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造血器悪性腫瘍には急性骨髄性白血病(AML)や骨髄異形成症候群(MDS)、慢性骨髄性白血病(CML)、急性リンパ性白血病(ALL)など様々な白血病類縁疾患が存在し、いずれも造血幹細胞あるいは近傍の幼弱前駆細胞のがん化により生じると考えられている。本研究において我々はBlast BankのAML検体の中から、核型や治療反応性などの臨床情報が整備された99例からなる「標準検体セット」を選び出し、これらに対して網羅的なゲノミクス解析を行い、新たながん遺伝子の同定を目指すと共に、真に治療反応性にリンクする遺伝子の同定を試みることを目的とした。当該年度は、染色体コピー数解析(comparative genomic hybridization : CGH解析)を行い、AML99例の染色体コピー数変化(copynumber alteration : CNA)部位のデータベース構築を行った。アフィメトリクス社GeneChip100KマッピングアレイはSNPジェノタイピングを目的に開発されたオリゴヌクレオチドアレイであるが、このアレイにハイブリダイズしたゲノムDNA量を各アリルのSNPジェノタイプの蛍光強度として測定するため、その総和でコピー数を計算可能である。具体的にはAML標準検体セットよりゲノムDNAを採取し、断片化した後PCRで増幅し、ビオチン標識したDNA断片をマッピングアレイにハイブリダイズした。その結果、平均約25kbpという詳細な解像度を以て、CNAおよびLOHの極めて詳細かつ大規模な染色体構造異常部位を測定した。
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