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2013 年度 実績報告書

ゲノムワイドな遺伝子ネットワーク解析による脊索動物の発生と進化のシステム的理解

研究課題

研究課題/領域番号 21671004
研究機関京都大学

研究代表者

佐藤 ゆたか  京都大学, 理学研究科, 准教授 (40314174)

研究期間 (年度) 2009-05-11 – 2014-03-31
キーワードホヤ / 遺伝子調節ネットワーク / ゲノム
研究概要

(1)個体差による母性因子の発現量の違いという予想外の結果を昨年度までに得たので、その結果を実験的にさらに確認した。また、初期胚において胚性のゲノムから発現する遺伝子の網羅的な解析によって、遺伝子ネットワークの開始の時点で、10種類の異なる遺伝子発現パターンが作られることを明らかにした。
(2)母性因子によってどのように胚性の調節因子の発現が制御され16細胞期で特定のパターンを作り出すのか、を体系的に調べた。以前の研究成果は、動物極側はGATA、植物極側はβ-catenin/TCF、後方はmacho-1によって決定されることを示している。一方で、なぜ、植物極側で動物極側の遺伝子が発現しないのか、などの問題は未解明であり, どのようにして遺伝子ネットワークが開始するかの全体像がわかっているわけではなかった。TCFは、β-cateninとの相互作用に加え、GATAとも協調して働くことで、動物極・植物極の違いをつくりだす新奇の相互作用を見出し、前出の10種類の初期胚の遺伝子発現パターンのほとんどを説明できるようになった。
(3)昨年度までに明らかにした32細胞期の神経誘導に関わる5つのシグナル経路の働きを説明する論理式を明らかにするための、理論的な手法を開発した。この手法では分子の濃度の違いは、実際の濃度を測定することなく、胚の三次元構造をもとにして予測しており、汎用性が高い。この解析によって、ホヤの神経誘導は分泌性のタンパク質ではなく、膜タンパク質による接触性のシグナルタンパク質が重要であることを見出し、実験によってその予測を実証した。
(4)昨年度までにAdmpとPinheadの遺伝子対に予期せぬ新奇の転写調節機構を見出したので、同様の機構が他の遺伝子対にも存在している可能性について、検討を加えた。ゲノムの解析と発現パターンの解析から、同様の調節機構を持つ可能性がある遺伝子対を同定した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

交付申請書に記載の実施計画にのっとり、実験及び論文作成を順調に進めた。

今後の研究の推進方策

本研究課題は、平成25年度で終了する。本研究課題で明らかになった遺伝子調節ネットワークの分子機構をもとに生じる新たな生物学的な問題については、今後新たなプロジェクトとして推進できるように努力したい。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2013

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Differential gene expression in notochord and nerve cord fate segregation in the Ciona intestinalis embryo.2013

    • 著者名/発表者名
      小林健司, 他
    • 雑誌名

      Genesis

      巻: 51 ページ: 647-659

    • DOI

      10.1002/dvg.22413

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiple Signaling Pathways Coordinate to Induce a Threshold Response in a Chordate Embryo.2013

    • 著者名/発表者名
      太田尚志, 他
    • 雑誌名

      PLoS Genet.

      巻: 9 ページ: e1003818

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1003818

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Transcriptome dynamics in early embryos of the ascidian, Ciona intesti nalis.2013

    • 著者名/発表者名
      松岡輝美, 他
    • 雑誌名

      Dev. Biol

      巻: 384 ページ: 375-385

    • DOI

      10.1016/j.ydbio.2013.10.003

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A time delay gene circuit is required for palp formation in the ascidian embryo.2013

    • 著者名/発表者名
      池田達郎, 他
    • 雑誌名

      Development

      巻: 140 ページ: 4703-4708

    • DOI

      10.1242/dev.100339

    • 査読あり
  • [学会発表] ホヤの背腹の境界をつくるためのDNAループによる転写調節2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤ゆたか
    • 学会等名
      日本遺伝学会85回大会
    • 発表場所
      横浜市慶応義塾大学日吉キャンパス
    • 年月日
      20130919-19
    • 招待講演
  • [学会発表] A genomewide survey identified a novel BMP antagonist Pinhead, and a novel cis-regulatory transcriptional repression mechanism2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤ゆたか, 他
    • 学会等名
      日本生化学会第86回大会
    • 発表場所
      横浜市パシフィコ横浜
    • 年月日
      20130912-12
    • 招待講演
  • [学会発表] Identification and transcriptional regulation of a gene encoding a novel BMP-antagonist Pinhead2013

    • 著者名/発表者名
      佐藤ゆたか, 他
    • 学会等名
      7th Tunicate Meeting
    • 発表場所
      Università degli Studi Part henope、イタリア
    • 年月日
      20130723-23
  • [学会発表] Identification of novel zinc finger genes suppressing precocious specification of the brain fate in brain/palp precursor cells in the Ciona intestinalis embryo2013

    • 著者名/発表者名
      池田達郎, 他
    • 学会等名
      7th Tunicate Meeting
    • 発表場所
      Università degli Studi Part henone, イタリア
    • 年月日
      20130723-23
  • [学会発表] Cis-acting transcriptional repression establishes a sharp boundary in chordate embryos2013

    • 著者名/発表者名
      今井薫, 他
    • 学会等名
      17th International Congress of Developmental Biology
    • 発表場所
      Cancun Convention Center, メキシコ
    • 年月日
      20130616-20
  • [学会発表] Identification of novel zinc finger genes suppressing precocious specification of the brain fate in brain/palp precursor cells in the Ciona intestinalis embryo2013

    • 著者名/発表者名
      池田達郎, 他
    • 学会等名
      日本発生生物学会第46回大会
    • 発表場所
      松江市くにびきメッセ
    • 年月日
      20130528-31
  • [学会発表] Four signaling pathways cooperatively specify neural fate in ascidian embryos.2013

    • 著者名/発表者名
      太田尚志, 他
    • 学会等名
      日本発生生物学会第46回大会
    • 発表場所
      松江市くにびきメッセ
    • 年月日
      20130528-31
  • [学会発表] Cis-acting transcriptional repression establishes a sharp boundary in chordate embryos2013

    • 著者名/発表者名
      今井薫, 他
    • 学会等名
      日本発生生物学会第46回大会
    • 発表場所
      松江市くにびきメッセ
    • 年月日
      20130528-31

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公開日: 2015-07-15  

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