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2011 年度 研究成果報告書

水田土壌中におけるバクテリオファージの役割とその遺伝子多様性・新奇性

研究課題

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研究課題/領域番号 21380046
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 植物栄養学・土壌学
研究機関名古屋大学

研究代表者

木村 眞人  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (20092190)

研究分担者 村瀬 潤  名古屋大学, 大学院・生命農学研究科, 講師 (30285241)
研究期間 (年度) 2009 – 2011
キーワードg23遺伝子 / g20遺伝子 / psbA遺伝子 / T4型ファージ / DNA-SIP / 多様性 / 微生物循環 / 水田土壌
研究概要

本研究においては、水田土壌中でのバクテリオファージ(ファージ)の役割を生元素循環における役割として取らえ、溶菌ファージの細菌細胞への感染の程度の評価と13C標識植物遺体の分解に伴うファージDNAの^13Cによる標識の確認を行った。なお、新鮮および乾燥した13C標識水稲カルスをそれぞれ根冠細胞および植物遺体のモデル物質として使用した。また、ファージ群集における遺伝子多様性・新奇性は、各種の土壌中のファージ遺伝子g23, g20, psbAの塩基配列を海洋や湖沼から得られた塩基配列と比較し評価した。溶菌ファージの細菌細胞への感染率は、海洋や湖沼でこれまでに報告されている感染率に比べてはるかに高かった。また、13Cで標識されたg23、g20クローンが得られたことからファージ群集は水田土壌中での生元素循環において微生物循環の重要な担い手と判断した。また、土壌中から得られたg23クローンの多様性は海洋や湖沼中に比べてはるかに高く、多くの塩基配列は海洋や湖沼のg23塩基配列とは異なる土壌に特異的な塩基配列であった。さらに、水田表面水中のg20、psbA塩基配列は陸水中のものに類似し、土壌中のg20塩基配列は、表面水、海洋や湖沼とは異なるものであった。

  • 研究成果

    (16件)

すべて 2011 2010 2009

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (4件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Heterotrophic growth of cyanobacteria and phage-mediated microbial loop in soil2011

    • 著者名/発表者名
      Chol Gyu Lee, Takeshi Watanabe, Yuichi Fujita, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Soil Science and Plant Nutrition

    • DOI

      DOI:10.1080/00380768.2012.

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Spatial and temporal changes of cyanophage communities in paddy field soils as revealed by capsid assembly protein gene g20.2011

    • 著者名/発表者名
      Guanghua Wang, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology

      巻: 76(2) ページ: 352-359

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High frequency of phage-infected bacterial cells in a rice field soil in Japan2011

    • 著者名/発表者名
      Ryu Takahashi, Saman Bowatte, Katsutoshi Taki, Yoshinori Ohashi, Nanako Yoshikawa, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Soil Science and Plant Nutrition

      巻: 57(1) ページ: 35-39

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular analysis of the major capsid genes(g23) of T4-type bacteriophages in an upland black soil in Northeast China2011

    • 著者名/発表者名
      Guanghua Wang, Zhenhua Yu, Junjie Liu, Jian Jin, Xiaobing Liu, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Biology and Fertility of Soils

      巻: 47(3) ページ: 273-282

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Low diversity of T4-type bacteriophages in applied rice straw, plant residues and rice roots in Japanese rice soils2010

    • 著者名/発表者名
      Shun Fujihara, Jun Murase, Cho Cho Tun, Tomoya Matsuyama, Makoto Ikenaga, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Soil Science and Plant Nutrition

      巻: 56(6) ページ: 800-812

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High frequency of virus-infected bacterial cells in a sheep grazed pasture soil in New Zealand2010

    • 著者名/発表者名
      Saman Bowatte, Paul C. D. Newton, Ryu Takahashi, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Soil Biology and Biochemistry

      巻: 42(5) ページ: 708-712

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Unique viral capsid assembly protein gene(g20) of cyanophages in the floodwater of a Japanese rice field2010

    • 著者名/発表者名
      Guanghua Wang, Jun Murase, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Biology and Fertility of Soils

      巻: 46(2) ページ: 93-102

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel cyanophage photosynthetic gene psbA in the floodwater of a Japanese rice field2009

    • 著者名/発表者名
      Guanghua Wang, Jun Murase, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Ecology

      巻: 70(1) ページ: 79-86

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Change in T4-type bacteriophage communities during the composting process of rice straw2009

    • 著者名/発表者名
      Vita Ratri Cahyani, Jun Murase, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Soil Science and Plant Nutrition

      巻: 55(4) ページ: 468-477

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Changes in major capsid genes(g23) of T4-type bacteriophages with soil depth in two Japanese rice fields2009

    • 著者名/発表者名
      Guanghua Wang, Jun Murase, Katsutoshi Taki, Yoshinori Ohashi, Nanako Yoshikawa, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 雑誌名

      Biology and Fertility of Soils

      巻: 45(5) ページ: 521-529

    • 査読あり
  • [学会発表] Bacterial communities incorporating carbon of root cap cells under upland soil conditions2011

    • 著者名/発表者名
      Yong Li, Chol Gyu Lee, Takeshi Watanabe, Jun Murase, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2011年度つくば大会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      20110808-10
  • [学会発表] ファージ感染が土壌細菌の計数に及ぼす影響2011

    • 著者名/発表者名
      高橋龍、浅川晋、木村眞人
    • 学会等名
      日本土壌肥料学会2011年度つくば大会
    • 発表場所
      つくば
    • 年月日
      20110808-10
  • [学会発表] Ecology of viruses in rice fields2010

    • 著者名/発表者名
      Makoto Kimura, Guanghua Wang, Natsuko Nakayama, and Susumu Asakawa
    • 学会等名
      19th World Congress of Soil Science、Brisbane
    • 年月日
      20100801-06
  • [学会発表] 水田土壌中の植物遺体に存在するT4型バクテリオファージ群集のカプシド遺伝子g23による解析2009

    • 著者名/発表者名
      藤原俊、松山倫也、Tun Cho Cho,浅川晋、木村眞人
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会2009年度大会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2009-06-01
  • [図書] Ubiquitous bacteriophage hosts in rice paddy soilIn Guenther Witzany(ed.) Biocommunication of Soil Microorganisms.2010

    • 著者名/発表者名
      Makoto Kimura, Guanghua Wang, Natsuko Nakayama, and Susumu Asakawa
    • 総ページ数
      189-213
    • 出版者
      Springer Science+ Business Media. New York
  • [図書] Succession and phylogenetic composition of microbial communities responsible for the composting process of rice straw. In Joseph C. Pereira, and John L. Bolin(eds.), Composting : Processes, Materials and Approaches2009

    • 著者名/発表者名
      Vita Ratri Cahyani, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • 総ページ数
      69-112
    • 出版者
      Nova Science Publishers, Inc., New York, USA

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公開日: 2013-07-31  

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