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i)カスケード化したシグナル変換反応で、指令DNAが順番に生成されることを実証した。それぞれ単一の入力シグナルDNAを受容して指令DNAを出力するコンバータDNAについて、あるコンバータDNAの出力が別のコンバータDNAに対する入力となるように設計することで、シグナル変換反応をカスケード化した。複数種の指令DNAが順に生成される一連のカスケード反応は、ただ行うだけでは詳細な検証はできない。DNAの二本鎖形成にしたがって進行する酵素反応をまず素過程に分け、設計通りに正しく反応が進行しているかどうかを、蛍光修飾したDNAの二本鎖形成にともなって起こる蛍光の消光を利用した高感度な測定で確認した。シグナル変換反応に対して、分子ビーコンを用いた蛍光検出による同定実験を行い、正しい配列を持つ指令DNAが正しい順に生成されることを確認した。
ii)抑制シグナルDNAを投入すると、指令DNAの生成が抑制されることを実証した。分子ビーコンを用いたリアルタイム蛍光検出による測定を行い、抑制シグナルDNAとの鎖交換によりコンバータDNAから入力シグナルDNAが解離し、指令DNAの生成反応が抑制されることを確認した。複数種の配列について同様の測定を行った結果、抑制の程度やその結果としての指令DNAの生成速度は大きなばらつきが見られた。生成速度とDNA塩基配列の関係の同定、およびより詳細な反応速度定数の測定を行うため、蛍光光度計を用いてDNAの二本鎖形成や鎖交換、酵素反応過程の測定を進めている。
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