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第一世代のCNV57Kアレイを用いてMSAに特異的なCNV変化を検討した。対照は非血縁のMSA患者33例、非神経疾患成人100例である。うち1組は一卵性双生児で片方のみMSAを発病しているdiscordant twinである。解析の結果複数の領域でMSAに限定してCNV減少領域を認めた。これらの領域は、染色体の末端側に偏在していた。MSA群と対照群の比較で、Odds比>4でMSA群にコピー数減少を示した領域は17領域あった(Odds比範囲 : 4～264)。これらの候補領域について高密度カスタムアレイを作成して、対照25例、患者33例について解析を行った。また、一卵性双生児例について400KG3 arrayを用いてさらに詳細な解析を進めたところ、3箇所に発症者においてコピー数減少領域を認めた。先の候補領域との重複領域は19p13.3であった。高密度のカスタムアレイの解析結果では、MSA33例中11例にコピー数減少を認めたが、対照25例には減少を認めなかった(33%)。減少領域の重複からSHC2がMSA素因遺伝子候補と考えられた。凍結脳組織のウエスタンプロット解析では5例中3例で発現量の低下を認めた。これらの解析の後、片方のみMSAを発病している新たな一卵性双生児例について400KG3 arrayの解析を行ったが、2組目では双方にCNVを検出できなかった。以上の結果を総合すると、MSAの一部に19p13.3領域にコピー数減少領域が共通していること、その領域には複数神経系に発現している遺伝子があり、その一つにSHC2があること、この領域にコピー数減少を認めない例が70%前後あることに要約される。
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