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2010 年度 実績報告書

ゲノムワイドな遺伝子ネットワーク解析による脊索動物の発生と進化のシステム的理解

研究課題

研究課題/領域番号 21671004
研究機関京都大学

研究代表者

佐藤 ゆたか  京都大学, 理学研究科, 准教授 (40314174)

キーワードホヤ / 遺伝子調節ネットワーク / ゲノム
研究概要

本研究はホヤ胚を用いて発生を支配する遺伝子ネットワークを理解しようというものである。本年度の研究内容を項目別に分けて記す。
(1) 母性因子によってどのように胚性の調節因子の発現が制御され16細胞期で特定のパターンを作り出すのか、を調べるため、8~16細胞期で特異的に発現を開始する遺伝子のプロモーター解析を行った。対象とする16個の遺伝子のうち5個の解析をほぼ終えた。今後はここで明らかになったメカニズムが残りの11個の遺伝子にも当てはまるのか、どうか調べ、母性因子による胚性の遺伝子ネットワークの開始機構の全体像を明らかにする必要がある。
(2) 母性因子の転写調節機構を網羅的に明らかにするため、特に重要な働きをすることが明らかになっている母性転写因子5個について、ポリクローナル抗体を作成し、免疫沈降実験を行った。5因子のうち3因子の解析が完了した。
(3) 初期胚での遺伝子発現の全体像を明らかにするため、昨年度に引き続き、初期胚の単一割球を単離し、マイクロアレイで解析する実験を進めた。16細胞期のすべてと、32細胞期胚の7割球対(全部で16割球対)について解析を終えた。16細胞期で割球特異的に発現をする遺伝子のいくつかについて、機能の解析を進め、割球特異的に細胞の分裂に関わる因子を同定した。
(4) 32細胞期の遺伝子の発現パターンはそれ以前の胚における遺伝子発現を基に決まる。以上の結果を基に論理的に可能な制御関係を洗い出し、その関係があるのか無いのか、実際に調べた。動物極側割球の発現について特に解析を進めており、その分子メカニズムが網羅的に明らかになりつつある。
(5) 以上の情報を統合して理解し、その成果を公開するための手段として、これまでに開発したGhostデータベースの拡充を図った。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2011 2010

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] CIPRO 2.5 : Ciona intestinalis protein database, a unique integrated repository of large-scale omics data, bioinformatic analyses and curated annotation, with user rating and reviewing functionality.2011

    • 著者名/発表者名
      Toshinori Endo, et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 39 ページ: D807-D814

    • 査読あり
  • [雑誌論文] High-throughput sequence analysis of Ciona intestinalis SL trans-spliced mRNAs : Alternative expression modes and gene function correlates.2010

    • 著者名/発表者名
      Jun Matsumoto, et al.
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 20 ページ: 636-645

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Genomic cis-regulatory networks in the early Ciona intestinalis embryo.2010

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kubo, et al.
    • 雑誌名

      DEVELOPMENT

      巻: 137 ページ: 1613-1623

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The ANISEED database : digital representation, formalization, and elucidation of a chordate developmental program.2010

    • 著者名/発表者名
      Olivier Tassy, et al.
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 20 ページ: 1459-1468

    • 査読あり
  • [学会発表] Current status of the Ghost Database2010

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Satou
    • 学会等名
      1st Tunicate Information System Meeting
    • 発表場所
      Nice, France(招待講演)
    • 年月日
      2010-11-12
  • [学会発表] Expectations from the community I-Transcriptional studies.2010

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Satou
    • 学会等名
      1st Tunicate Information System Meeting
    • 発表場所
      Nice, France(招待講演)
    • 年月日
      2010-11-11
  • [学会発表] カタユウレイボヤ中胚葉発生における遺伝子制御ネットワークの解析2010

    • 著者名/発表者名
      久保純, ら
    • 学会等名
      日本動物学会
    • 発表場所
      東京大学教養学部
    • 年月日
      2010-09-23
  • [学会発表] Genomic cis-regulatory networks in the early Ciona intestinalis embryo2010

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kubo, et al.
    • 学会等名
      発生生物学会夏期シンポジウム
    • 発表場所
      東京都八王子市八王子セミナーハウス
    • 年月日
      2010-08-26
  • [学会発表] Gene regulatory networks in the Ciona mesodermal tissues2010

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Kubo, et al.
    • 学会等名
      第43回日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2010-06-22
  • [学会発表] A gene expression atlas of the early/Ciona/embryo in the single-cell resolution2010

    • 著者名/発表者名
      Terumi Matsuoka, et al.
    • 学会等名
      第43回日本発生生物学会年会
    • 発表場所
      京都国際会館
    • 年月日
      2010-06-20

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公開日: 2012-07-19  

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