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近年、昆虫を含む多くの生物でゲノム解析が盛んに行われているが、ほとんどの場合、性染色体の解析は避けて通られているのが実情である。それは繰り返し配列が多く、解析そのものが困難だからである。本研究の目的は、カイコW染色体のDNA塩基配列情報から、後から侵入し蓄積された数多くの動く遺伝子を取り除くことによって姿を現してくる「太古のW染色体」をDNA塩基配列レベルで明らかにすることである。前年度までに日本に保存されているカイコのW染色体は基本的にどれも同じであることが明らかとなっていた。このことからカイコだけでの比較はできないことが判明していたので、本年度はまず、日本のいくつかの地域より「雌」のクワコを採集し、カイコの雄と交配を続けることによりW染色体置換系統を新たに作製した。またカイコのW染色体中の雌決定遺伝子存在領域を、フォスミドライブラリーを使用して解析した。これまでに得られているBACクローンのデータを起点に、まだ解析が行われていない領域のフォスミドクローンをライブラリー中から選び出し、そのDNA塩基配列を解析した。その結果、これまでの転移因子の分類基準に適合しない新たな転移因子がいくつか同定された。これらの配列は以前まで意味不明のジャンクと考えられていたが、転移因子と同定されたことにより、W染色体構成の歴史、さらに詳細に明らかとなった。すなわちW染色体は多くの転移因子が複雑に入り込む「入れ子状態」で構成されているが、その太古の入れ子状態にさらに近づくことができた。
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