2011 年度研究成果報告書

超ハイスループットシークエンスデータ解析を目指した高速配列解析環境の構築

研究課題

研究課題/領域番号	21510217
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	補助金
応募区分	一般
研究分野	ゲノム情報科学
研究機関	独立行政法人農業生物資源研究所
研究代表者	末次克行独立行政法人農業生物資源研究所, 昆虫ゲノム研究ユニット, 主任研究員 (80533471)
研究分担者	舟橋啓慶應義塾大学, 理工学部・生命情報学科, 准教授 (70324548)
研究期間 (年度)	2009 – 2011
キーワード	情報工学 / 配列解析 / 並列処理 / ゲノム / GPGPU
研究概要	本課題では、膨大な配列データの効率的な処理を目的とし、GPUを科学技術計算に用いるGeneral Purpose computation on Graphic Processing Unit(GPGPU)を使ったソフトウェア開発を行った。解析の計算量およびデータサイズから最適だと思われる実装を施すことで高いパフォーマンスを得ることが出来た。いくつかの配列解析アルゴリズムを実装した結果、SSEやマルチコアCPUを使った実装と比較して2桁以上の高速化を達成した。