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2011 年度 実績報告書

琉球諸島ヒト集団の網羅的ゲノム多様性解析?系統・形態・環境適応の解明に向けて?

研究課題

研究課題/領域番号 21370108
研究機関北里大学

研究代表者

太田 博樹  北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)

研究分担者 木村 亮介  琉球大学, 亜熱帯島嶼科学超域研究推進機構, 特命准教授 (00453712)
キーワード琉球諸島 / 先島諸島 / 日本人の起源 / 炎症性腸疾患 / 歯牙形質 / STR多型 / アイヌ / 縄文人
研究概要

【背景】石田肇(連携研究者)らの琉球諸島における歯冠形質にもとづく系統解析は、沖縄本島および本州日本が比較的近縁であるのに対し、先島諸島(宮古島と石垣島)は台湾原住民を介して沖縄本島と近縁で、アイヌにより近縁であることを示した。
【目的】琉球諸島と本州日本(特に北部九州)のヒトの系統関係と形態的・生理的環境適応を明らかにする。
【平成23年度の成果】(1)沖縄における炎症性腸疾患原因変異の調査:炎症性腸疾患の1つであるクローン病の原因変異の1つは、人類進化の歴史の中で単に中立変異として残ってきただけでは無く、近傍の変異が自然選択を受けてきたことに連鎖して人類集団中に維持されてきた可能性を示した(Nakagome et al.2012 ; Nakagome and Oota 2012)。これを受けおこなった調査の結果、昨年既に報告したクローン病の別の原因変異の頻度(Nakagome et al.2010)が沖縄と北部九州で有意に異なっていることを明らかにした(Nakagome et al.in preparation)。
(2)沖縄本島・先島諸島由来試料を用いた歯冠形質決定候補遺伝子のSNP解析:昨年既に報告したアジアで広く見られるシャベル型切歯と強く関連している遺伝子の一塩基置換(Kimura et al.2010)が、第2大臼歯の形態小変異とも有意に関連していることを明らかにした(Park et al.in press)。
(3)水田農耕の北部九州起源の検証:弥生時代に大陸から渡来したと考えられている水田農耕の拡散を日本列島全国13カ所の水田周辺から採取した野生メダカの分子系統を解析することで検証を行い、メダカの拡散が北部九州から起こった可能性が高いことを明らかにした(Katsumura et al.2012)。
(4)アイヌ-沖縄同系論の検証:琉球諸島(沖縄本島、宮古島、石垣島)の住民とアイヌの人々の常染色体およびY染色体のSTR多型を分析した結果、男性の系統で琉球諸島住民とアイヌの間で強い系統的な近縁性の証拠が得られた(Koganebuchi et al.in press)。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (12件) 図書 (5件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Apopulation genetic study on the relationship between medaka fish and wet-rice-cultivation spreads over the Japanese archipelago2012

    • 著者名/発表者名
      T.Katsumura, S.Oda, K.Tsukamoto, Y.Sekiya, T.Yamashita, M.Aso, M.Hata, M.Nonaka, S.Mano, H.Ishida, H.Mitani, S.Kawamura, H.Oota
    • 雑誌名

      A nthropological Science

      巻: 120 ページ: 81-89

    • DOI

      DOI:10.1537/ase.110525

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: (In press)

    • DOI

      doi:10.1093/molbev/mss006

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders

    • 著者名/発表者名
      K.Koganebuchi, T.Katsumura, S.Nakagome, H.Ishida, S.Kawamura, H.Oota, The Asian Archival DNA Repository Consortium
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of an Asian-specific nonsynonymous EDAR variant on multiple dental traits

    • 著者名/発表者名
      J-H.Park, T.Yamaguchi, C.Watanabe, A.Kawaguchi, K.Haneji, M.Takeda, Y-I.Kim, Y.Tomoyasu, M.Watanabe, H.Oota, T.Hanihara, H.Ishida, K.Maki, S-B.Park, R.Kimura
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: (印刷中)

    • 査読あり
  • [学会発表] 人類の形態、生理・代謝、疾患の進化に関するゲノム多様性研究2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      統数研研究集会
    • 発表場所
      統計数理学研究所(立川)
    • 年月日
      20111219-20111220
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 1B1 in Wild Medaka Populations : Curious Similarities to Humans' Polymorphisms and Their Functions2011

    • 著者名/発表者名
      T.Katsumura, S.Oda, H.Mitani, S.Kawamura, H.Oota
    • 学会等名
      The 1st Strategic Meeting for Medaka Research
    • 発表場所
      基礎生物学研究所(岡崎)
    • 年月日
      20111123-20111124
  • [学会発表] Population specific susceptibility to Crohn's disease and signals of natural selection on standing variation2011

    • 著者名/発表者名
      S.Nakagome, S.Mano, L.Kozlowski, J.M.Bujnicki, H.Shibata, Y.Fukumaki, J.R.Kidd, K.K.Kidd, S.Kawamura, H Oota
    • 学会等名
      The 12th ICHG/The 61th Annual Meeting ofThe American Society of Human Genetics
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      20111011-20111015
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 Genes in Wild Medaka Populations : Curious Similarities to Humans' Polymorphisms and Their Functions2011

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      Isogenic Medaka Workshop
    • 発表場所
      EBI, Hinxton, UK
    • 年月日
      20110926-27
  • [学会発表] Allelic variations of cytochrome P450 genes in wild medaka populations : a parallelism to human alleles2011

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第13回日本進化学会
    • 発表場所
      京都大学(京都)(優秀ポスター賞)
    • 年月日
      20110729-20110731
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 Genes in Wild Medaka Populations : a Parallelism to Human Alleles2011

    • 著者名/発表者名
      T.Katsumura, S.Oda, H.Mitani, S.Kawamura, H.Oota
    • 学会等名
      The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
    • 発表場所
      京都大学(京都)
    • 年月日
      20110626-20110630
  • [学会発表] Population specific distribution of Crohn's disease risk alleles on the NOD2 locus and natural selection on standing variation2011

    • 著者名/発表者名
      T.Nakagome, S.Mano, L.Kozlowski, J.M.Bujnicki, H.Shibata, Y.Fukumaki, J.R.Kidd, K.K.Kidd, S.Kawamura. H.Oota
    • 学会等名
      The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
    • 発表場所
      京都大学(京都)
    • 年月日
      20110626-20110630
  • [学会発表] An evolutionary study of human complex diseases2011

    • 著者名/発表者名
      S.Nakagome, S.Mano, L.Kozlowski, J.M.Bujnicki, J.R.Kidd, K.K.Kidd, S.Kawamura, H.Oota
    • 学会等名
      Workshop on Evolutionary Analyses and Applications
    • 発表場所
      Xi'an and Lhasa, China
    • 年月日
      20110607-20110620
  • [学会発表] 沖縄人が大和人より酒に強い理由-遺伝子を調べてわかったこと-2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第65回日本人類学会公開シンポジウムI『琉球弧とヒトの適応戦略』
    • 発表場所
      沖縄県立博物館(那覇)
    • 年月日
      2011-11-06
  • [学会発表] How do physical anthropologists have committed themselves on genome medicine?2011

    • 著者名/発表者名
      H.Oota
    • 学会等名
      Changing Representations of Indigenous and Migrant Groups in Globalizing Japan : Genes, Bones, and Cultures. IUAES/AAS/ASAANZ Conference 2011
    • 発表場所
      Perth, Australia
    • 年月日
      2011-07-05
  • [学会発表] 環境要因と遺伝的多型と多様な表現型との関係/Environmental factors and relationship between genetic polymorphisms and various phenotypes2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第64回日本生理人類学会シンポジウムI『環境及び遺伝の要因と生理的多型性との関係』
    • 発表場所
      九州大学(福岡)
    • 年月日
      2011-06-11
  • [学会発表] メダカ集団を用いたヒト多型の生体機能解析実験系の検討-cytochrome P450に着目して2011

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学(東京)
    • 年月日
      2011-06-04
  • [図書] Evolutionary Insights into the "Population-Specificity" of the Genetic Factors Associated with Inflammatory Bowel Diseases. Ulcerative Colitis 2(edited by Prof.Mustafa M.Shennak)2012

    • 著者名/発表者名
      S.Nakagome, H.Oota
    • 総ページ数
      222
    • 出版者
      InTech (Rijeka, Croatia) ISBN 979-953-307-555-5
  • [図書] Duplicated Gene Evolution of the Primate Alcohol Dehydrogenase Family. pp149-161. Primatology Monographs (Series Editors : T.Matsuzawa & J.Yamagiwa) Post-Genome Biology of Primates(edited by H.Hirai, H.Imai, Y.Go)2012

    • 著者名/発表者名
      H.Oota, K.K.Kidd
    • 総ページ数
      286
    • 出版者
      Springer (Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York) ISBN 978-4-431-54010-6. DOI10.1007/978-4-431-54011-3
  • [図書] Effects of Human Migration on Genome Diversity in East Asia. pp173-187. Racial Representations in Asia(edited by Prof.Yasuko Takezawa)2011

    • 著者名/発表者名
      H.Oota, M.Stoneking
    • 総ページ数
      252
    • 出版者
      Kyoto University Press (Kyoto, Japan) and Trans Pacific Press (Melbourne, Australia) ISBN 978-1-920901-58-5
  • [図書] Human Population Genetics Meets Medaka. pp339-350. Medaka-A Model for Organogenesis, Human Disease, and Evolution(edited by K.Naruse, M.Tanaka, H.Takeda)2011

    • 著者名/発表者名
      H.Oota, H.Mitani
    • 総ページ数
      387
    • 出版者
      Springer (Tokyo, Dordrecht, Heidelberg, London, New York) ISBN 978-4-431-92690-0
  • [図書] ヒトはどのように進化してきたかロバート・ボイド/ジェーン・B・シルク著(松本晶子/小田亮監訳)第2章遺伝学pp51-94、第4章種分化と系統発生pp143-188(翻訳)2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 総ページ数
      788
    • 出版者
      ミネルヴァ書房
  • [産業財産権] ヒトの唾液細菌叢を調べる方法及びそれに基づく消化器系疾患の診断2012

    • 発明者名
      服部正平(東京大学)、太田博樹(北里大学)、森田英利(麻布大学)、知念寛(琉球大学)
    • 権利者名
      服部正平(東京大学)、太田博樹(北里大学)、森田英利(麻布大学)、知念寛(琉球大学)
    • 産業財産権番号
      特願2012-050007
    • 出願年月日
      2012-03-07

URL: 

公開日: 2013-06-26  

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