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多重アラインメントは、基本的な配列解析技術の一つであり、広い応用範囲をもつ。系統樹推定、構造予測などに用いられる。本研究の目的は、研究代表者がこれまでに開発した配列多重アラインメントプログラムMAFFTを拡張して、(1)タンパク質やRNAの構造情報を利用した多重アラインメントを計算可能にすること、および、(2)より使いやすいものにして配列解析に関連する研究に広く貢献すること、である。大阪大学と産総研CBRCにおいて計算サービスとプログラム配布を開始し、その結果MAFFTプログラムは広く普及した。また、並列化、既存のアラインメントの拡張といった新規機能を追加した。
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