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2010 年度 実績報告書

タンパク質内電子伝達とプロトンポンプ機構解明のための超高精度電子状態動力学法

研究課題

研究課題/領域番号 21655007
研究機関九州大学

研究代表者

青木 百合子  九州大学, 大学院・総合理工学研究院, 教授 (10211690)

キーワードタンパク質 / プロトンポンプ / 電子状態 / 量子化学 / 励起状態
研究概要

生体内におけるアロステリック効果など、遠距離相互作用を正確扱うために、我々がオリジナルに提唱したユニット毎の領域軌道の特徴を活かし、N^<5~6>もの演算時間を要する電子相関効果の計算をN^1で行う手法を開発した。まず、これまで開発してきた、局所的電子相関効果(LocalMP2)評価方法を完成させ、絡み合い高分子の例としてインスリンを取り上げ、今まで開発してきたGeneralized Elongation法を適用して良好な結果が得られた。高分子鎖が巻いて戻ってきたときに化学結合がない場合は問題なく解けるが、新たな問題として化学結合が生じた場合(インスリンの場合はS-S結合など)には、従来法との一致が悪くなるという問題が判明したが、原因が明らかとなり解決のめどがついた。絡み合い化学結合系でも、全系に非局在化した系でも、軌道を活性軌道に取り込む手法を新しく盛り込み、従来法との全エネルギーの誤差が10^<-8>a.u./atom程度となるよう改良を行った。
三次元的に絡み合ったタンパク質への本方法の信頼性を確認したあと、分子動力学報による取扱により、溶媒効果の導入を試みた。まず現有のGaussianやGAMESSなどの非経験分子軌道プログラムから電子状態計算をおこない、得られた静電ポテンシャルを分子動力学法プログラムに受け渡す手法を組み込んだ。分子動力学(MD)に量子力学(QM)に基づく電子状態計算を導入するルーチンをプログラム開発中で、さらに大事な部分のみ高い基底関数で取り扱う手法を発展させている。QM部分については、我々が開発してきたLMP2-Elongation法に置き換えることにより、巨大な生体高分子でも、Activeな反応領域に特異的に溶媒効果を導入できるようにも開発中である。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (11件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Dressed TDDFT Study of Low-Lying Electronic Excited States in Selected Linear Polyenes and Diphenylopolyenes2011

    • 著者名/発表者名
      G.Mazur, M.Makowski, R.l.Wlodarczyk, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem.

      巻: 114(4) ページ: 819-825

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Elongation Cutoff Technique at Kohn-Sham Level of Theory2010

    • 著者名/発表者名
      J.Korchowiec, P.D.Silva, M.Makowski, F.L.Gu, Y.Aoki
    • 雑誌名

      Int.J.Quantum Chem.

      巻: 110(12) ページ: 2130-2139

    • 査読あり
  • [学会発表] A highly accurate 3D-elongation method for Bio Systems2011

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki
    • 学会等名
      The 51nd Sanibel Symposium
    • 発表場所
      The King and Prince Golf & Beach Resort on St.Simons Island, Georgia
    • 年月日
      2011-02-28
  • [学会発表] Elongation method at Hartree-Fock and post Hartree-Fock levels for its applications to 1D-3D large systems2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki, M.Makowski, O.Loboda, K.Liu, F.L.Gu
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      KoKo Crater (Sheraton Waikiki)
    • 年月日
      2010-12-20
  • [学会発表] Highly Accurate O(N) quantum chemical approach for DNA electron transfer and optical property analysis2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki, P.Xie, A.Imamura, F.L.Gu
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      KoKo Crater (Sheraton Waikiki)
    • 年月日
      2010-12-18
  • [学会発表] Proposal of linear scaling ELG-LMP2 method for conjugated polymers, organic materials, and biosystems2010

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, M.Makowski, J.Korchowiec, K.Liu, Y.Aoki
    • 学会等名
      Pacifichem 2010
    • 発表場所
      KoKo Crater (Sheraton Waikiki)
    • 年月日
      2010-12-16
  • [学会発表] Highly accurate O(N) method for Nano-Bio systems2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki
    • 学会等名
      ICCMSE 2010
    • 発表場所
      Psalidi, Kos
    • 年月日
      2010-10-04
  • [学会発表] 巨大生体分子の効率的超高精度電子状態計算2010

    • 著者名/発表者名
      K. Liu, F. L. Gu, M. Makowski, O. Loboda,青木百合子
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-15
  • [学会発表] ナノチューブ、フラーレン-ポルフィリンワイヤ系の高精度電子状態とNLO特性2010

    • 著者名/発表者名
      O.Loboda, F.L.Gu, M.Makowski, K.Liu, 青木百合子
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-15
  • [学会発表] 高精度Linear-scaling-ELG法の開発と巨大系への応用2010

    • 著者名/発表者名
      青木百合子, F. L. Gu
    • 学会等名
      第4回分子科学討論会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-09-14
  • [学会発表] 生体高分子系の高精度電子状態計算のための3D-Elongation法の基礎と応用2010

    • 著者名/発表者名
      青木百合子
    • 学会等名
      日本化学会第4回関東支部大会
    • 発表場所
      茨城
    • 年月日
      2010-08-30
  • [学会発表] 非線形光学ナノ材料設計のための高精度電子状態計算法2010

    • 著者名/発表者名
      青木百合子
    • 学会等名
      シンポジウム「電子状態理論の新機軸」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2010-08-09
  • [学会発表] Linear-scaling quantum chemistry approach-Elongation Method-High Speed & High Accuracy for Material Design2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Aoki
    • 学会等名
      女性研究者のエンパワーメントと新領域創成に向けた日米シンポジウム
    • 発表場所
      埼玉
    • 年月日
      2010-07-06
  • [図書] Elongation Method : TOWARDS LINEAR SCALING FOR ELECTRONIC STRUCTURE OF RANDOM POLYMERS AND OTHER QUASILINEAR MATERIALS, Chemical Modelling Volume 7 ed by Manthos Papadopoulos2010

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, B.Kirtman, Y.Aoki
    • 総ページ数
      175-198
    • 出版者
      Chemical Modelling
  • [図書] Elongation method and its applications to NLO materials, Chemical Modeling : Applications and Theory, Volume 7, ed by Springborg, Royal Society of Chemistry2010

    • 著者名/発表者名
      F.L.Gu, Y.Aoki
    • 総ページ数
      163-191
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry

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公開日: 2012-07-19  

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