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2011 年度 研究成果報告書

琉球諸島ヒト集団の網羅的ゲノム多様性解析~系統・形態・環境適応の解明に向けて~

研究課題

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研究課題/領域番号 21370108
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 自然人類学
研究機関北里大学 (2010-2011)
東京大学 (2009)

研究代表者

太田 博樹  北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)

研究分担者 木村 亮介  琉球大学, 亜熱帯島嶼科学超域研究推進機構, 特命准教授 (00453712)
連携研究者 石田 肇  琉球大学, 医学部, 教授 (70145225)
埴原 恒彦  北里大学, 医学部, 教授 (00180919)
河村 正二  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (40282727)
研究協力者 松草 博隆  東京大学, 修士
小金渕 佳江  東京大学, 修士
中込 滋樹  統計数理学研究所, JSPS特別研究員
勝村 啓史  東京大学, 非常勤研究員
研究期間 (年度) 2009 – 2011
キーワード琉球諸島 / 日本人の起源 / 炎症性腸疾患 / アルコール代謝 / シャベル型切歯
研究概要

本研究は次のことを明らかにした。(i)琉球諸島の人々は地理的に近い台湾の原住民と比較して遺伝的に本州日本人と近く、(ii)またアイヌ民族との近縁性を示した。(iii)東アジア人に多いシャベル型切歯はEDAR遺伝子多型と関連を示した。(iv)メダカのmtDNAに基づく系図は水田農耕の北部九州からの拡散と矛盾しなかった。(v)アルコール代謝関連遺伝子の多型は琉球諸島とアイヌの共通性を示す点で二重構造モデルを支持した。

  • 研究成果

    (51件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (35件) 図書 (5件) 備考 (3件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] A population genetic study on the relationship between medaka fish and wet-rice-cultivation spreads over the Japanese archipelago2012

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, K. Tsukamoto, Y. Sekiya, T. Yamashita, M. Aso, M. Hata, M. Nonaka, S. Mano, H. Ishida, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 120(1) ページ: 81-89

    • DOI

      DOI:10.1537/ase.110525

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Genetic Analysis of the Sakishima Islanders Reveals No Relationship with Taiwan Aborigines but Shared Ancestry with Ainu and Main-island Japanese2010

    • 著者名/発表者名
      H. Matsukusa, H. Oota*, K. Haneji, T. Toma, S. Kawamura, H. Ishida
    • 雑誌名

      American Journal of Physical Anthropology

      巻: 142 ページ: 211-23

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Population-specific susceptibility to Crohn's disease and ulcerative colitis ; dominant and recessive relative risks in the Japanese population2010

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, Y. Takeyama, S. Mano, S. Sakisaka, T. Matsui, S. Kawamura, H. Oota
    • 雑誌名

      Annals of Human Genetics

      巻: 74 ページ: 126-36

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A common variation in EDAR is a genetic determinant of shovel-shaped incisors2009

    • 著者名/発表者名
      R. Kimura, T. Yamaguchi, M. Takeda, O. Kondo, T. Toma, K. Haneji, T. Hanihara, H. Matsukusa, S. Kawamura, K. Maki, M. Osawa, H. Ishida, H. Oota
    • 雑誌名

      American Journal of Human Genetics

      巻: 85 ページ: 528-535

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crohn's Disease Risk Alleles on the NOD2 Locus Have Been Maintained by Natural Selection on Standing Variation

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 雑誌名

      Molecular Biology and Evolution

      巻: (In press)

    • DOI

      doi:10.1093/molbev/mss006

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Asian Archival DNA Repository Consortium Autosomal and Y-chromosomal STR markers reveal a close relationship between Hokkaido Ainu and Ryukyu islanders

    • 著者名/発表者名
      K. Koganebuchi, T. Katsumura, S. Nakagome, H. Ishida, S. Kawamura, H. Oota
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: (In press)

    • DOI

      DOI:10.1537/ase.120322

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of an Asian-specific nonsynonymous EDAR variant on multiple dental traits

    • 著者名/発表者名
      J-H. Park, T. Yamaguchi, C. Watanabe, A. Kawaguchi, K. Haneji, M. Takeda, Y-I. Kim, Y. Tomoyasu, M. Watanabe, H. Oota, T. Hanihara, H. Ishida, K. Maki, S-B. Park, R. Kimura
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: (In press)

    • 査読あり
  • [学会発表] 人類の形態、生理・代謝、疾患の進化に関するゲノム多様性研究2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      統数研研究集会
    • 発表場所
      統計数理学研究所,立川
    • 年月日
      20111219-19
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 1B1 in Wild Medaka Populations : Curious Similarities to Humans' Polymorphisms and Their Functions2011

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      The 1st Strategic Meeting for Medaka Research
    • 発表場所
      Okazaki, Japan
    • 年月日
      20111123-24
  • [学会発表] Population specific susceptibility to Crohn's disease and signals of natural selection on standing variation2011

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      The 12th ICHG/The 61th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      20111011-15
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 Genes in Wild Medaka Populations : Curious Similarities to Humans' Polymorphisms and Their Functions2011

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      Isogenic Medaka Workshop
    • 発表場所
      EBI, Hinxton, UK
    • 年月日
      20110926-27
  • [学会発表] Allelic variations of cytochrome P450 genes in wild medaka populations : a parallelism to human alleles2011

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第13回日本進化学会
    • 発表場所
      京都大学百周年時計台記念館,京都
    • 年月日
      20110729-31
  • [学会発表] Allelic Variations of Cytochrome P450 Genes in Wild Medaka Populations : a Parallelism to Human Alleles2011

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 年月日
      20110726-30
  • [学会発表] Population specific distribution of Crohn's disease risk alleles on the NOD2 locus and natural selection on standing variation2011

    • 著者名/発表者名
      T. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, H. Shibata, Y. Fukumaki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 年月日
      20110726-30
  • [学会発表] An evolutionary study of human complex diseases2011

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, S. Mano, L. Kozlowski, J. M. Bujnicki, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      Workshop on Evolutionary Analyses and Applications
    • 発表場所
      China
    • 年月日
      20110607-20
  • [学会発表] How should we think of "population" in population genetics?2011

    • 著者名/発表者名
      H. Oota
    • 学会等名
      A Japan-based Global Study of Racial Representation International Workshop.
    • 発表場所
      Japan
    • 年月日
      20110122-23
  • [学会発表] 沖縄人が大和人より酒に強い理由-遺伝子を調べてわかったこと-2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第65回日本人類学会公開シンポジウムI
    • 発表場所
      那覇
    • 年月日
      2011-11-06
  • [学会発表] How do physical anthropologists have committed themselves on genome medicine? Changing Representations of Indigenous and Migrant Groups in Globalizing Japan : Genes, Bones, and Cultures2011

    • 著者名/発表者名
      H. Oota
    • 学会等名
      IUAES/AAS/ASAANZ Conference 2011
    • 発表場所
      Perth, Australia
    • 年月日
      2011-07-05
  • [学会発表] 環境要因と遺伝的多型と多様な表現型との関係/Environmental factors and relationship between genetic polymorphisms and various phenotypes2011

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第64回日本生理人類学会シンポジウムI
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2011-06-11
  • [学会発表] メダカ集団を用いたヒト多型の生体機能解析実験系の検討. cytochrome P450に着目して2011

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス,東京
    • 年月日
      2011-06-04
  • [学会発表] メダカ地域集団間のCYP酵素活性の違い2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20101207-10
  • [学会発表] ヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の構築.メダカを用いた新たなアプローチ2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第4回総研大ワークショップ
    • 発表場所
      相模原
    • 年月日
      20101023-24
  • [学会発表] Alcohol dehydrogenase(ADH) gene cluster in primates2010

    • 著者名/発表者名
      H. Oota, R. Kaul, H. Shibata, A. Toyoda, A. Fujiyama, W. C. Speed, J. R. Kidd, M. Olson, S. Kawamura, K. K. Kidd
    • 学会等名
      International Primatological Society XXIII Congress Kyoto 2010
    • 発表場所
      Japan
    • 年月日
      20100912-18
  • [学会発表] An evolutionary analysis of the NOD2 gene associated with Crohn's disease2010

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, S. Mano, J. R. Kidd, K. K. Kidd, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      The Society for Molecular Biology and Evolution, Annual Meeting
    • 発表場所
      Kyoto, France
    • 年月日
      20100704-08
  • [学会発表] A study of functional differences between alleles in P450 genes for medaka fish(Oryzias latipes)2010

    • 著者名/発表者名
      T. Katsumura, S. Oda, H. Mitani, S. Kawamura, H. Oota
    • 学会等名
      Genetics 2010 : model organisms to human biologymodel organisms to human biology
    • 発表場所
      Boston, U. S. A.
    • 年月日
      20100612-15
  • [学会発表] ヒトCYP多型とメダカ地域集団を用いた生体機能解析2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      第1回CYP研究会
    • 発表場所
      葉山
    • 年月日
      2010-11-17
  • [学会発表] 水田の拡散とメダカの移動2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会第64回大会
    • 発表場所
      伊達
    • 年月日
      2010-10-03
  • [学会発表] ヒト遺伝的多型の機能解析実験モテル生物としての野生メタカ集団の有用性-cytochrome P450遺伝子に着目して2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      小型魚類研究会第16回大会
    • 発表場所
      埼玉
    • 年月日
      2010-09-19
  • [学会発表] 野生メダカ集団におけるcytochrome P450遺伝子のアレル間機能差2010

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷宏志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-08-03
  • [学会発表] ヒトの進化とゲノム多様性2010

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第20回日本解剖学会関東支部懇話会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-05-22
  • [学会発表] メダカ集団を用いたヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の開発2009

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本進化学会第11回大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      20090903-04
  • [学会発表] メダカ集団を用いたヒト遺伝的多型の生体機能解析実験系の構築2009

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史、尾田正二、三谷啓志、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      特別領域研究「ゲノム」4領域2009年度合同班会議
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20090831-0901
  • [学会発表] Relationship between DNA Quantity and Amino Acid Racemization Rate in Ancient Biological Remains2009

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史、太田博樹、大谷進、米田穣
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Linkage disequilibrium analysis and specific polymorphisms to local human populations across Crohn's disease genomic regions2009

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹、間野修平、竹山康章、向坂彰太郎、松井敏幸Judith R. Kidd、Kenneth K. Kidd、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Analysis of human polymorphisms in cytochrome P450 gene family using medaka(Oryzias latipes) local-wild populations2009

    • 著者名/発表者名
      勝村啓史, 尾田正二, 三谷啓志, 河村正二, 太田博樹
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] Linkage disequilibrium analysis of alcohol-metabolizing gene cluster and East Asian specific haplotypes2009

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江、松草博隆、中込滋樹、石田肇、埴原恒彦、副島英伸、藤本一眞、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] A comparative genome analysis of the alcohol dehydrogenase gene cluster in primates2009

    • 著者名/発表者名
      太田博樹、R. Kaul, M. Olson, 柴田弘紀、河村正二、W. C. Speed、J. R. Kidd、K. K. Kidd
    • 学会等名
      日本分子生物学会第32回大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2009-12-11
  • [学会発表] 性偏向的移住とヒトゲノム多様性日本人類学会2009

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第63回大会シンポジウム
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-10-04
  • [学会発表] 歯形態の遺伝学:シャベル型切歯とEDAR2009

    • 著者名/発表者名
      木村亮介、山口徹太郎、槙宏太郎、武田摩耶子、近藤修、埴原恒彦、大沢資樹、石田肇、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会第63回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-10-03
  • [学会発表] 日本人とヨーロッパ人におけるクローン病原因候補遺伝子の違い2009

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹、竹山康章、間野修平、向坂彰太郎、松井敏幸、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会第63回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-10-03
  • [学会発表] ADH1BおよびALDH2における琉球諸島vs北部九州ヒト集団の比較遺伝学解析2009

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江、松草博隆、中込滋樹、石田肇、埴原恒彦、副島英伸、藤本一眞、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類学会第63回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-10-03
  • [学会発表] ADH1BおよびALDH2における琉球諸島vs北部九州ヒト集団の比較遺伝学解析2009

    • 著者名/発表者名
      小金渕佳江、松草博隆、中込滋樹、石田肇、埴原恒彦、副島英伸、藤本一眞、河村正二、太田博樹
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第54回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-09-25
  • [図書] Ulcerative Colitis 22012

    • 著者名/発表者名
      S. Nakagome, H. Oota
    • 出版者
      InTech
  • [図書] Primatology Monographs2012

    • 著者名/発表者名
      H. Oota, K. K. Kidd
    • 総ページ数
      149-161
    • 出版者
      Springer
  • [図書] Effects of Human Migration on Genome Diversity in East Asia2011

    • 著者名/発表者名
      H. Oota, M. Stoneking
    • 総ページ数
      173-187
    • 出版者
      Kyoto University Pressand Trans Pacific Press
  • [図書] Human Population Genetics Meets Medaka2011

    • 著者名/発表者名
      H. Oota, H. Mitani
    • 総ページ数
      339-350
    • 出版者
      Springer
  • [図書] 男女で異なる移住パターンとヒトゲノム多様性生物の科学遺伝2010

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 出版者
      NTS
  • [備考] 【アウトリーチ活動】沖縄県立博物館で開催された一般向け展示会「沖縄科学の最前線2010」にてポスター『沖縄本島・先島諸島の人々の遺伝子』展示

  • [備考] 東京大学大学院新領域創成科学研究科・太田研究室ホームページ

    • URL

      http://www.jinrui.ib.k.u-tokyo.ac.jp/oota/index.html

  • [備考] 北里大学医学部・太田研究室ホームページ

    • URL

      http://www.med.kitasato-u.ac.jp/~anatomy-anthropology/oota_lab/index.php

  • [産業財産権] ヒトの唾液細菌叢を調べる方法及びそれに基づく消化器系疾患の診断2012

    • 発明者名
      服部正平、森田英利、太田博樹、知念寛
    • 権利者名
      服部正平、森田英利、太田博樹、知念寛
    • 産業財産権番号
      特許、2012-050007
    • 出願年月日
      2012-03-07

URL: 

公開日: 2013-07-31  

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