研究課題
平成23年度までの研究で、10,000～100,000細胞からChIPして得られるDNA(ChIPed DNA)を高い定量性(Q-PCRで定量)で増幅する方法論を開発した。平成24年度の研究では、それらChIPed DNAを次世代シークエンサーにより解析した。その結果、開発した方法論により増幅したChlPedDNAは、次世代シークエンサーによる解析でも概ね良好なプロファイルを示すが、使用する抗体により、下限となる細胞数が異なることや、異なる増幅方法を用いる必要があることがわかった。その結果に基づき、ESCsを出発点として、エピブラスト様細胞(Epiblast-like cells : EpiLCs)を誘導し、さらにPGC様細胞(PGC-like cells : PGCLCs)を誘導する系における、ヒストン修飾(H3K4me3, H3K27ac, H3K27me3 ,H3K9me2)の変化とBlimp1の結合部位の解析(EGFP-Blimp1ホモノックインES細胞を用いた)を行った。現在その結果を詳細に解析中である。
3: やや遅れている
少数細胞からの定量的なChIPed DNAの増幅が、Q-PCRレベルでは十分定量的な結果を示すのにもかかわらず、次世代シークエンサーによりゲノムワイドなプロファイリングを行うと、シグナル-ノイズ比が低くなる場合があることがわかり、その原因究明や対処法の検討に時間を要した。またBlimp1欠損PGCsからのRNA抽出の効率が、抽出を行うタイミングに依存することを同定するのに時間がかかった。
上述した問題があったものの、研究は着実に進展しており、得るべきデータを取得しつつあるので、今後も当初の計画に従って研究を推進する。
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