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研究の目的である小型肺腺癌における悪性化シークエンスの分子的機序を解析すべく、研究実施計画において挙げた1)小型肺腺癌GGO/Solid混在病変の収集2)GGO/Solid混在病変における網羅的な遺伝子発現・遺伝子増幅比較3)候補遺伝子の機能解析の中で、平成21年度は1)と2)の段階を施行した。最初に術前の薄切CT所見に基づき、GGO/Solid混在病変を有する小型肺腺癌手術症例の選定を行った。手術後に病理組織診断にて進行癌成分とBAC成分を含む、本研究において適切な病変であることを確認した上で、あらかじめ手術時に採取しておいたGGO/Solid混合病変を用いて凍結標本の作製を行った。次にBAC成分と進行癌成分、すなわち浸潤部と非浸潤部における腫瘍細胞のみを厳密にレーザー・マイクロダイセクション法により選択的に採取した。それぞれの採取した検体においてtotal RNAおよびゲノムDNAを抽出した。抽出したRNAおよびゲノムDNAのクオリティチェックを行い、必要に応じて微量のmRNA及びゲノムDNAを最新の分子生物学的手法により増幅した。抽出したRNAもしくは増幅したRNAをDNAマイクロアレイおよび次世代シークエンサーに供することで浸潤部と非浸潤部との遺伝子発現の違いを網羅的に比較した。両群間で有意な差が認められるとして列挙された候補遺伝子について、既知の事象との比較、RT-PCR等の方法よるその他の症例における再現性の有無を検討中である。また、これまでの結果より、RNAのクオリティについては更なる改善が必要と考えられ、標本固定法、染色法などの抽出方法について検討を進行中である。
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