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2009 年度 実績報告書

センス鎖遺伝子と共発現するストレス応答性の非翻訳型アンチセンスRNAの解析

研究課題

研究課題/領域番号 21570056
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

関 原明  独立行政法人理化学研究所, 植物ゲノム発現研究チーム, チームリーダー (80281624)

キーワード環境ストレス応答 / アンチセンスRNA / RNA制御 / タイリングアレイ解析 / 非翻訳性RNA
研究概要

共発現するストレス応答性の非翻訳性アンチセンスRNAの生成メカニズムおよび機能の解析に関して本年度の成果は下記の通りである。
1.シロイヌナズナに6つあるRNA-dependent RNA polymeraseをターゲットしたRNAiラインを作成した。その中には各RDR遺伝子の発現が幾らか抑制されたものも存在していた。RDR遺伝子の発現がより抑制されたラインの選抜を進めており、その後その抑制されたラインを用いてRD29A遺伝子のアンチセンスRNAの蓄積を調べる予定である。
2.以前発見したアンチセンスRNAの蓄積に関わると考えられる遺伝子1とHAタグの融合遺伝子を遺伝子1の欠損変異体へ導入した。今後、このラインを用いて遺伝子1がタンパク質として機能する事の確認を進めるとともに遺伝子1と相互作用する因子の探索を進める予定である。
3.RNA分解に関わると考えられる遺伝子5個由来のホモ変異型ラインを新たに10ライン作製した。
4.RDR2およびDCL3遺伝子の欠損変異体では、RD29A遺伝子のアンチセンスRNAの蓄積に顕著な違いはなかった。この結果から、この機構にクロマチン経路のsiRNAは関与しないことが示唆された。
5.人工(artificial)miRNAの技術を用いて、RD29A遺伝子のアンチセンスRNAを抑制させたトランスジェニック植物系統の作製を進めている。
6.シロイヌナズナタイリングアレイを用いて種々の条件下で遺伝子発現プロファイル解析を行った。その結果、アンチセンスRNAとセンスRNAは、環境ストレス応答に関しては共発現する傾向が観察されたのに対して、植物組織(特に乾燥種子や吸水種子)においては共発現の現象はあまり観察されなかった。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] 'Omics' analyses of regulatory networks in plant abiotic stress responses2010

    • 著者名/発表者名
      Urano, K.
    • 雑誌名

      Current Opin.Plant Biol. (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional genomics using RIKEN Arabidopsis thaliana Full-Length(RAFL)cDNAs2009

    • 著者名/発表者名
      Seki, M.
    • 雑誌名

      J.Plant Res. 122

      ページ: 355-366

    • 査読あり
  • [学会発表] Tiling array analysis under drought, cold, high-salinity and ABA treatment revealed the existence of sense-antisense transcripts of possible regulatory roles in Arabidopsis2010

    • 著者名/発表者名
      Matsui, A.
    • 学会等名
      Keystone Symposia, RNA Silencing Mechanisms in Plants
    • 発表場所
      サンタフェ(米国)
    • 年月日
      2010-02-22
  • [学会発表] A computational elucidation of the transcriptional dynamics in Arabidopsis thaliana from comprehensive use of tiling array experiments2009

    • 著者名/発表者名
      川口修治
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜市
    • 年月日
      2009-12-09
  • [学会発表] Novel RNA- and chromatin remodeling- mediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress responses2009

    • 著者名/発表者名
      Matsui, A.
    • 学会等名
      9th IPMB Congress
    • 発表場所
      セントルイス(米国)
    • 年月日
      2009-10-26
  • [学会発表] Novel RNA- and chromatin remodeling- mediated regulatory mechanisms in plant abiotic stress responses2009

    • 著者名/発表者名
      Matsui, A.
    • 学会等名
      20th International Conference on Arabidopsis Research
    • 発表場所
      エジンバラ(英国)
    • 年月日
      2009-07-03
  • [学会発表] ARTADE2.0 : a mathematical integration of tiling array, CAGE and sequeince data to elucidate the transcriptional systems dynamics of Arabidonsis thaliana2009

    • 著者名/発表者名
      川口修治
    • 学会等名
      20th International Conference on Arabidonsis Research
    • 発表場所
      エジンバラ(英国)
    • 年月日
      2009-07-01
  • [図書] Methods in Molecular Biology-Plant Stress Tolerance2010

    • 著者名/発表者名
      Matsui, A.
    • 出版者
      Humana Press Inc.(in press)

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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