生体内でのタンパク質四次構造によるリガンド認識に関する研究

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21700321
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 独立行政法人医薬基盤研究所
• 研究代表者: 森田 瑞樹 独立行政法人医薬基盤研究所, 創薬基盤研究部, 研究員 (00519316)
• 研究協力者: 池澤 弘貴 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 大学院生
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: タンパク質による分子認識

研究概要

タンパク質とリガンドとの相互作用は生体中のさまざまな現象を担っている。本研究で目指していることは,タンパク質におけるリガンド結合部位は進化の過程でどのようにして選択されてきたのかを明らかにすることである。タンパク質のリガンド結合部位が生体内の四次構造中においてどのような場所に生じているのかを解析し,そのことと立体構造上の特徴,ダイナミクス,機能のそれぞれとの関係を解析した。

研究成果

• [雑誌論文] BUDDY-system : A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states. (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Morita, T.Terada, S.Nakamura, K.Shimizu.
  • 雑誌名: BMC Res Notes 4 ページ: 143
  • 査読あり
• [学会発表] タンパク質のリガンド結合部位と四次構造 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森田瑞樹
  • 学会等名: 第4回京阪奈計算生物物理学セミナー
  • 発表場所: 医薬基盤研究所
  • 年月日: 2011-03-18
• [学会発表] タンパク質の機能とダイナミクスと四次構造 (2010)
  • 著者名/発表者名: 森田瑞樹
  • 学会等名: 第2回超分子組織体シンポジウム
  • 発表場所: ホテル水葉亭
  • 年月日: 2010-10-31
• [学会発表] Development of protein-ligand complex's database considering biological units. (2009)
  • 著者名/発表者名: H.Ikezawa.
  • 学会等名: The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan.
  • 発表場所: Tokushima Bunri University
  • 年月日: 2009-10-30