• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2011 年度 研究成果報告書

生化学ネットワーク統合解析環境の構築

研究課題

  • PDF
研究課題/領域番号 21700328
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

舟橋 啓  慶應義塾大学, 理工学部, 准教授 (70324548)

研究期間 (年度) 2009 – 2011
キーワード生体生命システム情報学
研究概要

生命現象を司る動作メカニズムの理解には、対象とする生命現象に関わる分子の特定、及びそのダイナミクスを理解する必要がある。一般的にダイナミクスは遺伝子制御、シグナル伝達、代謝等、分子間反応として表現され、ダイナミクスの特性の記述に用いる反応方程式の記述は大別して(1)分子濃度を記述した常微分方程式、(2)分子濃度の空間的分布を記述した偏微分方程式、(3)分子数のゆらぎを考慮した確率モデルに大別される。本研究課題にて、上記(2)及び(3)のシミュレーションを行うシミュレータの実装を行った。

  • 研究成果

    (18件)

すべて 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (15件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] 細胞シミュレータCell Designerの設計と実装2010

    • 著者名/発表者名
      舟橋啓、松岡由希子、上樂明也、瀧沢大夢、広井賀子、Samik Ghosh, 菊池紀広、北野宏明
    • 雑誌名

      計測と制御

      巻: Vol.49、No.8 ページ: 531-536

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Systems Biology Graphical Notation2009

    • 著者名/発表者名
      Novere, N. L., Hucka, M., Mi, H., Moodie, S., Schreiber, F., Sorokin, A., Demir, E., Wegner, K., Aladjem, M. I., Wimalaratne, S. M., Bergman, F. T., Gauges, R., Ghazal, P., Kawaji, H., Li, L., Matsuoka, Y., Villeger, A., Boyd, S. E., Calzone, L., Courtot,M., Dogrusoz, U., Freeman, T. C., Funahashi, A., Ghosh, S., Jouraku, A., Kim, S., Kolpakov, F., Luna, A., Sahle, S., Schmidt, E., Watterson, S., Wu, G., Goryanin, I., Kell, D. B., Sander, C., Sauro, H., Snoep, J. L., Kohn, K., and Kitano, H.
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology

      巻: Vol.27, No.8 ページ: 734-741

    • 査読あり
  • [学会発表] 定量生物に効く数値計算2012

    • 著者名/発表者名
      舟橋啓
    • 学会等名
      定量生物学の会第4回年会
    • 発表場所
      名古屋大学野依記念学術交流館
    • 年月日
      2012-01-07
  • [学会発表] An interactive equation based model builder2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Garuda 6
    • 発表場所
      Luxembourg
    • 年月日
      2011-09-29
  • [学会発表] An interactive equation based model builder2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      The Computational Modeling in Biology Network(COMBINE 2011)
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 年月日
      2011-09-04
  • [学会発表] Implementation of spatial simulator and its SBML support2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      The Computational Modeling in Biology Network(COMBINE 2012)
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 年月日
      2011-09-04
  • [学会発表] CellDesigner : A Process Diagram Editor for Gene-Regulatory and Biochemical Networks2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      12^<th> International Conference on Systems Biology(ICSB 2011)
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 年月日
      2011-08-28
  • [学会発表] CellDesigner2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      FEBS SystemsX Sysbio2010
    • 発表場所
      Innsbruck, Austria
    • 年月日
      2011-02-27
  • [学会発表] CellDesigner2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Garuda 4 workshop
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構
    • 年月日
      2011-02-24
  • [学会発表] CellDesigner Plugin2011

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Garuda 4 workshop
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構
    • 年月日
      2011-02-23
  • [学会発表] CellDesigner4. 1 : A Process Diagram Editor for Gene-Regulatory and Biochemical Networks2010

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      11^<th> International Conference on Systems Biology(ICSB 2010)
    • 発表場所
      Edinburgh, UK
    • 年月日
      2010-10-10
  • [学会発表] CellDesigner Plugin2010

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Garuda One workshop
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構
    • 年月日
      2010-02-23
  • [学会発表] CellDesigner2010

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Garuda One workshop
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構
    • 年月日
      2010-02-23
  • [学会発表] CellDesigner2009

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      Winter School on Computational Modeling in Biology
    • 発表場所
      沖縄科学技術研究基盤整備機構
    • 年月日
      2009-12-17
  • [学会発表] 生化学ネットワーク解析環境CellDesignerの設計と実装2009

    • 著者名/発表者名
      舟橋啓
    • 学会等名
      第24回生体・生理工学シンポジウム
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2009-09-25
  • [学会発表] CellDesigner4. 1β2009

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      The 14^<th> SBML Forum Meeting
    • 発表場所
      Stanford, USA
    • 年月日
      2009-09-03
  • [学会発表] CellDesigner4. 1 : A Process Diagram Editor for Gene-Regulatory and Biochemical Networks2009

    • 著者名/発表者名
      A. Funahashi
    • 学会等名
      10^<th> International Conference on Systems Biology(ICSB 2009)
    • 発表場所
      Stanford, USA
    • 年月日
      2009-08-30
  • [備考]

    • URL

      http://celldesigner.org/

URL: 

公開日: 2013-07-31  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi