心の状態にかかわる遺伝子モジュール解析システムの開発

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21700233
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 感性情報学・ソフトコンピューティング
• 研究機関: 室蘭工業大学
• 研究代表者: 岡田 吉史 室蘭工業大学, 大学院・工学研究科, 助教 (00443177)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: 心理状態 / 遺伝子発現 / モジュール / データベース

研究概要

本研究では、心の状態にかかわる遺伝子発現データの解析支援を目的として、1)個々の心理状態で特有の発現パタンを示す遺伝子群(モジュール)を抽出する新しい手法を開発し、2)抽出されたモジュールとその生物学的機能情報を集積したデータベースを構築した。これにより、複数の公共データベースに分散して存在する発現データが本システム上に整理・組織化され、生物学的に有用なモジュールを容易に発見できるようになった。

研究成果

• [雑誌論文] Novel Gene Analysis Method for Biomarker Mining in DNA Microarray Data (2011)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Fukuta, Tomomasa Nagashima, Takashi Uozumi, Yoshifumi Okada
  • 雑誌名: International Journal of Computer Information Systems and Industrial Management Applications vol.3 ページ: 256-263
  • 査読あり
• [雑誌論文] Audio Classification Based on Closed Itemset Mining Algorithm (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Okada, Takahiro Tada, Kentaro Fukuta, Tomomasa Nagashima
  • 雑誌名: International Journal of Computer Information Systems and Industrial Management Applications vol.3 ページ: 159-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] GEMIND : gene expression module database for human mentality (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Okada, Masahiro Sawai
  • 雑誌名: The journal of three dimensional images vol.23, no.3 ページ: 30-35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of differentially expressed gene modules between two-class DNA microarray data (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Okada, Terufumi Inoue
  • 雑誌名: Bioinformation vol.4, no.4 ページ: 134-137
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-Performance Gene Expression Module Analysis Tool and Its Application to Chemical Toxicity Data (2009)
  • 著者名/発表者名: Wataru Fujibuchi, Hyeryung Kim, Yoshifumi Okada, Takeaki Taniguchi, Hideko Sone
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology vol.577 ページ: 55-65
  • 査読あり
• [学会発表] Gene Expression Data Analysis Using Heuristic Attribute Reduction in Rough Set Theory (2010)
  • 著者名/発表者名: Yasuo Kudo, Yoshifumi Okada
  • 学会等名: SCIS & ISIS 2010
  • 発表場所: 岡山
  • 年月日: 2010-12-12
• [学会発表] 遺伝子モジュールを用いた病気のクラス識別 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上皓文, 岡田吉史
  • 学会等名: 日本感性工学会第3回生命ソフトウェア部会研究会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 2010-11-27
• [学会発表] 飽和集合マイニングに基づく遺伝子発現データ解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大橋克哉、多田貴博、井上皓文、岡田吉史
  • 学会等名: 日本感性工学会第3回生命ソフトウェア部会研究会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 2010-11-27
• [学会発表] 飽和集合列挙法を用いた多クラス識別器の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 多田貴博, 長島知正, 岡田吉史
  • 学会等名: 日本感性工学会第3回生命ソフトウェア部会研究会
  • 発表場所: 北海道
  • 年月日: 2010-11-27
• [学会発表] Audio classification based on a closed itemset mining algorithm (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshifumi Okada, Takahiro Tada, Kentarou Fukuta, Tomomasa Nagashima
  • 学会等名: CISIM 2010
  • 発表場所: ポーランド
  • 年月日: 2010-10-08
• [学会発表] Gene analysis Framework for a Biomarker Mining (2010)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Fukuta, Tomomasa Nagashima, Takashi Uozumi, Yoshifumi Okada
  • 学会等名: CISIM 2010
  • 発表場所: ポーランド
  • 年月日: 2010-10-08
• [学会発表] A novel biomarker mining method for identifying cancer genetic networks in gene expression data (2010)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Fukuta, Takashi Uozumi, Yoshifumi Okada
  • 学会等名: ICHS 2010
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] LEAF : leave-one-out forward selection method for cancer classification using gene expression data (2010)
  • 著者名/発表者名: Kentaro Fukuta, Yoshifumi Okada, Tomomasa Nagashima
  • 学会等名: 9th IEEE/ACIS
  • 発表場所: 山形
  • 年月日: 2010-08-18
• [学会発表] Rule-based Classification for Audio Data Based on Closed Itemset Mining (2010)
  • 著者名/発表者名: Takahiro Tada, Nagashima, T., Okada,Y.
  • 学会等名: IMECS 2010
  • 発表場所: 香港
  • 年月日: 2010-03-17
• [学会発表] 飽和集合マイニングに基づくクラス識別法-遺伝子発現データへの適用- (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉田恵梨香, 多田貴博, 長島知正, 岡田吉史
  • 学会等名: 第42回計測自動制御学会北海道支部学術講演会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-02-22
• [学会発表] F値を用いた遺伝子発現差解析手法とその評価 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大道一史, 福多賢太郎, 岡田吉史, 長島知正
  • 学会等名: 第42回計測自動制御学会北海道支部学術講演会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-02-22
• [学会発表] Discriminative Gene Module Analysis for Two-Class DNA Microarray Data and Its Application to Cancer Datasets (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, Y., Inoue, T., Nagashima, T.
  • 学会等名: Int.Conf.Humanized Systems
  • 発表場所: 韓国
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] Application of F-Value to Classification Problems with Numerous Numbers of Explanatory Variables (2009)
  • 著者名/発表者名: Nagashima, T., Okada, Y., Sawai, M.
  • 学会等名: 2009 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2009-10-18
• [学会発表] Detection of Differentially Expressed Gene Modules in Human Cancer (2009)
  • 著者名/発表者名: Inoue, T., Nagashima, T., Okada, Y.
  • 学会等名: 2009 International Symposium on Nonlinear Theory and its Applications
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2009-10-18
• [学会発表] CellMontage/SAMURAI2 : Enhanced Gene Expression Similarity Search Tools (2009)
  • 著者名/発表者名: 藤渕航, 岡田吉史, Horton Paul
  • 学会等名: CBRC2009
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-10-04
• [学会発表] Extraction of Discriminative Gene Modules between Two-Class DNA Microarray Data and Its Application to Chronic Loneliness Patients (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, Y., Inoue, T., Nagashima, T.
  • 学会等名: Proc.of 2009 International Conference on Biometrics and Kansei Engineering
  • 発表場所: ポーランド
  • 年月日: 2009-06-25
• [学会発表] Applicability of F-value to Classification Problems with a Numerous Number of Explanatory Variables : Toward Classification Problems in Biometric and Kansei Engineering (2009)
  • 著者名/発表者名: Nagashima, T., Wang, X., Okada, Y., Sawai, M.
  • 学会等名: Proc.of 2009 International Conference on Biometrics and Kansei Engineering
  • 発表場所: ポーランド
  • 年月日: 2009-06-25
• [備考] ホームページ等
  • URL: http//cbrl3.csse.muroran-it.ac.jp/Gemind