線虫の初期発生段階における遺伝子調節ネットワークの予測とシミュレーション

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21510214
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 真栄城 哲也 筑波大学, 図書館情報メディア系, 准教授 (30361356)
• 研究分担者: 伊藤 將弘 立命館大学, 生命科学部, 准教授 (50388112)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• キーワード: 線虫 / シミュレーション / マイクロアレイ

研究概要

線虫C. elegansの最初の40分までの初期胚を対象に, ゲノムワイドな遺伝子発現の時系列データを10分間隔でDNAマイクロアレイを用いて計測した.そのデータを用いて, 超高速シミュレータStarpackを基盤とする予測システムによって, 初期胚における遺伝子調節ネットワークを予測した.

研究成果

• [学会発表] 関係性に基づく表現と知識 (2012)
  • 著者名/発表者名: 真栄城哲也
  • 学会等名: SICE関係論的システム科学調査研究会
  • 発表場所: 滋賀
  • 年月日: 20120518-19
• [学会発表] Dynamic Network Analysisand Properties of Gene RegulatoryNetworks (2011)
  • 著者名/発表者名: 真栄城哲也
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] Analysis of temporal expressiondata of C. elegans early embryo (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama, K. Monobe, M. Ito
  • 学会等名: 18th International C. elegans Meeting, CDROM
  • 発表場所: Los Angeles, USA
  • 年月日: 20110622-26
• [学会発表] Estimation of gene regulatory networks of C. elegans earlyembryo (2011)
  • 著者名/発表者名: A. Okano, K. Monobe, S. Nakayama, M. Ito, T. Maeshiro
  • 学会等名: 18th International C. elegans Meeting, CDROM
  • 発表場所: Los Angeles, USA
  • 年月日: 20110622-26
• [学会発表] 線虫の初期胚発生に関連する遺伝子ネットワークの推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡野文香, 中山伸一, 伊藤將弘, 真栄城哲也
  • 学会等名: 情報処理学会第73回全国大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス
  • 年月日: 20110302-04
• [学会発表] Prediction of partial gene regulatory network of C. elegans earlyembryo (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡野文香, 中山伸一, 伊藤將弘, 真栄城哲也
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 20101207-10
• [学会発表] Cronus Two : Computer System for C. elegans GeneRegulatory Networks Research (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama
  • 学会等名: Proceedings of the 11th International Conference on Systems Biology
  • 発表場所: Edingburgh, UK
  • 年月日: 20101010-15
• [学会発表] Harmonic Pulse Analysis to detect biologically plausible gene regulatory networks (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama
  • 学会等名: SICE Annual Conference 2010
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 20100818-21
• [学会発表] Description of Worm Genes for HighSpeed Gene Regulatory Network Simulator (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama
  • 学会等名: 日本分子生物学会第32回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20091209-12
• [学会発表] Network Representation Model of Gene Regulatory Network with Multiple Viewpoints (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama
  • 学会等名: 日本分子生物学会第32回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20091209-12
• [学会発表] Fitness function for evolutionary system to predict unknown gene regulatory networks (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, K. Shimohara, S. Nakayama
  • 学会等名: ICROS-SICE International Joint Conference 2009
  • 発表場所: Fukuoka, Japan
  • 年月日: 20090818-21
• [学会発表] Information and structuralproperties of C. elegans generegulatory networks (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Maeshiro, S. Nakayama, M. Ito
  • 学会等名: 17th International C. elegans Meeting, CDROM
  • 発表場所: UCLA USA
  • 年月日: 20090624-28