コンピュータを用いたディスオーダー蛋白質の構造情報の網羅的解析

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21500289
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 中村 周吾 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (90272442)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• キーワード: コンピュータシミュレーション / ディスオーダー蛋白質

研究概要

アミノ酸配列を入力とした立体構造予測法および分子動力学シミュレーションによる構造サンプリングを多数のディスオーダー領域・ディスオーダータンパク質に適用した結果、これらのアミノ酸配列は局所的には球状タンパク質のループ部とほぼ同じ程度に立体構造とりやすさの情報を内在していること、いくつかのディスオーダータンパク質については複合体形成時の相手となるタンパク質の情報がなくても、全体構造を予測できることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Morita, M. Kakuta, K. Shimizu, S. Nakamura
  • 雑誌名: J. Proteome Sci. Comput. Biol. 巻: 1
  • URL: http://www.hoajonline.com/jpscb/1/1/1
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein-protein docking using multi-layered spherical basis functions (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Sumikoshi, T. Terada, S. Nakamura, K. Shimizu
  • 雑誌名: Int. Proc. Chem., Biol. Environ. Eng. 巻: 5 ページ: 342-347
  • URL: http://www.ipcbee.com/vol5/76-X10027.pdf
  • 査読あり
• [雑誌論文] BUDDY-system : A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Morita, T. Terada, S. Nakamura, K. Shimizu
  • 雑誌名: BMC Res. Notes 巻: 4 ページ: 143
  • DOI: DOI:10.1186/1756-0500-4-143
• [雑誌論文] Prediction of N-myristoylation modification of proteins by SVM (2011)
  • 著者名/発表者名: W. Cao, K. Sumikoshi, S. Nakamura, T. Terada, K. Shimizu
  • 雑誌名: Bioinformation 巻: 6(5) ページ: 204-206
  • URL: http://www.bioinformation.net/006/97320630006204.pdf
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Someya, M. Kakuta, M. Morita, K. Sumikoshi, W. Cao, Z. Ge, O. Hirose, S. Nakamura, T. Terada, K. Shimizu
  • 雑誌名: Adv. Bioinform.
  • DOI: DOI:10.1155/2010/289301
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Nakamura, K. Shimizu
  • 雑誌名: Genome Inform. 巻: 23(1) ページ: 106-116
  • URL: http://giw.hgc.jp/giw2009/pdf/33-Nakamura.pdf
  • 査読あり
• [学会発表] アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: 日本生化学会大会
  • 発表場所: 国立京都国際会館
  • 年月日: 2011-09-23
• [学会発表] 蛋白質のホモマー構造予測 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: 計算タンパク質科学研究会
  • 発表場所: 伊良湖
  • 年月日: 2011-08-30
• [学会発表] Bilab in CASP9-モノマーおよび複合体構造予測- (2011)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: IPAB公開セミナーCASP9特集
  • 発表場所: 東京工業大学
  • 年月日: 2011-02-24
• [学会発表] 蛋白質モデル構造の品質評価について (2010)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: 計算タンパク質科学研究会
  • 発表場所: 城崎大会議館
  • 年月日: 2010-09-04
• [学会発表] Development of protein local structure prediction method based on combination of multiple support vector machines (2009)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: 生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] タンパク質の局所配列構造相関について (2009)
  • 著者名/発表者名: 中村周吾
  • 学会等名: 計算タンパク質科学研究会
  • 発表場所: 聴泉閣かめや
  • 年月日: 2009-09-03