• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2010 年度 実績報告書

自然免疫蛋白質の機能アノテーション

研究課題

研究課題/領域番号 21570169
研究機関大阪大学

研究代表者

DARON Standley  大阪大学, 免疫学フロティア研究センター, 特任准教授 (00448028)

キーワード多重配列アライメント / スレッディング / 構造モデリング / タンパク質の構造予測 / タンパク質の機能予測 / ウェブサーバ / 位置特異的スコアリングマトリクス / ホモロジー
研究概要

機能予測ツールの改善を継続している。機能予測ツールとして、多重構造・配列アラインメント(MAFFTash)、多重配列スレッディング(MSThread)、フラグメント構造モデリング(Spanner)、機能マッピング用の配列加重構造アライメント(SeSAW)に使用するアルゴリズムがある。現在、ウェブ(http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/pipelineDemo/)で利用可能なパイプラインにこれらのツールをまとめている。パイプラインはまだプロトタイプ段階であるが、ユーザーはアミノ酸配列を入力し、3D構造モデルを得ることができる。そしてモデルをSeSAW機能マッピングサーバーにエクスポートできる。このサーバーによって、機能的又は進化的に関連するタンパク質だけではなく、重要な残基を同定することが可能になる。そして実験者はこの情報を利用できる。例えば、予測された生化学的機能を検証しうる突然変異体をデザインすることが可能になるであろう。
上記のツールの開発に加え、当研究室での予測を検証するために、数人の実験生物学者と活発に共同研究を行っている。現在までに、免疫調節因子Zc3h12aのRNase機能の予測(Matsushita, et al., Nature 2009, 458 : 1185-1190)、キナーゼROP16の二重特異性の正確な予測(Yamamoto, et al., J Exp Med 2009, 206 : 2747-2760)、デメチラーゼJmjd3に関する構造的ドメインの予測(Satoh, et al., Nature Imunology 2010, 11, 936-944)に成功している。発表済みのこれらの研究に加え、6本の原稿が審査段階にある。また。進行中の共同研究を多数抱えており、予測を実験的に検証している。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2010 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The DBCLS BioHackathon : standardization and interoperability for bioinformatics web services and workflows2010

    • 著者名/発表者名
      Katayama T, Standley D
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Semantics

      巻: 21 ページ: 8-27

    • 査読あり
  • [雑誌論文] SeSAW : balancing sequence and structural information in protein functional mapping2010

    • 著者名/発表者名
      Standley DM
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 26 ページ: 1258-1259

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsically disordered domains deviate significantly from random sequences in mammalian proteins2010

    • 著者名/発表者名
      Teraguchi S, Standley D
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics

      巻: 11 ページ: 2-12

    • 査読あり
  • [学会発表] Restrained docking of protein molecular surfaces2010

    • 著者名/発表者名
      Daron M.Standley
    • 学会等名
      Department of Chemistry Colloquium
    • 発表場所
      Columbia Univ.
    • 年月日
      2010-11-08
  • [備考]

    • URL

      http://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/laboratory/systemsimmunology/index.php

URL: 

公開日: 2012-07-19  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi