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2009 年度 実績報告書

タンパク質内電子伝達とプロトンポンプ機構解明のための超高精度電子状態動力学手法

研究課題

研究課題/領域番号 21655007
研究機関九州大学

研究代表者

青木 百合子  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 教授 (10211690)

キーワードタンパク質 / プロトンポンプ / 電子状態 / 量子化学 / 励起状態
研究概要

生体内におけるアロステリック効果など、遠距離相互作用を正確扱うためには、電子相関効果を無視してその機能を論じることはできない。そこで、我々がオリジナルに提唱したユニット毎の領域軌道の特徴を活かし、これに絡み合い系への応用を行った。ポリエチレンモデル系や環状タンパク質やインスリン等の巨大バイオ系に適用し、その有効性を確認した。効率よく電子相関効果をMP2法や局所的なCI法のレベルで局所励起状態や局所電子相関効果を計算できるように開発中で、簡単なペプチド系に対しては成功している。例えばシクロアミロースのように、空間的に相互作用が近づいた場合にその部分のRLMOを解凍して計算に取り込む計算はほぼ可能になっており、これを種々の生体系に適用し、その信頼性や効率性を検証している段階である。次に、これに対して上で述べたRLMO基底で電子相関効果を組み込む手法を導入することにより、TDDFT法による絡み合った系における吸収スペクトルの高精度計算を手掛けている。
一方で、プロトンポンプのメカニズムを解明するために分子動力学法との結合に着手し始めた。非経験的分子軌道により得られた静電ポテンシャルから、より精度のたかい電荷密度を各原子に割り当て、これを分子動力学法プログラムに送り込んで、ダイナミクスを行う手法をプログラムGAMESSに組み込みつつある。電子状態計算から得られた局所的なRLMO基底で定義される力の定数を動力学手法に受け渡し、プロトンポンプのメカニズム解析が可能となるよう開発を始めたところである。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Linear-scaled excited state calculations at Linear Response Time-Dependent Hartree-Fock theory2010

    • 著者名/発表者名
      M.Miura, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Mol.Phys. 108(2)

      ページ: 205-210

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Elongation Method for Linear Scaling2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki, F.L.Gu
    • 雑誌名

      AIP full paper of the ICCMSE 2009 (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generalized Elongation Method : From One-Dimension to Three-Dimension, International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering : Theory and Computation : Old Problems and New Challenge2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki, F.L.Gu
    • 雑誌名

      Proceedings of the ICCMSE 2009 (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Band Structure of Polymer Extracted from Oligomer Calculations by Elongation Method and Its Applications to Nanosystems2010

    • 著者名/発表者名
      A.Pomogaeva, M.Springborg, B.Kirtman, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Proceedings of the ICCMSE 2009 (in press)

      ページ: 30-33

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Efficient algorithm for computing orbital energies within elongation method2010

    • 著者名/発表者名
      O.Loboda, F.L.Gu, A.Pomogaeva, M.Makowski, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Proceedings of the ICCMSE 2009 (in press)

      ページ: 34-37

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Ab initio theory for treating local electron excitations in molecules and its performance for computing optical properties2009

    • 著者名/発表者名
      M.Miura, Y.Aoki
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem. 30(14)

      ページ: 2213-2230

    • 査読あり
  • [学会発表] 物質設計のための二・三次元系用 Generalized Elongation 法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      青木百合子, F.L.Gu
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-22
  • [学会発表] 絡み合い高分子系に向けた超効率的量子化学計算2009

    • 著者名/発表者名
      青木百合子, F. L. Gu
    • 学会等名
      第58回高分子討論会
    • 発表場所
      熊本
    • 年月日
      2009-09-16

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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