharid Leucocryptos marina (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishimura Y, Kamikawa R, Matsumoto T, Inagaki Y, Hashimoto T
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02
• [学会発表] Spliceosome-mediated trans-splicing produces the complete mRNA for heat shock protein 90 in Giardia intestinalis (2010)
  • 著者名/発表者名: Kamikawa R, Inagaki Y, Tokoro M, Roger AJ, Hashimoto T
  • 学会等名: ISEP XVIII
  • 発表場所: 石川県・金沢・金沢県立美術館
  • 年月日: 2010-07-02