非コード領域の保存配列モチーフの同定とそこに見られる多型の解析

2011 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21510215
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: ゲノム情報科学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 須山 幹太 京都大学, 医学研究科, 准教授 (70452365)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• キーワード: ゲノム / バイオインフォマティクス / 多型解析

研究概要

ゲノムアライメントを用い、生物種間で保存されている非コード領域の配列モチーフの同定を行った。モチーフとしてはスプライシング制御に関連したシス因子配列を主な対象とした。その結果、複数のモチーフが共存し、それらの組み合わせを介した高度な制御様式が存在することを明らかにした。転写因子結合部位モチーフへの拡張や多型との関連については今後の課題として、本研究遂行中に整備した研究環境およびプログラム群を用いて、引き続き研究していく。

研究成果

• [雑誌論文] A polymorphism of the POLG2 gene is genetically associated with the invasiveness of urinary bladder cancer in Japanese males (2011)
  • 著者名/発表者名: C. Ratanajaraya, H. Nishiyama, M. Takahashi, T. Kawaguchi, R. Saito, Y. Mikami, M. Suyama, M. Lathrop, R. Yamada, O. Ogawa, F. Matsuda.
  • 雑誌名: J. Hum. Genet 巻: 56 ページ: 572-576
  • DOI: DOI:10.1038/jhg.2011.60.
  • 査読あり
• [雑誌論文] A network of conserved co-occurring motifs for the regulation of alternative splicing (2010)
  • 著者名/発表者名: Suyama M, Harrington ED, Vinokourova S, von Knebel Doeberitz M, Ohara O, Bork P.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 38 ページ: 7916-7926
  • DOI: DOI:10.1093/nar/gkq705.
  • 査読あり
• [学会発表] RNA-Seq解析による胎仔型および成獣型ライディッヒ細胞特異的発現マーカー遺伝子の検索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宮林香奈子, 嶋雄一, 馬場崇, 大竹博之, 佐藤哲也, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] ChIP-Seq法によるAd4BP/SF-1の標的遺伝子の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 馬場崇, 大竹博之, 宮林香奈子, 嶋雄一, 佐藤哲也, 木村宏, 大川恭行, 須山幹太, 諸橋憲一郎
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-16
• [学会発表] ChIP-Seqデータを用いた核内受容体共役因子の探索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤哲也, 須山幹太
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 20111213-16