パラフィン包埋切片を用いた遺伝子多重増幅と蛍光ビーズによる変異解析技術の開発

2009 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 21590411
• 研究機関: 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都
• 研究代表者: 細矢 博子 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都, 研究助手 (00158841)
• 研究分担者: 田中 雅嗣 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究部長 (60155166) ; 西垣 裕 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究副部長 (80296988) ; 福 典之 地方独立行政法人東京都健康長寿医療センター(東京都健康長寿医療センター研究所), 研究員 (40392526)
• キーワード: ミトコンドリアDNA / 変異 / パラフィン / 剖検例 / Luminex / 網羅的解析

研究概要

我が国では、各地の大学医学部および病院などの医療施設において、膨大な数の病理試料がホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)ブロックとして保存されている。これらの組織は、過去の臨床症状・生化学検査データとの照合が可能であるので、遺伝子変異あるいは遺伝子多型と表現型の関連を追及するために、極めて貴重な試料である。しかし、この剖検FFPE検体から抽出されたDNA(FFPE-DNA)は、短く断片化され、通常のPCRでは増幅不良になるために、多くの場合は遺伝子解析が不可能である。本研究の目的は、剖検FFPE検体からDNAを抽出し、遺伝子解析する方法を確立することである。そこで本年度は、マルチプレックスPCRと懸濁DNAアレイ法を利用した剖検FFPE-DNAのmtSNP検出法の確立を試みた。各々のFFPE切り出し検体から、約2-・gのゲノムDNAが抽出可能であった。その後、抽出したFFPE-DNAは、以下の方法により解析した。最初にビオチン化したプライマーを用いたマルチプレックスPCRと懸濁アレイ法を組み合わせたミトコンドリア・ハプログループ分類評価法は、以前にミトコンドリア・ハプログループが明らかにされた血液DNA検体でテストした。そして、それぞれのミトコンドリア・ハプログループを規定するmtSNPを検出することが可能であった。

研究成果

• [雑誌論文] Extensive and Rapid Screening for Major Mitochondrial DNA Point Mutations in Patients with Hereditary Hearing Loss (2010)
  • 著者名/発表者名: Kato T, Nishigaki Y, Noguchi Y, Ueno H, Hosoya H, Ito T, Kimura Y, Kitamura K, Tanaka M
  • 雑誌名: J Hum Genet 55 ページ: 147-154
  • 査読あり
• [学会発表] The establishment of an expanded simultaneous swift diagnosing system for mitochondrial DNA pathological mutations (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishigaki Y, Hosoya H, Fuku N, DiMauro S, Hirano M, Tanaka M
  • 学会等名: 61st Annual Meeting of the American Academy of Neurology
  • 発表場所: Seattle, U.S.A.
  • 年月日: 20090425-20090502
• [備考]
  • URL: http://www.tmig.or.jp/J_TMIG/j_research/DA21.html