意味情報を活用した生理学モデル開発の支援手法

2010 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 21700481
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 医用生体工学・生体材料学
• 研究機関: 財団法人京都高度技術研究所 (2010); (財)京都高度技術研究所 (2009)
• 研究代表者: 嶋吉 隆夫 財団法人京都高度技術研究所, 研究部, 副主任研究員 (60373510)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• キーワード: 生体生命情報学 / 生理学モデル / 細胞モデル / オントロジ / アノテーション

研究概要

医療・創薬応用が期待されている細胞の生理的機能動態に関するモデルの開発を促進することは非常に重要である。本研究では、まず、細胞の生理学モデルにおいて参照される語彙集合を定義するための細胞生理学オントロジを設計、構築し、形式的に記述された細胞モデルに対して意味情報を付加する方法を提案した。さらに、モデルに付加された意味情報を活用して新たなモデルの構築を知的に支援する手法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] 薬物作用推定を目的とした心筋細胞モデルのパラメタ空間解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤井学, 嶋吉隆夫, 陸建銀, 朝倉圭一, 天野晃, 松田哲也
  • 雑誌名: 電子情報通信学会技術研究報告 110 ページ: 93-97
• [雑誌論文] 低酸素状態再現のために解糖系を導入した心筋細胞モデルの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 天野晃, 冨田幸子, 松岡達, 嶋吉隆夫, 陸健銀, 松田哲也
  • 雑誌名: 電子情報通信学会論文誌D J93-D ページ: 398-408
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel method to quantify contribution of channels and transporters to membrane potential dynamics. (2009)
  • 著者名/発表者名: Chae Young Cha, Yukiko Himeno, Takao Shimayoshi, Akira Amano, Akihiro Noma.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 97 ページ: 3086-3094
  • 査読あり
• [雑誌論文] A method for analysis of simultaneous equations in cell models. (2009)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi, Akira Amano, Tetsuya Matsuda
  • 雑誌名: In Proc of 31st Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society ページ: 2343-2346
  • 査読あり
• [学会発表] 薬物作用推定を目的とした心筋細胞モデルのパラメタ空間解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤井学, 嶋吉隆夫, 陸建銀, 朝倉圭一, 天野晃, 松田哲也
  • 学会等名: 電子情報通信学会MBE研究会
  • 発表場所: 宮城県仙台市
  • 年月日: 2010-11-19
• [学会発表] 心筋組織微小循環シミュレーションを用いた酸素消費分布の評価 (2010)
  • 著者名/発表者名: 赤路慶朗,久保田悠太,嶋吉隆夫,天野晃,松田哲也
  • 学会等名: 電子情報通信学会MBE研究会
  • 発表場所: 宮城県仙台市
  • 年月日: 2010-11-19
• [学会発表] A method for semantic denition of experimental protocols. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi, Akira Amano, Tetsuya Matsuda.
  • 学会等名: 11th International Conference on Systems Biology
  • 発表場所: Edinburgh, UK.
  • 年月日: 2010-10-11
• [学会発表] Numerical approach to analyze cellular mechanisms in computational models. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi
  • 学会等名: BBSRC UK-Japan Collaboration Meeting
  • 発表場所: Oxford, UK.
  • 年月日: 2010-09-06
• [学会発表] Cell Physiology Ontology : An Ontology on Cell Physiology (2010)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi
  • 学会等名: CellML workshop 2010
  • 発表場所: Auckland, New Zealand.
  • 年月日: 2010-02-25
• [学会発表] Novel Software Tools for Cell Modelling (2009)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi
  • 学会等名: Cardiac Electro-Mechanical Function : Cell-organ cross-talk revealed via integration of experiments and models
  • 発表場所: Okayama, Japan.
  • 年月日: 2009-08-03
• [学会発表] Cybow modeller : User-intuitive tools for cell modelling. (2009)
  • 著者名/発表者名: Takao Shimayoshi, Akira Amano, Satoshi Matsuoka, Tetsuya Matsuda
  • 学会等名: IUPS2009
  • 発表場所: Kyoto, Japan.
  • 年月日: 2009-07-29
• [備考] ホームページ等Cell Physiology Ontology
  • URL: http://cpo.dynabios.org/