高速計算可能な木構造の類似度の設計とさまざまな離散構造への拡張

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21500145
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 知能情報学
• 研究機関: 九州工業大学
• 研究代表者: 平田 耕一 九州工業大学, 大学院・情報工学研究院, 准教授 (20274558)
• 研究分担者: 久保山 哲二 学習院大学, 計算機センター, 准教授 (80302660)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• キーワード: 木構造の類似度 / 木の編集距離 / 順序木 / 無順序木 / 局所頻度距離 / 二分木符号 / 木カーネル

研究概要

本研究では,まず,木編集距離の新たな階層を導入すると共に,無順序木編集距離計算のMAXSNP困難性,および,多項式時間計算可能な変種の計算量を改良した.また,順序木編集距離の定数下限を与える線形時間計算可能な局所頻度距離,および,定数下限と上限を与える二乗時間計算可能な二分木符号の文字列編集距離を導入した.さらに,これらに基づく木カーネルを設計した.

研究成果

• [雑誌論文] An A* Algorithm for Computing Edit Distance between Rooted Labeled Unordered Trees (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Higuchi, T. Kan, Y. Yamamoto, K. Hirata
  • 雑誌名: New Frontiers in Artificial Intelligence, Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: (to appear)
  • 査読あり
• [雑誌論文] On Computing Tractable Variations of Unordered Tree Edit Distance with Network Algorithms (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Yamamoto, K. Hirata, T. Kuboyama
  • 雑誌名: New Frontiers in Artificial Intelligence, Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: (to appear)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting Research Communities from Bibliographic Data (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Nakamura, T. Horiike, T. Kuboyama, H. Sakamoto
  • 雑誌名: KES Journal 巻: 16 ページ: 25-34
  • 査読あり
• [雑誌論文] 部分パスに基づいた木カーネル (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村大翼, 久保山哲二, 渋谷哲朗, 鹿島久嗣
  • 雑誌名: 人工知能学会論文誌 巻: 26 ページ: 473-482
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improved MAX SNP-Hard Results for Finding an Edit Distances between Unordered Trees, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Hirata, Y. Yamamoto, T. Kuboyama
  • 雑誌名: 22^<nd> Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching(CPM2011), Lecture Notes in Computer Science 巻: 6661 ページ: 402-415
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Bottom-Up Edit Distance between Rooted Labeled Trees, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Yamamoto, K. Hirata, T. Kuboyama
  • 雑誌名: 7^<th> Workshop on Learning with Logics and Logics for Learning(LLLL2011) ページ: 26-33
  • 査読あり
• [雑誌論文] On Learning Dyck-Typed Regular Translation Elementary Formal Systems with Tag Operations between XML Documents, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: N. Sugimoto, K. Hirata
  • 雑誌名: 7^<th> Workshop on Learning with Logics and Logics for Learning(LLLL2011) ページ: 4-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Broom Distance between Rooted Labeled Trees, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Kuboyama, K. Hirata
  • 雑誌名: 7^<th> Workshop on Learning with Logics and Logics for Learning(LLLL2011) ページ: 34-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discovering Global Propagation for Influenza A Viruses Based on Robinson-Foulds Distance between Phylogenetic Trees, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Sata, K. Hirata, K. Ito, T. Kuboyama
  • 雑誌名: Annual International Conference on BioInformatics and Computational Biology(BICB2011) ページ: B12-B17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Predicting Mutations of Influenza Virus HA Genes Using Dimentionality Reduction of Hamming Distance Space, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Kuboyama, K. Ito, K. Hirata, H. Sakamoto
  • 雑誌名: Annual International Conference on BioInformatics and Computational Biology(BICB2011) ページ: B43
  • 査読あり
• [雑誌論文] Scalable Detection of Frequent Substrings by Grammar-Based Compression, Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Nakahara, S. Maruyama, T. Kuboyama, H. Sakamoto
  • 雑誌名: 14^<th> International Conference on Discovery Science(DS2011), Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 6926 ページ: 236-246
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mapping Kernels for Trees. Proc (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Shin, M. Cuturi, T. Kuboyama
  • 雑誌名: 28^<th> International Conference on Machine Learning(ICML 2011) ページ: 961-968
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximating Tree Edit Distance through String Edit Distance for Binary Tree Code (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Aratsu, K. Hirata, T. Kuboyam
  • 雑誌名: Fundamenta Informaticae 巻: 101 ページ: 1-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Generalization of Haussler' s Convolution Kernel-Mapping Kernel and Its Application to Tree Kernels (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Shin, T. Kuboyama
  • 雑誌名: J. Comput. Sci. Technol 巻: 25 ページ: 1040-1054
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining Frequent k-Partite Episodes from Event Sequences, New Frontiers in Artificial Intelligence (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, H. Arimura, K. Hirata
  • 雑誌名: Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 6284 ページ: 331-344
  • 査読あり
• [雑誌論文] Temporal Interrelations of Bacteria Based on the Occurrence Time, Proc (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Hirata, K. Motoyama, S. Yokoyama, K. Matsuoka
  • 雑誌名: 2010 ICME International Conference on Complex Medical Engineering(CME2010) ページ: 188-192
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aligned Bipartite Episodes between the Genera of Bacteria, Proc (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, K. Hirata, H. Arimura, S. Yokoyama, K. Matsuoka
  • 雑誌名: 2010 ICME International Conference on Complex Medical Engineering(CME2010) ページ: 193-197
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Efficient Depth-First Search Algorithm for Extracting Frequent Diamond Episodes from Event Sequences (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, H. Arimura, K. Hirata
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Databases 巻: 2 ページ: 143-151
  • 査読あり
• [雑誌論文] Polynomial Summaries of Positive Semidefinite Kernels (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Shin, T. Kuboyama
  • 雑誌名: Theor. Comput. Sci 巻: 410 ページ: 1847-1862
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining Frequent Bipartite Episodes from Event Sequences, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, H. Arimura, K. Hirata
  • 雑誌名: 12th International Conference on Discovery Science(DS2009), Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5808 ページ: 136-151
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discovering Networks for Global Propagation of Influenza A(H3N2) Viruses by Clustering, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Sata, K. Hirata, K. Ito, T. Kuboyama
  • 雑誌名: 13^<th> International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Management Systems(KES2009), Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5712 ページ: 490-497
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting Research Communities by Improved Maximum Flow Algorithm. Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Horiike, Y. Takahashi, T. Kuboyama, H. Sakamoto
  • 雑誌名: 13^<th> International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Management Systems(KES2009), Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5712 ページ: 472-479
  • 査読あり
• [雑誌論文] Local Frequency Distances for Rooted Ordered Trees, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Aratsu, K. Hirata, T. Kuboyama
  • 雑誌名: 6th Workshop on Learning with logics and Logics for Learning(LLLL2009) ページ: 11-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mining Frequent k-Partite Episodes from Event Sequences, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, H. Arimura, K. Hirata
  • 雑誌名: 6th Workshop on Learning with logics and Logics for Learning(LLLL2009) ページ: 43-50
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Polynomial-Delay Polynomial-Space Algorithm for Extracting Frequent Diamond Episodes from Event Sequences, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, H. Arimura, K. Hirata
  • 雑誌名: 13^<th> Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining(PAKDD2009), Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5476 ページ: 172-183
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Tree Distance Function Based on Multi-sets, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: A. J. Muller Molina, K. Hirata, T. Shinohara
  • 雑誌名: JSAI PAKDD 2008 Post-Workshop Proceedings, Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5433 ページ: 87-98
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sibling Distance for Rooted Labeled Trees, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Aratsu, K. Hirata, T. Kuboyama
  • 雑誌名: JSAI PAKDD 2008 Post-Workshop Proceedings, Lecture Notes in Artificial Intelligence 巻: 5433 ページ: 99-110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Extracting Sequential Episodes Representing Replacements of Bacteria from Bacterial Culture Data, Proc (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Katoh, K. Hirata, H. Arimura, S. Yokoyama, K. Matsuoka
  • 雑誌名: 2009 IEEE/ ICME International Conference on Complex Medical Engineering(CME2009) ページ: 4
  • 査読あり
• [学会発表] 木の断片距離:木の編集距離の新たな階層 (2012)
  • 著者名/発表者名: 菅智宏, 平田耕一
  • 学会等名: 火の国情報シンポジウム2012
  • 発表場所: 九州工業大学(飯塚市)
  • 年月日: 20120315-16
• [学会発表] 薬剤感受性検査データからの出現間隔付き菌交代規則の抽出 (2012)
  • 著者名/発表者名: 余村有佳, 平田耕一
  • 学会等名: 第85回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 下呂交流会館(下呂市)
  • 年月日: 20120202-03
• [学会発表] 無順序木に対する孤立部分木包含問題 (2012)
  • 著者名/発表者名: 外園貴洋, 山本恭之, 菅智宏, 平田耕一
  • 学会等名: 第85回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 下呂交流会館(下呂市)
  • 年月日: 20120202-03
• [学会発表] 大規模ネットワークデータ分析のためのデータ圧縮ツール (2012)
  • 著者名/発表者名: 松本美玲, 山抱由依, 中原昌哉, 久保山哲二, 坂本比呂志
  • 学会等名: 第85回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 下呂交流会館(下呂市)
  • 年月日: 20120202-03
• [学会発表] インフルエンザウイルスにおけるパッケージングシグナルの進化系統解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧野俊亮, 平田耕一
  • 学会等名: 第84回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 慶応義塾大学(横浜市)
  • 年月日: 20111215-16
• [学会発表] 薬剤感受性検査データからの共変薬剤耐性の抽出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 李候偉, 平田耕一
  • 学会等名: 第84回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 慶応義塾大学(横浜市)
  • 年月日: 20111215-16
• [学会発表] 木の高差兄弟文字列距離と編集距離の関係について (2011)
  • 著者名/発表者名: 菅智宏, 平田耕一
  • 学会等名: 第84回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 慶応義塾大学(横浜市)
  • 年月日: 20111215-16
• [学会発表] A*アルゴリズムによるラベル付き無順序木の編集距離の計算 (2011)
  • 著者名/発表者名: 樋口鐘一, 菅智宏, 山本恭之, 平田耕一
  • 学会等名: 第82回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 釧路工業高等専門学校(釧路市)
  • 年月日: 20110804-05
• [学会発表] ネットワークアルゴリズムの違いによる無順序編集距離の変種の計算 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山本恭之, 平田耕一, 久保山哲二
  • 学会等名: 第82回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 釧路工業高等専門学校(釧路市)
  • 年月日: 20110804-05
• [学会発表] 根付き無順序木の編集距離とその変種の比較 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山本恭之, 有福洋史, 平田耕一
  • 学会等名: 火の国情報シンポジウム2011
  • 発表場所: 福岡大学(福岡市)
  • 年月日: 20110308-09
• [学会発表] インフルエンザウイルスの塩基配列からの正規圧縮距離に基づく系統樹推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 牧野俊亮, 佐田和也, 平田耕一
  • 学会等名: 火の国情報シンポジウム2011
  • 発表場所: 福岡大学(福岡市)
  • 年月日: 20110308-09
• [学会発表] 薬剤感受性検査データにおける薬剤耐性変化の時系列解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 李宏偉, 平田耕一
  • 学会等名: 火の国情報シンポジウム2011
  • 発表場所: 福岡大学(福岡市)
  • 年月日: 20110308-09
• [学会発表] 進化系統樹のRobinson-Flouds距離を用いたインフルエンザウイルスの地位間遷移解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐田和也, 平田耕一, 伊藤公人, 久保山哲二
  • 学会等名: 第81回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 山梨大学(甲府市)
  • 年月日: 20110131-0201
• [学会発表] インフルエンザウイルスのRNA分節に生じる共変異の抽出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 櫨本竜也, 平田耕一, 伊藤公人
  • 学会等名: 第81回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 山梨大学(甲府市)
  • 年月日: 20110131-0201
• [学会発表] 論文データからの関連情報抽出 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村優士, 堀池寿彦, 久保山哲二, 坂本比呂志
  • 学会等名: 第81回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 山梨大学(甲府市)
  • 年月日: 20110131-0201
• [学会発表] 自由度1及び2の分割自由カーネル (2010)
  • 著者名/発表者名: 申吉浩, 久保山哲二
  • 学会等名: 第79回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 20100924-25
• [学会発表] 細菌検査データからの頻出二部エピソードの抽出 (2010)
  • 著者名/発表者名: 河東孝, 有村博紀, 平田耕一
  • 学会等名: 第79回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌市)
  • 年月日: 20100924-25
• [学会発表] アミノ酸の高次元符号化によるインフルエンザウイルスの抗原変異予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 久保山哲二, 申吉浩, 伊藤公人, 平田耕一
  • 学会等名: 第78回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(神戸市)
  • 年月日: 20100731-0801
• [学会発表] ラベル付き根付き順序木のボトムアップ距離 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山本恭之, 平田耕一, 林田崇佑, 久保山哲二
  • 学会等名: 第78回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(神戸市)
  • 年月日: 20100731-0801
• [学会発表] 進化系統樹を用いたH3N2亜型インフルエンザウイルスの地域間遷移解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐田和也, 瀧口伸弥, 本田晃悠, 平田耕一
  • 学会等名: 第77回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 20100317-18
• [学会発表] ハミング距離空間の次元削減によるインフルエンザウイルス遺伝子変異の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 久保山哲二, 伊藤公人
  • 学会等名: 第77回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 20100317-18
• [学会発表] 時刻と時間幅に基づく菌交代規則の抽出 (2010)
  • 著者名/発表者名: 本山健一郎, 平田耕一
  • 学会等名: 第76回学会基本問題研究会
  • 発表場所: 崇城大学(熊本)
  • 年月日: 20100127-28
• [学会発表] 極小出現を用いた頻出多部エピソードの効率のよい発見アルゴリズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 河東孝, 有村博紀, 平田耕一
  • 学会等名: 第76回学会基本問題研究会
  • 発表場所: 崇城大学(熊本)
  • 年月日: 20100127-28
• [学会発表] 局所ラベル木の文字列表現と編集距離 (2010)
  • 著者名/発表者名: 林田崇佑, 柴田智博, 平田耕一
  • 学会等名: 第76回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 崇城大学(熊本)
  • 年月日: 20100127-28
• [学会発表] 無順序木編集距離のMAX SNP困難性について (2010)
  • 著者名/発表者名: 平田耕一, 山本恭之, 久保山哲二
  • 学会等名: 第80回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: CIC・キャンパスイノベーションセンター(東京都)
  • 年月日: 2010-11-17
• [学会発表] 超グラフの非巡回度と非巡回部分超グラフの発見問題 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大梧諦真, 平田耕一
  • 学会等名: 第74回人工知能学会基本問題研究会
  • 発表場所: 広島市立大学(広島)
  • 年月日: 20090914-15
• [図書] The Sixth Workshop on Learning with Logics and Logics for Learning(LLLL2009), JSAI-isAI Workshops 2009, New Frontiers in Artificial Intelligence, Lecture Notes in Computer Science 6284 (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Yamamoto, K. Hirata, S. Minato
  • 総ページ数: 315-316
• [備考] 論文リスト
  • URL: http://www.dumbo.ai.kyutech.ac.jp/hirata/papers/papers.html